第三阶段，初号机的设计与制造，第一台纯粹人类手段培育、制造的EVA，拥有理论上无限的可能性。同时也是我绝望之下的遗作。在人类无力抵抗使徒的攻击，面临最绝望的状态时，做为第三次冲击的扳机，提前由人类引发第三次冲击。
然后初号机收容全人类的灵魂，流浪宇宙，找到合适的新家园后，由人类自身从初号机崩坏后产生的LCL中再次诞生，延续种族的存活。
在这个过程中，引发第三次冲击的初号机驾驶员，他将从第三次冲击的仪式中升格，成为真正的使徒或者说神明，和成为方舟的初号机一起带领人类这一种族寻找新的家园。
虽然责任重大，又孤单寂寞，但是初号机理论上唯一的驾驶员碇真嗣将会活下去。
另外还有第三阶段的补充，真嗣足够优秀，使徒也足够强，常规形态下无法解决使徒的话，那就解放初号机的全部力量，但是后果还没研究出来。
然而……”
碇唯低头看了一眼还在懵逼的老碇，越想越气。
“你改的都是些什么玩意！”“砰！”碇唯一脚踢在老碇脸上，老碇当场昏迷。
“呼……想想还是好气。话说你还有什么计划吗？我们能派的上用场的那种。”
“帮我解决一下初号机动不动就进入拟神形态的问题吧，毕竟我对这块不熟悉。另外，还要找到BAKA真嗣，那哥们不知道躲在哪里了，一直找不到。”
“拟神形态……？那是啥？”唯一脸迷惑。
“初号机超越使徒形态，头顶顶着guf之门的形态，再之后一会会长翅膀的形态，大意如此。”
“啊，这就是全解放形态……动不动？就？guf之门？”
“算了，等之后你亲眼看一下就知道了。先回本部？遇到使徒突然袭击就不好玩了。”
“好久不见了啊，唯，直子。”冬月已经在预定传送回去的地点等着了。
“好久不见了，冬月老师。”
“果然挨揍了吗？”冬月上前几步看着躺在担架窗上，嘴角流着血，大半张脸都肿了的老碇。
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