己巳日，明州獠人反叛；派遣交州都督李道彦讨伐平定叛乱。
十二月辛巳日，左武候将军上官怀仁在壁州攻打反叛的獠人，大败他们，俘获男女一万多人。
这一年，任命给事中马周为中书舍人。马周机智善辩，中书侍郎岑文本常常称赞：“马君议论事情，引用事例，品评古今，抓住要点、删除繁杂，文辞贴切、道理透彻，一字不能增，也不能减，听他说话娓娓动听，让人忘记疲倦。”
霍王元轨喜爱读书，恭敬谨慎、坚守本分，言行举止不鲁莽。担任徐州刺史时，与处士刘玄平结为平民之交。有人问刘玄平霍王的长处，刘玄平说：“没有长处。”提问的人感到奇怪。刘玄平说：“人有短处才能显现出长处，至于霍王，没有短处，我怎么能称赞他的长处呢！”
起初，西突厥咥利失可汗把他的国家分为十部，每部有一位酋长，还各赐一支箭，称为十箭。又分为左、右两厢，左厢号称五咄陆，设置五大啜，居住在碎叶以东；右厢号称五弩失毕，设置五大俟斤，居住在碎叶以西；统称十姓。咥利失失去民心，被他的大臣统吐屯袭击。咥利失兵败，与他的弟弟步利设逃到焉耆自保。统吐屯等人准备拥立欲谷设为大可汗，恰逢统吐屯被人杀死，欲谷设的军队也战败，咥利失重新收复了原来的土地。到这时，西部最终拥立欲谷设为乙毗咄陆可汗。乙毗咄陆即位后，与咥利失展开大战，伤亡惨重。于是两国平分西突厥的土地，自伊列水以西归乙毗咄陆，以东归咥利失。
处月、处密部落与高昌一起攻占焉耆的五座城池，劫掠男女一千五百人，烧毁他们的房屋后离去。
贞观十三年（己亥，公元639年）
春季正月乙巳日，太宗车驾前往献陵祭拜；丁未日，返回宫中。
戊午日，加封左仆射房玄龄为太子少师。房玄龄自认为担任宰相十五年，儿子房遗爱娶了太宗的女儿高阳公主，女儿是韩王妃，深知功高震主的危险，上表请求解除机要职务；太宗没有同意。房玄龄坚持请求不止，太宗下诏拒绝他的上表，他才就职。太子想拜见房玄龄，设置仪仗侍卫等待他，房玄龄不敢入宫拜见，返回府邸，当时的人称赞他谦逊有礼。房玄龄认为度支部门关系到天下的利害，曾经有空缺，寻找合适的人选没有找到，于是自己兼任度支尚书。
礼部尚书永宁懿公王珪去世。王珪性情宽厚，生活十分节俭。如今，三品以上官员都建立家庙，王珪显贵已久，却只在寝室祭祀祖先。被司法部门弹劾，太宗没有追究，命令有关部门为他建立家庙，以此让他羞愧。
二月庚辰日，任命光禄大夫尉迟敬德为鄜州都督。
太宗曾经对尉迟敬德说：“有人说你谋反，为什么呢？”尉迟敬德回答说：“我谋反是事实！我跟随陛下征战四方，身经百战，如今能活下来，都是从刀箭下逃出来的。天下已经平定，却反而怀疑我谋反吗！”于是解开衣服扔在地上，露出身上的伤疤。太宗为他流下眼泪，说：“你穿上衣服，我不怀疑你，所以才告诉你，你又何必怨恨呢！”
太宗又曾经对尉迟敬德说：“我想把女儿嫁给你，怎么样？”尉迟敬德叩头谢罪说：“我的妻子虽然粗陋，但我们一起经历贫贱很久了。我虽然没有学问，但听说古人富贵了不换妻子，这不是我所希望的。”太宗于是作罢。
戊戌日，尚书省上奏：“近代挑选后宫嫔妃，有的出自微贱家族，不懂礼仪教化；有的来自受过刑罚的家庭，心怀积怨。请求从今往后，后宫及东宫的职位有空缺，都挑选出身良家、有才能德行的人补充，按照礼仪聘娶；那些没入官府的人口以及向来微贱的人，都不得补用。”太宗听从了这个建议。
太宗已经下诏让宗室大臣世袭刺史，左庶子于志宁认为古今情况不同，恐怕不是长久安定之道，上疏争辩。侍御史马周也上疏，认为：“尧、舜的父亲，还有丹朱、商均这样的儿子。倘若有孩童继承职位，万一骄横愚蠢，百姓就会遭殃，国家也会受到损害。想废除他，可他父亲的功绩还在；想保留他，可他的恶行已经显露。与其伤害现在的百姓，不如对已去世的大臣割舍恩情，这是很明显的道理。既然如此，从前所谓的爱护，反而成了伤害。我认为应当赐给他们土地、分封食邑，要是有才能德行，就根据才能授予官职，让他们既能承受皇恩，子孙也能终身享受福禄。”
恰逢司空、赵州刺史长孙无忌等人都不愿前往封国，上表坚决推辞，说：“自从承受皇恩以来，我们孤独无依，如履薄冰；宗室亲戚忧心忡忡，如同身处水火之中。回想三代的分封制度，大概是因为力量不能控制天下，所以顺势利用分封，礼乐制度，大多不是自己制定的。两汉废除诸侯、设置郡守，消除了从前的弊端，非常符合事理，如今因为我们，又有变更，恐怕会扰乱圣朝的纲纪；而且后代愚蠢不肖的继承人，或许会触犯国家法律，自取灭亡，再因为世袭的赏赐，导致家族被灭绝，实在令人怜悯。希望停止这道已经颁布的诏令，赐予我们保全性命的恩惠。”长孙无忌又通过儿媳长乐公主向太宗坚决请求，并且说：“我披荆斩棘辅佐陛下，如今天下安宁统一，为什么要把我们弃置在外州，这和流放有什么区别！”太宗说：“分割土地分封功臣，是古今通用的道理，我想让你们的后代，辅佐我的子孙，共同长久传承；而你们却又抱怨，我难道是强迫你们接受封地吗！”庚子日，下诏停止世袭刺史的制度。
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