为了重新确立南越的版图，战后朱由校决定在广州接见莫敬宽和暹罗、占城、真腊、华英的国王，共同签订《广州条约》，正式将马江以北的土地以及金兰湾划归明朝，马江至广平为南越莫朝，广治、广南由华英管理，原华英、南蟠的土地重新并入占城。明朝官员和商人可在各国境内自由出入，使用明朝的度量衡和货币。明确朝贡体系，禁止擅自与欧洲人来往，由明军保护各国的海外利益，共同对抗外来势力。
条约签订以后，各国都得到了实惠，自然欢天喜地的对明朝感恩戴德，朱由校趁机在越秀宫设宴款待藩属，借着酒劲走到真腊国王吉?哲塔二世面前，旁敲侧击的说道：
“听说国王爱江山更爱美人，为此不惜以土地为聘礼，这让朕自叹不如。大明帝国虽然疆域辽阔，可没有一寸是多余的。”
这件事发生在天启元年，当时阮福源为了扩张地盘，将自己的女儿阮玉万嫁到真腊，吉?哲塔二世便将普利安哥地区赠送给广越，允许他们在那里建立城镇，阮福源的势力得到很大的增强。事后在与占城的战争中，真腊更是出兵支持阮福源，最终将占城分裂为华英、南蟠、占城三个国家，阮福源开始逐步蚕食南方的土地和人口。
此时朱由校旧事重提，吉?哲塔二世悔不当初，慌忙下跪请罪，表示已将阮玉万及其生养的子嗣处死。为了弥补自己的过错，他愿意效仿明朝与暹罗联姻的先例，挑选适龄的公主出嫁。
朱由校心想南越自卫反击战的战略目的已经实现，没必要再与各国有太多的瓜葛，只要明朝占据马江以北和金兰湾，完全可以凭借强大的军事实力和商业活动牢牢控制整个中南半岛。
事后朱由校携带胜利的光环返回京师，城内官员和百姓自发到德胜门迎接。面对这突如其来的一幕，朱由校高兴之余深知自己在这个时代的地位已经非常稳固，完全可以推行一些更为犀利的改革措施，为走向共和开始提前布局。为此他挥手示意大家安静，高声呼喊道：
“人民万岁，中华民族万岁！”
自古乱世出英雄，所有才会有“五百年必有王者兴”这句成为中国历史命运的名言，英雄可以改变时势，但他们的背后还有很多能臣良将和无名之辈。朱由校知道自己的这点成就全赖朝野一心、军民用命，荣誉属于整个民族。当然在这份殊荣的背后还有百姓的不堪重负，为了能让老百姓分享到战争的红利和对外贸易的实惠，他决定取消内地两京一十三省的农民在当年的赋税，借此来休养生息，尽快恢复生产。
朱由校可以说是历史上首个高呼人民万岁的君主，这在当时如同平地惊雷，吓得周围的百官不知所措。好在远处还有很多人没有听清，他们的欢呼声很快就将这种情绪淹没。其实在中国古代一共有二十三个王朝，三百多位皇帝，不管他们生前如何穷奢极欲，或是为自己修建庞大的万年吉壤，最终都无一例外的躺在一席之地，功过是非自有公论。可见万岁这个称呼不过是自欺欺人罢了，而中华民族却在不断的融合、发展、壮大，从黄河流域一直延伸到整个东方。
在这股盲目的个人崇拜下，朱由校冷静的分析了当前的局势，认定这是深化改革的最佳时机。他先是命魏忠贤和魏朝以雷霆之势扫除了东林余孽把持的东南财政，将商业税、矿税和盐茶瓷铁的收归司礼监，然后破格提拔那些有军功或是留洋经历的新型人才。这些人都是政治利益中的新贵，野心勃勃，容易接受新鲜的事务，是这场维新的支持者、执行者。
鉴于农业对于一个人口大国的重要性，维新的第一项仍是劝课农桑。自从推行一条鞭法以后，各项赋税都明确的以银两计算，由朝廷统一征收，杜绝了地方官吏层层盘剥的陋习，不但朝廷的岁入逐年增加，而且老百姓的负担也减轻了很多，今年朱由校又下旨取消农民的赋税，这对于农业发展来说无疑是锦上添花。另外，在部分地区试验种植的玉米、土豆、地瓜、西红柿、花生、豆角等外来农作物也开始在全国境内推广，极大的增加了土地的产出。在此基础上百姓将名下的耕地按比例改种桑树等经济作物，由朝廷按照统一的官价征收，这就为重商主义开辟了肥沃的土壤，大大加快了明朝手工业和商业的发展，可以在世界贸易中获取更多的利润。
排在第二位的是教育，这项百年大计朱由校从未放松过，但历史规律还是要遵循的。如果说之前把僵化的八股文改为申论和行测是小试牛刀，那么这次朱由校准备在封建制度的要害插一把利剑。他先是立法的形式将简体字和普通话定为官方的标准，接着取缔所有的私塾和书院，由国家兴建那些推行义务教育的场所，重新编写教材，招聘新学人才，开始初步的近代思想启蒙运动。
第三是军事改革，将对外扩张定为国策，通过定期打一场境外战争来保持军队的作战能力和保护海外的利益。在军队内部引入政审工作，由武将负责军事训练，文臣负责政治思想教育，军机处下达作战任务，确保军队能够服从指挥，忠于祖国和人民。在火器研发方面，保证装备一代、试验一代、设计一代、预研一代，确保明朝的火器领先西方。
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