在与原剧情一致的世界线中，维斯考特、艾伦和伍德曼，心中燃烧着对全人类的仇恨之火，那熊熊恨意驱使他们踏上了一条充满疯狂与未知的复仇之路。
时光回溯到欧亚大空灾的5年前，也就是崇宫澪诞生的5年前。身为魔术师的艾伦，在一次对宇宙空间的探索中，有了一个惊人的发现。在浩瀚无垠、神秘莫测的宇宙空间里，存在着一种与灵结晶极为相似的晶体。据研究推测，这些晶体竟是宇宙大爆炸时的产物，一共仅有十二枚，他们暂且将其命名为「创世源晶」。更令人震惊的是，整个宇宙竟然是由一个神秘的「创世晶核」孕育而生，在那场开天辟地的宇宙大爆炸之后，创世晶核发生分裂，化作了这十二枚珍贵而神秘的创世源晶。
维斯考特得知这一消息后，眼中闪烁着贪婪与疯狂的光芒，一个大胆而疯狂的计划在他心中悄然成型。他决定利用精灵术来激活这十二枚创世源晶，这个计划被他命名为《创世神计划》，在他的幻想中，这将是他掌控世界、向人类复仇的关键一步。
当十二枚创世源晶在精灵术的作用下被成功激活的那一刻，奇异的事情发生了。这些原本没有生命的晶体，似乎被赋予了意识，它们像是受到某种神秘力量的召唤，开始相互吸引。在众目睽睽之下，它们缓缓靠近，重新组合在一起，最终竟然还原成了最初的创世晶核。看着眼前这蕴含着足以改变宇宙力量的创世晶核，维斯考特的脸上露出了难以抑制的贪婪之色，仿佛整个世界都已经在他的掌控之中。
然而，命运似乎总是喜欢捉弄疯狂的人。就在维斯考特沉浸在即将掌控一切的美梦中时，意外毫无征兆地发生了。由于精灵术的影响，创世晶核上开始出现一个又一个微小的细胞，这些细胞以惊人的速度分裂、生长。仅仅在转瞬之间，创世晶核竟然发生了惊人的变化，化为了一个绝美动人的精灵少女。维斯考特震惊之余，强压下内心的慌乱，将这个突然出现的精灵少女命名为「零号精灵」。
零号精灵缓缓睁开双眼，那一瞬间，一股强大到令人窒息的力量爆发出来。这股力量是大量灵力与创世神力的混合能量，它的出现直接引发了一场恐怖的「次元大崩坏」。整个世界在这股力量的冲击下摇摇欲坠，仿佛随时都可能走向毁灭。然而，令人意想不到的是，零号精灵在次元崩坏中突然消失了，就像她从未出现过一样。但她的消失却带来了一个意外的结果——次元崩坏竟然被平息了。这场突如其来的灾难最终导致的伤亡人数不超过一百个，这无疑是不幸中的万幸。
维斯考特、艾伦和伍德曼虽然在这场灾难中侥幸存活下来，但他们也深刻地认识到，创世神力是一种极其强大且难以控制的力量。为了实现自己的野心，他们经过一番商议，决定再次施展精灵术。这一次，他们聚集了全世界的魔力，在欧亚大陆上召唤出了一位来自异世界的精灵少女——「始源精灵」。然而，他们的这个举动却引发了更为严重的后果——“欧亚大空灾”。这场灾难如同一场灭世浩劫，导致了1亿5000万人的死亡，整个世界陷入了一片悲痛与绝望之中。
之后，始源精灵在命运的安排下遇到了崇宫真士和崇宫真那。崇宫真士被始源精灵的美丽与神秘所吸引，为她取名为「澪」。从那以后，澪和崇宫真士开始了一段甜蜜而又充满波折的约会。然而，幸福的时光总是短暂的。维斯考特为了通过崇宫澪控制邻界，以此来对抗那位神秘的零号精灵，他不择手段地杀死了崇宫真士。这一残酷的现实让崇宫澪陷入了无尽的痛苦与绝望之中，也彻底点燃了她心中的复仇之火。为了复活崇宫真士，崇宫澪开始了她那充满艰辛与挑战的复活计划……
时间线悄然来到了现在，一切看似平静，却又暗藏汹涌。五河士道的物理老师依旧是那个神秘的村雨令音，而她的真实身份正是崇宫澪。与此同时，学校里来了一位新的化学老师（兼副班主任），她是一个在物化生专业领域堪称天才的少女，不仅如此，她对华夏文言文也有着颇深的研究。这位老师性格温柔、天真无邪，有时候还有些沙雕，给人一种亲切可爱的感觉。她的名字叫做「星海愿雏」，然而，很少有人知道，她的真实身份竟然是零号精灵崇宫源初的本体伪装。
崇宫源初这个名字是她自己取的，其中有着特殊的含义。她从神秘的“万象铭世轮”中得知了那位来自邻界的始源精灵姓氏为“崇宫”，出于一种想要恶作剧的心理，她特意选择了这个姓氏，就是为了恶心崇宫澪。而「源初」这个名字，则是她记忆中自带的，或许是创世晶核赋予她的。至于「星海愿雏」这个名字，同样是她为了隐藏身份而精心挑选的，寓意着星辰大海，愿为雏鸟，充满了诗意与梦幻。由于是本体伪装，所以星海愿雏可以随时随地召唤灵装，摇身一变成为崇宫源初。不仅如此，崇宫源初还有着分身，这些分身们统称「创世分裂体」，英文名为“Creation Division”，她们就像是崇宫源初的影子，随时听从她的召唤，执行她的意志。
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