史可法本人在四月十一日，赶赴天长，檄调诸军援盱眙，忽然得到报告，盱眙守军已降燕虏，他对军队完全失去了控制，“一日一夜冒雨拖泥，直奔扬州。”四月十七日，燕虏进至离扬州二十里处立营，史可法檄调诸军增援扬州，但无一人响应。十九日，刘良佐投降燕虏，高杰部许多将领也降，转而随燕虏攻打扬州。扬州城中仅总兵刘肇基部和何刚为首的忠贯营誓死不降，兵力十分薄弱。
由于扬州城高墙坚，燕虏的红衣大炮还没有运到，慕容多铎派遣使者招降史可法、淮扬总督卫胤文，遭到严词拒绝。四月二十一日，甘肃镇总兵李栖凤和监军道高栖凤率四千明军入城，但他们的目的并不是助战，而是要挟制史可法投降燕虏。史可法毅然说：“公等何为？此吾死所矣！如欲富贵，公等自便。”李栖凤、高栖凤见无机可乘，于四月二十二日率所部并勾结四川将领胡尚友、韩尚良一道出城归降燕虏。史可法以阻止他们出城投降恐生内变为理由，不加阻止，听之任之。
四月十四日燕虏用红衣大炮轰塌城墙，“城上鼎沸，势遂不支。”四月二十日，扬州陷落，刘肇基战死，扬州知府任育民、何刚壮烈牺牲，史可法自刎未死，众人拥下城楼，大呼：“我史督师也”，被俘。伪燕豫亲王慕容多铎亲自劝降，但史可法表示：“城亡我亡，即碎尸万段甘之如饴，但扬州百万百姓不可杀剹。”后壮烈牺牲，终年45岁。
由于燕虏攻扬州时损失惨重，慕容多铎立马于尸横遍野的扬州城门，下令：“屠城十日不封刀！”传令兵刚要拨转马头前去传令，突然响起“叭叭叭……”八声清脆的枪声，再看传令兵被一枪爆头，慕容多铎除一枪爆头外，五肢俱中弹，眼见不活了。众燕虏抬头一看，只见一身披红披风的蒙面大侠立于扬州城楼之巅，手上的铁棍还冒着轻烟，人类对未知的恐惧让所有燕虏跪倒尘埃：“神仙爷爷饶命！”“下面的凡人听着：你们明燕双方人脑子打成猪脑子本座不管，但若谁要滥杀无辜百姓，慕容多铎就是你们的榜样！”说完施展缩地成寸之术倾刻间消失不见。
由于慕容多铎是被神仙所杀，燕虏不敢收尸，直到消息传到燕京，伪燕皇父摄政王慕容燕下旨，慕容多铎才被装进棺材运回燕京下葬。
燕虏东路军主将固山额真准塔到了扬州，收拢慕容多铎的兵将继续进攻南京，但一路上才也不敢下令滥杀无辜百姓，总是觉得神仙的神器一直指着自己的脑袋。
大明弘光元年（伪燕顺治二年）五月初八，燕虏自瓜州渡江，镇江巡抚扬文聪逃奔苏州，靖虏伯郑鸿逵逃入东海，总兵蒋云台投降，南京闭城门。
五月初十日，弘光帝朱由菘下旨放归所选淑女，当天午夜仍召梨园入宫演剧。翌日凌晨朱由菘率宫中四伍骑出通济门，不知所踪。天亮后百官入朝，见宫女、太监、优伶杂沓逃奔西华门外，才知道弘光帝已经逃走。南京全城大哗，马士英携邹太后出奔，市民救北来太子出狱，扶其入宫，在武英殿登基。五月十二日，朱由菘至太平府，以按察院为行宫。
此时靖国公黄得功驻守在芜湖，黄得功本是建炎帝亲军忠勇营统领，抗燕虏、平流贼，对大明忠心耿耿，积功封靖国公。朱由菘偷偷来到他的军营，黄得功惊讶地流着泪说：“陛下如果死死地守着南京，我们还能尽力抵抗，为什么听信奸侫之言来到这里？况且我正在对敌作战，怎么样保护你的车驾？”朱由菘说：“除了你朕找不到可以信任的人了。”黄得功流着泪说：“我愿意为陛下效死。”
黄得功受了伤，胳膊差点断掉，用布吊着坐在船上，指挥手下抵御燕虏，已经降虏的刘良佐在岸上喊话劝他投降，黄得功怒斥刘良佐，突然一箭飞来，正中黄得功咽喉，当场殉国。田雄等叛贼冲上御舟，拿下朱由菘投降了燕虏。
大明弘光元年（伪燕顺治二年）五月，当燕虏逼近南京，兵临城下时，内阁首辅、东林“嘴炮”领袖钱谦益的妾室柳如是（秦准名妓，八艳之一）劝钱谦益和她一起投水殉国，钱谦益沉思无语，最后走近水池试了试水温说：“水太凉，不能下。”柳如是奋而投水自尽，却被钱谦益托住了。
五月十五日，燕虏将南京包围，时伪燕皇父摄政王慕容燕下令：“华族降臣降民必须和燕虏一样，头前剃成秃瓢，后面留根猪尾巴。”而华族数千年以儒治国，讲究“身体发肤，受之父母，不得毁伤”，因此强烈反抗，因此慕容燕下令：“留头不留发，留发不留头。”
钱谦益摸了摸头发说：“头皮痒得利害”，说完出门而去。众人以为他拿篦子篦发，谁知他再出来时剃了头发，留了条猪尾巴，错谔中群臣纷纷仿效，在滂沱大雨中打开了南京城门，向燕虏主帅固山额真塔布投降。
五月二十五日，朱由菘乘无幔小轿在燕虏的押送下进入南京聚宝门，头蒙缁素帕，身衣蓝衣袍，以油扇遮面，两妃乘驴跟在后面，南京市民纷纷唾骂，用瓦砾、烂菜叶、臭鸡蛋向他身上乱扔。
固山额真塔布在灵璧侯府设宴款待南明降君降臣，命朱由菘坐于北来太子之下，宴后将弘光帝拘押于江宁县衙署。
大明中兴元年（伪燕顺治三年）四月，弘光帝、邹太后、路王朱常淓等大明宗室被押往燕京，五月有人向伪燕皇父摄政王慕容燕告发说故明衡王、荆王密谋造反，于是慕容燕下旨将弘光帝朱由菘、潞王朱常淓、北来“太子”王之明等大明宗室十七日在燕京荣市口斩首。南明就此灭亡，明皇嫡系被斩尽杀绝，燕虏无意中为楚越亲王朱慈炅继承皇明大统扫清了障碍。
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