唐军到达柳谷，侦察兵说麴文泰将在近日下葬，国人都聚集在那里，各位将领请求袭击他们，侯君集说：“不行，天子因为高昌无礼，所以派我讨伐他们，如今在墓地袭击别人，不是讨伐罪责的军队。”于是擂鼓进军，到达田城，劝谕他们投降，田城守军不投降，黎明时分发起进攻，到中午就攻克了，俘获男女七千多人。任命中郎将辛獠儿为前锋，夜间奔赴高昌都城，高昌出兵迎战，战败，大军随后赶到，抵达城下。
麴智盛给侯君集写信说：“得罪天子的是先王，上天的惩罚已经施加，他已经去世。我即位不久，希望尚书怜悯体察。”侯君集回信说：“如果能悔过，就应当束手到军营门前投降。”麴智盛仍然不出来。侯君集命令填埋壕沟攻城，飞石如雨般落下，城中的人都躲在房屋里。又建造巢车，高达十丈，俯瞰城中。有行人以及被飞石击中的人，都大声告知城中。起初，麴文泰与西突厥可汗结盟，约定有紧急情况相互援助；西突厥可汗派遣他的叶护驻守可汗浮图城，为麴文泰声援。等到侯君集抵达，西突厥可汗畏惧，向西逃走一千多里，叶护献出城池投降。麴智盛陷入困境，癸酉日，打开城门出城投降。侯君集分兵攻占土地，攻克二十二座城池，有八千零四十六户，一万七千七百人，土地东西八百里，南北五百里。
太宗想把高昌改为州县，魏征劝谏说：“陛下刚即位时，麴文泰夫妇首先前来朝见，后来逐渐骄横傲慢，所以才加以诛伐。罪责只在麴文泰一人，应当安抚他的百姓，保全他的国家，重新立他的儿子为可汗，那么威望和德行就能遍及边远地区，四方夷族都会心悦诚服。如今如果贪图他的土地设置州县，就需要常年派一千多人镇守，几年更换一次，往来途中死亡的人有十分之三四，供应衣物物资，远离亲戚，十年之后，陇右就会空虚耗费。陛下最终不能得到高昌的一粒粮食、一尺丝绸来资助中原，这就是所谓的分散有用的力量来做无用的事情。我看不出这样做的好处。”太宗不听从，九月，将高昌土地设为西州，将可汗浮图城设为庭州，各自设置属县，乙卯日，在交河城设置安西都护府，留下军队镇守。
侯君集俘获高昌王麴智盛及其群臣豪杰返回唐朝。于是唐朝的疆域东到大海，西到焉耆，南到林邑，北到大漠，都设置了州县，东西共计九千五百一十里，南北共计一万九百一十八里。
侯君集讨伐高昌时，派遣使者约焉耆与他合力，焉耆高兴地听从命令。等到高昌被攻破，焉耆王前往军营门前拜见侯君集，并且说焉耆的三座城池先前被高昌夺取，侯君集上奏将高昌掠夺的焉耆百姓全部归还。
冬季十月甲戌日，荆王李元景等人再次上表请求封禅，太宗没有同意。
起初，陈仓折冲都尉鲁宁因事被关押在狱中，自恃官阶高，辱骂陈仓尉尉氏人刘仁轨，刘仁轨用杖打死了他。州府上报朝廷。太宗大怒，命令处死刘仁轨，怒气仍未平息，说：“一个小小的县尉，竟敢杀我的折冲都尉！”命令将他追回长安当面责问。刘仁轨说：“鲁宁当着百姓的面这样侮辱我，我实在愤怒才杀了他。”言辞神色镇定自若。魏征在旁边侍奉，说：“陛下知道隋朝灭亡的原因吗？”太宗说：“为什么？”魏征说：“隋朝末年，百姓强悍而欺凌官吏，就像鲁宁这样。”太宗高兴，提拔刘仁轨为栎阳丞。
太宗将要前往同州打猎，刘仁轨上书说：“今年秋季大丰收，百姓收获的还只有十分之一二，让他们供应打猎事宜，修整道路、修补桥梁，动辄耗费一两万个工日，实在妨碍农业生产。希望陛下稍微停留十天，等待百姓收割完毕，这样公私都能受益。”太宗赐玺书嘉奖并采纳了他的建议，不久提拔他为新安县令。闰十月乙未日，太宗前往同州；庚戌日，返回宫中。
丙辰日，吐蕃赞普派遣他的丞相禄东赞献上五千两黄金以及数百件珍玩，请求通婚。太宗答应将文成公主嫁给她。
十一月甲子朔日，冬至，太宗在南郊祭祀。当时《戊寅历》以癸亥日为朔日，宣义郎李淳风上表说：“古代历法划分日期从子时的一半开始，今年甲子朔日冬至，但前太史令傅仁均减少余数过多，以子时初为朔日，于是相差三刻，与天体运行不符，请重新加以考定。”众人商议认为傅仁均确定的朔日略有误差，李淳风的推算校订更为精密，请求按照李淳风的建议，太宗听从了。
丁卯日，礼官上奏请求将为高祖父母的服丧期改为齐衰五月，嫡子的妻子服丧期改为一年，嫂子、小叔、弟弟的妻子、丈夫的哥哥、舅舅都服小功；太宗听从了。
丙子日，百官再次上表请求封禅，太宗下诏同意。又命令各位儒士详细制定礼仪制度；任命太常卿韦挺等人为封禅使。
司门员外郎韦元方给使者发放过所（通行凭证）拖延迟缓，使者上奏此事；太宗大怒，将韦元方贬为华阴县令。魏征劝谏说：“帝王的震怒，不能随意发作。前几天因为使者的事情，连夜发出敕书，处理得像军事机密一样，谁不震惊害怕！况且宦官这类人，自古以来就难以教养，容易说长道短，引发祸患，让他们独自远行出使，很不合适，这种风气不能助长，应当慎重对待。”太宗采纳了他的意见。
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