对于南越莫朝与广越阮氏的矛盾，朱由校采取了默认的态度，一方面他让袁崇焕向莫敬宽贩卖火器，另一方面又让蒋德璟向阮福源出售战舰，在大发军火贸易的横财的同时也不断滋长双方的野心。
当莫敬宽第二次要求纳贡被拒后，失去耐心的他派阮启、阮名世屯兵河中，在明朝教官的指挥下偷袭顺化，然后继续往广南行进。阮福源原本躲在顺化附近的福安养老，一切政务先由总镇阮福溪裁决。面对突变他惊慌失措，在蒋德璟的“巧妙”帮助下从海上逃回岘港，立即重掌大权组织反击。
双方在这一狭长的地带投入了大量的战船、大象和火炮，莫敬宽的军队虽然人数占优，火器先进，但阮福源依据有利地形和补给上的优势多次化险为夷，混战四个多月仍难分胜负，最终以以广平的争江为界各自退兵据守。
在这场菜鸡互啄的战争中，袁崇焕、孙传庭、黄得功为首的陆军将领派出数百名教导员协助莫敬宽，而蒋德璟、沈寿峣等海军精英则站到阮福源这边，他们都以教官的身份经历了整个战争，对南越和广南的兵种、器械及战术摸的一清二楚，并趁机绘制了详细的军用地图，随时可以接管战场。
阮启、阮名世的军队刚刚退到争江以北，朱由校便命袁崇焕知会莫敬宽，要求借道出兵攻打广南，还没等他回应袁崇焕的大军便故意从清化附近渡过马江，吓得他差点从城墙上摔下来。当初明朝与南越以奉化设立边界后，又命莫敬宽将首府建在离边境只有五十余里的清化，如今明军虽说是南下征讨阮福源，可拿下清化也不过举手之劳。
当然南越现在是明朝的一块缓冲地带，双方又是宗藩关系，朱由校对它没有任何想法，此次从清化行军一是借机震慑莫敬宽，二是这里方便渡江。为了防止阮福源狗急跳墙从海上逃窜，他需要尽快推入广越的腹地，同时命蒋德璟等人封锁岘港、会安港等，切断阮福源与葡萄牙的联系。
由于南越境内河流众多，袁崇焕的军队行进缓慢，比预期延误至少二十天，这让兼任平南总指挥的朱由校大为恼火，拍着桌子对孙承宗吼道：
“这就是太师给朕举荐的不世之材？他袁崇焕在广西经营多年，要钱给钱，要粮给粮，整天吹嘘自己组建了一支狼兵，如今面对如惊弓之鸟的广越军却不敢给予迎头痛击，朕看再多的狼崽子让只绵羊指挥还是一群羊！”
面对皇帝的斥责，孙承宗老脸发黑，恨不得找个地缝钻进去。他戎马一生，可谓桃李天下，要说让他最得意的首数朱由校，其次就是袁崇焕。为了给自己这个弟子一些特权，孙承宗每次封赏都会额外照顾，甚至把广西狼兵编入特种兵序列，作为大明最为锋利的一把宝剑。盛名之下，袁崇焕受此拖累，这才率几万狼兵步步为营的往南行军，不敢有丝毫的懈怠。可从建平一带渡江的孙传庭、黄得功早已进入广平境内，前锋部队甚至越过争江与广越守军交战数次。
孙承宗当然理解袁崇焕的处境，可是他还要照顾皇帝的情绪，一时陷入两难的境地，只好跪地请罪道：
“圣上息怒，切莫伤及龙体。袁崇焕部从清化南下，既要躲避广越的明枪，又要提防莫朝的暗箭，行军迟缓可以理解。老臣这就让兵部发六百里加急，让袁崇焕部迅速插向顺化，否则以军法从事。”
当初让袁崇焕从清化渡江的人就是朱由校，本意是武力恐吓莫敬宽，让他安心在后方做好儿皇帝。孙承宗看破不说破，朱由校也有自知之明，语气缓和的说道：
“袁崇焕是朕亲自点的将，要说他行事谨慎也在情理之中，不过战场上千变万化，战机稍纵即逝，朕还是希望他能尽快奔赴前线。广越巴掌大的地方，他再不抓紧怕是连口汤都喝不着了，到时候他手握天下第一狼兵却没有尺寸之功，即便朕想偏袒也于事无补。”
朱由校的这番话很快便传到袁崇焕的耳朵里，本来胸有成竹的他脸色突然变得非常难看。此次出征袁崇焕率六万狼兵从钦州出发，士气高涨，装备精良，几乎是一路碾压进入广越境内。
随着战线的拉长，后勤补给压力越来也大，将士们又有些水土不服，他非常担心遭到阮福源的埋伏后军心大乱，这才下令放缓行军的速度。如今朱由校亲口承认袁崇焕是他点的将，也就是承认了袁崇焕是他的心腹，袁崇焕再想躲在后面等着捞现成的是不可能了，于是连忙叫来传令官，命大军火速驰援在顺化的孙传庭、黄得功。
当初和莫敬宽在岘港交战数月后，阮福源早已耗尽了广越的国力，如今面对明朝和暹罗、占城、真腊的四国联军，他自知无力应对，多次派出使者到金兰湾找商周祚和谈，但被商周祚以广越不是明朝藩属为由拒绝。
此时阮福源恨透了陶维慈，要不是听信他的谗言也不至于落得如此下场。陶维慈认为广南国三面都有山川之险，境内盛产金银铁矿，海边有可以捕鱼和晒盐，具有得天独厚的地理优势。另外明朝历来都把南越视为不征之国，不会轻易出兵征讨，更不会长期驻守，只要避其锋芒，与之周旋数月便可以继续称王，建立万世之业。
陶维慈的谋略的确非常好，不过他低估了明朝皇帝的野心，自从征服日本以后，南越乃至整个东南亚就已经成为明朝新的目标。他曾力劝阮福源收编明朝的海盗，非法侵占岛礁，劫掠过往商船，这让朱由校下定决心尽快反击南越入侵，平定南海的风波。升龙被破后，郑氏家族全部被莫敬宽处死，并建立了一个完全听命于明朝的傀儡政权，阮福源心中惧怕重蹈郑氏覆辙，为了取得明朝的信任不得不将陶维慈的人头奉上。
如今明朝以剿灭海患的名义再次进入广越境内，陶维慈所说的山川之险在明朝三路大军的夹击下失去了战略纵深，金银铁矿和盐场又被明军冲抵了军饷，此消彼长下阮福源只坚持了两个月便携带家眷出城请降。
此役明朝共出动陆军十一万，海军四万，基本肃清了广南、西山的阮氏，并将怂恿广越与明朝对抗的陶维慈屠灭九族，不但彻底改写了越南郑、阮之争，还将南越重新纳入中原王朝的版图。
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