如果说前面的新政是为了改善明朝内忧外患的窘境，那么这一次的维新则是要打破士农工商的封建体统，通过更为合理的选拨制度为国家建设招揽人才。谁都明白其中的好处，可真要在自己身上剜肉却又舍不得。随着维新进程的加快，朱由校明显感觉到阻力也越来越大，他辛辛苦苦培养起来的孙承宗、熊廷弼、黄克缵、沈有容等四大家族在朝堂独木难支。保守派们的奏折就像洪水一样将司礼监和内阁淹没，这些酸腐的儒生仗着满腹经纶明捧暗讽，表面上把维新夸的天花乱坠，暗地里却把老朱家的祖宗十八代都骂了个遍。
此时焦头烂额的朱由校这才发现自己也不过是个孤家寡人，即便他曾对外用兵开疆拓土，对内增设军机处来制衡内阁和司礼监达到自己独揽大权的目的，可他依然无法撼动数千年的封建制度。他实在想不通为什么这些人明明在重商主义的政策下获得了大量的实惠，却还要公然反对自己的决策，这不是端着新政的碗砸新政的锅吗？气急败坏的他将案几上的那堆奏折使劲推到地上，咬牙切齿的骂道：
“当初改组贸易公司，公开吸纳朝中权贵和地方官吏的股份，本意是让他们分享海外贸易的红利。随着国内外商贸的发展，他们获得的利益也越来越多，甚至远远超过了天启元年的薪资俸禄。这群呆鸡平日里除了数钱，难道就不想想如果在朝廷的控制之下继续开放对外贸易吗？相比之下，那些欧洲的弹丸小国却在不停的探索新大陆，开拓新市场，此消彼长将来大明迟早会被欧洲超越，一旦国力衰竭，势必会成为群狼的猎物。”
众人听闻小皇帝的怪论不免觉得匪夷所思，第二次人口普查过后明朝的在籍人口超过一亿，每年岁入达到千万两白银，与其他国家完全不在一个重量级上。倭寇和海盗平息后，明朝增加了对外贸易的商埠，凭借丝绸、瓷器、茶叶、药材、火器等拳头产品在整个贸易体系中独占鳌头，致使西班牙、葡萄牙从美洲掠夺的黄金白银大都流入明朝，虽然英格兰、荷兰的崛起在一定程度上扼制了这种一边倒的贸易关系，但有了石见银山每年几十吨的开采量，明朝的商贸发展已经进入银本位的货币体系。
对于朱由校的这种忧患意识，孙承宗也是非常认同的，不过日本被分裂以后，大明的海疆已经风平浪静，他早已在密切关注着北方的局势，趁机说道：
“圣上恢复旧港宣慰司，又派南居益率重兵镇守马六甲海峡，沿途商路畅通，贸易繁荣，不但初现成祖皇帝时期的盛世，还沿着三宝太监的航迹到达更远的欧洲列国，这都是彪炳史册的壮举。在这种背景下，每年都有大量的白银纳入国库，有力的支持了圣上的新政和维新，也提高了百官的薪资待遇，这是皆大欢喜的局面。
只是我朝立国近二百六十年，危机一直出现在北方，虽然圣上设立了民族联盟，但这些年蒙古草原上并不安宁，子卿城和乌兰巴托都先后遭到不同程度的袭扰，陆上丝绸之路业已中断，这说明蒙古并未真心归附，因此百官反对的并不是圣上的大洋争霸战略，而是先集中精力巩固陆上的朝贡体系，防止游牧民族趁机生事。”
朱由校知道他这是想为群臣开脱，要在平时肯定会虚心纳谏，但这次君权与臣权的较量有些水火不容，双方都没有退路可言，摇头说道：
“太师高居庙堂还能居安思危，这才是国之重器。只是底下那群酸腐儒生的狂悖、浅薄之论，是不是有些藐视大明律的威严？”
听到皇帝拿律法说事，掌管东厂的魏忠贤心知这是要拿人的节奏，不免跃跃欲试，面带红光的说道：
“主子乃千古一帝，天下子民莫不爱戴，对于那些阻碍维新的官员，奴才肯定主子将他们交给东缉事厂查办，一定顺藤摸瓜审出他们的后台。”
魏忠贤轻描淡写的几句话，在场的官员却已人心惶惶，他们早已见识了东厂的霹雳手段，知道这群人是绝对不能招惹的。这些年东厂在魏忠贤的带领下打击东林党，秘密抓捕贪官奸商，所到之处寸草不生，当地百姓无不拍手称快，官绅富商犹如惊弓之鸟。
朱由校见魏忠贤要出手，心想此事还没到亮剑的时候，没必要置人于死地。前几年他和魏朝在东南各省查办盐、茶、矿税，捣毁了东林党的贪财窝点，已经处于风口浪尖之上，为此朱由校将他秘密雪藏。
其实朱由校刚来到明朝的时候也是带着有色眼镜看他，记得中学时期有篇《五人墓碑记》，是张溥写的一篇碑文，主题思想是颂扬五位烈士宁死不屈的斗争精神，相比之下魏忠贤就是个贪财误国的死太监。不过作者后来仔细翻阅了颜佩韦、杨念如、马杰、沈扬、周文元的资料，发现他们都是有名的士绅，但绝不是张溥所说的“贤士大夫”。这场斗争的初衷是反对魏忠贤征服矿税，为此他们挟持苏州百姓的民意，将自己粉饰成道德君子。
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