在熊本市原塞迪克科技秘密基地的废墟上，一座崭新的、融合了东方古典莲元素与现代科技感的建筑群拔地而起——“圣莲科学研究院”。
这里既是圣教的总部核心，也是尖端光粒子研究的中心。对外宣称是致力于解决环境污染、疾病和能源危机的非营利科研机构。
同时，正木敬吾深谙“神迹”并非越多越好，而是需要精准、震撼且具有持续性影响力。他利用莲尊偶尔赐予的、极其微量的光粒子样本，结合自己的科技进行放大和定向应用。
并且开展了定向净化行动，也就是选择那些污染严重、政府束手无策、民怨沸腾的地区，在精心策划下，进行小范围的“神迹净化”。
例如，让一条被工业废水染黑的河流在特定时段内恢复清澈，或者让一片因辐射或特殊污染而寸草不生的土地突然焕发生机。这些行动往往伴随着圣教志愿者的“环境监测”和“社区服务”，行动前后都有“圣莲研究院”的科学报告发布，将“神迹”包装成“科技突破”或“特殊能量场的成功应用”。
除此之外，他还建立了“圣光疗愈中心”，就在研究院附近，设立了面向公众的疗愈机构。利用初步掌握的光粒子稳定技术，结合传统医学和心理辅导，对特定疑难杂症进行辅助治疗。
效果虽远不如莲尊亲自出手那般神奇，但确实能缓解症状，带来希望，成为圣教吸纳信徒和扩大影响力的重要窗口。收费模式采取“能力捐赠”原则，富人多捐，穷人少捐甚至免费，营造“普世救赎”的形象。
当然，这些都是附带的，实际上，他是以传教为名，借助莲尊给他的力量帮助那些被“黑暗之种”影响了的人净化这种“污染”，毕竟，迪迦再强，也难免会有遗漏，而正木敬吾的作用便是查缺补漏。
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