随着天启维新的推进，朱由校这才发现大明公司早已老旧迟缓，四处漏风潲雨，当初几十万女真人能横扫中原并非偶然现象。
首先是官僚集团的党争和腐败，这次商人集团能成功进入士族就是利用了他们内部的矛盾，前面有糖衣炮弹做掩护，后面有朱由校的推波助澜，商人已经取得了议政权，类似英国的下议院。
其次是军户制的名存实亡，当初朱元璋建立的这种制度能够有效的解决兵源和粮饷的问题，可到了明末军屯已经成为朝廷的负担，不但无法向国家输送优质的兵源，而且还要消耗大量的资源，更有甚者很多皇亲国戚和官僚将其视为生财的门道，导致这种腐败公开化。
最后是财政的破产，如果不是朱由校强行对外通商，收回江南盐茶瓷铁等赋税，朝廷早就债台高筑。一旦失去经济基础，上层建筑自然也会倒塌，这种历史规律伴随每一次王朝的更替，这也是为什么南明不能与满清划江而治的原因。
除此之外，明朝还有一个最致命的毒瘤，那就是庞大的藩王们。这种坐食俸禄的制度是从朱元璋开始的，到天启年间已经二百多年，需要朝廷供养的人数多达十余万。这些人过惯了富贵奢靡的日子，面对天启维新如临大敌，先前他们曾蛊惑朱由检继承大统，但被朱由校那套兄友弟恭的理论给轻松化解，朱由校摇身一变成为这场维新的主力。
眼见自己的阴谋被识破，他们表面上给朱由校写信哭诉，要求迁回到凤阳给祖宗看墓地，以免丢了皇家的脸面，暗地里又重新推举武昌的楚王朱华奎为头领，秘密在黄鹤楼内活动。
要说着他们这点心思朱由校是完全理解的，也曾多次与宗人府商议折中的办法。其实朱由校的本意是提高领取俸禄的门槛，让他们在社会发展中做出一些贡献，同时解放那些出了五服的宗亲，鼓励他们参与到各行各业当中。可是从奢入俭太难了，大宅门里的人甚至没有生存的一技之长，最后双方的对抗越来越激烈，逼得朱由校被迫亮剑自保。
孟子在《鱼我所欲也》中有句非常经典的话：“鱼，我所欲也，熊掌亦我所欲也；二者不可得兼，舍鱼而取熊掌者也。”对于朱由校来说，一边是富民强国的战略，一边是“血浓于水”的亲情，处理起来有时很难抉择。福王朱常洵的教训已经非常惨痛了，他实在不想再对藩王挥起屠刀，为此他先派俞定边亲自率羽林卫前往武昌封锁楚王府邸，然后命各地藩王及其世子到南京祭祖，准备用比较平和的方式解决这场内乱。
要说支持限制俸禄制度的王爷也是有的，比如宗人令秦王朱存枢、左宗正晋王朱求桂、右宗正周王朱素溱，他们都是高迎祥、李自成等农民起义的受害者，要不是跑得快他们早就和福王一同去太祖那里报道了。
小福王朱由崧经历那场浩劫后也成了皇帝的忠实粉丝，在各地言传身教的宣传革新的必要性。此外还有成都的蜀王朱至澍、宁夏的庆王朱倬演、桂林的靖江王朱履佑，他们都曾参与过平息土司叛乱、征讨蒙古和南越的战争，亲眼目睹了将士们对皇帝的崇拜和对他们的鄙视，也亲身感受到了新政给这个国家带来的积极变化。
去南京之前朱由校临时安排了一个小插曲，带着这帮王爷和世子们专程去凤阳一趟。当初高迎祥造反，曾经在凤阳挖了老朱家的祖坟，事后工部和凤阳知府曾多次上书请求修复，都被朱由校驳回。有这么一个现成的爱国教育素材，朱由校实在不想轻易的浪费掉，以往他都用来鞭策百官和学生，这次他要用来给藩王们上一课。
看着眼前这副凄惨的景象，众人掩面垂泪，唏嘘不已。德王朱常渥久居济南，深受孔孟之道的熏陶，忠孝之气最为厚重，趴在破烂的坟头哭诉道：
“臣得祖宗庇护却不能守护祖宗的陵墓，愧为皇族，死不足惜！”
说完就要撞死在台阶上，幸亏几个金吾卫眼疾手快，才避免了这一悲剧。
朱由校见德王被底下人控制起来，这才对众人说道：
“太祖创下的基业传到朕这里已有二百五十多年，经过十几代人的努力华夏文明已经重回巅峰，这中间有土木堡之变、倭寇之乱、建虏之祸以及红毛夷的袭扰，想不到却让几个毛贼玷污了祖宗的英灵。
高迎祥、李自成等匪首都已伏法，但他们为大明王朝敲响了警钟。当初皇叔在洛阳玉盏金杯、美人歌舞，守城的将士却连口饱饭都吃不上，这才引起哗变，不但福王一脉几乎被屠戮殆尽，整个洛阳也是尸横遍野，难道这个教训还不够深刻吗？”
身为宗人令的秦王朱存枢当初在义军的追杀下可谓九死一生，几次改头换面这才逃至京师，听闻朱由校的痛斥，他感同身受的哭诉道：
“圣上所言极是，臣在逃亡时隐姓埋名，甚至不敢穿戴皇族的服饰，否则不用叛军出面，沿途的百姓也会把臣给撕烂了。
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