朱修之切断了马鞍山的道路，占据险要地形坚守。鲁秀攻打不下，多次被朱修之击败，于是返回江陵，朱修之率领军队随后追击。有人劝说朱修之急速追击，朱修之说：“鲁秀是骁勇的将领；野兽被逼到绝境就会反扑，不能逼迫太急。”
王玄谟让垣护之向柳元景告急说：“西城已经失守，只剩下东城的一万人。叛军的兵力是我们的数倍，强弱悬殊。我打算退回到姑孰，与您合力抵挡叛军，再商议进军之事。”柳元景没有同意，说：“叛军的势头正盛，不能先后退，我会轻装急行军赶来支援。”垣护之说：“叛军认为南州有三万人的兵力，而将军您麾下只有十分之一，如果前往叛军的营垒，我们的虚实就会暴露。王豫州（王玄谟）一定不会前来，不如分兵支援他。”柳元景说：“好！”于是留下老弱士兵坚守营垒，派遣全部精锐兵力援助王玄谟，并且多多悬挂旗帜。梁山的官军看到援军旗帜众多，如同有几万人，都认为建康的大军全部赶到了，军心才安定下来。
臧质请求亲自攻打东城。咨议参军颜乐之劝说刘义宣说：“如果臧质再攻克东城，那么大功就会全部归于他了；应当派遣您麾下的军队亲自前往。”刘义宣于是派遣刘谌之与臧质一同进军。甲寅日，刘义宣抵达梁山，将军队驻扎在西岸，臧质与刘谌之攻打东城。王玄谟统领各路军队与之展开大战，薛安都率领精锐骑兵率先冲击叛军阵地的东南方，将其攻破，斩杀了刘谌之，刘季之、宗越又攻破了叛军阵地的西北方，臧质等人的军队大败。垣护之焚烧了长江中的叛军战船，烟火覆盖了江面，蔓延到西岸，叛军的营垒几乎被全部烧毁；各路官军乘势进攻，刘义宣的军队也溃散了。刘义宣独自乘坐一艘小船逃走，关起门来哭泣，跟随他的荆州人还有一百多艘船。臧质想要面见刘义宣商议事务，却发现刘义宣已经逃走。臧质不知所措，也逃走了，他的部众全部投降或溃散。己未日，朝廷解除戒严。
癸亥日，任命吴兴太守刘延孙为尚书右仆射。
六月丙寅日，北魏皇帝前往阴山。
臧质逃到寻阳后，焚烧了江州府的官舍，带着妓妾向西逃窜；派亲信何文敬率领残余士兵在前面开路，抵达西阳。西阳太守鲁方平欺骗何文敬说：“朝廷诏书只追捕首恶臧质，其余的人一概不予追究。你不如逃走吧。”何文敬听后抛弃部众独自逃亡。臧质先前已任命妹夫羊冲为武昌太守，于是前往投奔他。但羊冲早已被郡丞胡庇之杀害，臧质无处可去，只好逃到南湖中。他采摘莲子充饥，追捕的士兵赶到时，他用荷叶盖住头部，自己沉入水中，只露出鼻子呼吸。戊辰日，军主郑俱儿望见水中的鼻子，搭箭射去，正中臧质心脏，士兵们随即挥刀乱砍，臧质的肠胃缠绕着水草流出，头颅被砍下送往建康。他的子孙全部被斩首示众，同党豫章太守乐安人任荟之、临川内史刘怀之、鄱阳太守杜仲儒也一同被诛杀。杜仲儒是杜骥兄长的儿子。功臣柳元景等人分别获得了不同等级的封赏。
丞相刘义宣逃到江夏，听闻巴陵有官军驻守，又掉头返回江陵，部下几乎逃散殆尽，只与身边十几个亲信徒步逃亡。他脚痛难忍，无法前行，只好雇了百姓的敞篷车乘坐，沿途乞讨食物。抵达江陵城外后，派人通报竺超民，竺超民准备了仪仗和士兵出城迎接。当时荆州仍有披甲士兵一万多人，亲信翟灵宝告诫刘义宣，让他抚慰将领僚属，说“臧质违背了我的指挥调度，才导致战败。如今我们整兵修缮武器，再作后续图谋。从前汉高祖经历了上百次失败，最终成就大业！”但刘义宣忘记了翟灵宝的话，误说成“项羽经历了上千次失败”，众人都忍不住掩口偷笑。鲁秀、竺超民等人仍想收拢残余兵力再决一死战；但刘义宣昏沉沮丧，心神不宁，进入府中后就再也不肯出来，身边的亲信渐渐叛离。鲁秀向北逃走，刘义宣无法独自支撑，想要跟随鲁秀离开，于是带着儿子刘慆和五个宠妾，换上男子的衣服一同追随。城内陷入混乱，刀光剑影交错，刘义宣惊慌失措，从马上摔下来，只好步行前进；竺超民将他送到城外，又给了他一匹马，然后返回城中坚守。刘义宣没能找到鲁秀，身边的人也全部抛弃了他，深夜只好回到南郡的空衙门中；第二天清晨，竺超民将他抓获，押送给负责监察的刺奸官。刘义宣被关押在监狱门口，坐在地上叹息道：“臧质这个老奴才害了我！”五个宠妾不久后被遣送出去，刘义宣放声大哭，对狱吏说：“平常日子并不算苦，今天与她们分别才是真正的痛苦。”鲁秀的部众溃散后，无法离开，只好返回江陵，城上的士兵向他射箭，鲁秀投水而死，士兵们打捞起他的头颅。
孝武帝下诏命令右仆射刘延孙前往荆、江二州，辨别忠奸善恶，就地执行诛杀和奖赏；并且打算分割二州的土地，商议设置新的州郡。
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