但由于东晋发生内乱，朝廷于321年派戴渊为征西将军，都督各军守寿阳，镇西将军祖逖不愿隶属其下，修武牢沿黄河防御，又得知朝廷内部王敦和刘隗矛盾重重，忧愤而死。王敦因为祖逖去世而不必顾虑遂叛变 [13]。祖逖军由其弟祖约率之，最后也随苏峻叛变。由于晋朝内部矛盾，失地得而复失。晋成帝时则由庾亮、庾翼兄弟主持北伐，他们以荆州为中心，意图发动北伐。但是因被抵制，所以没有实现统一。庾氏兄弟相继去世后，朝廷先后由褚裒、殷浩、谢尚、桓温、司马勋等多次北伐 [40]。
346年晋穆帝时，桓温、周抚、司马无忌、毛穆之、袁乔等讨伐成汉，次年讨灭。349年石虎死，晋廷派褚裒北伐，失败。桓温多次破坏北伐，在褚裒北伐失败后引军东下武昌与殷浩争权。晋廷不许，改以殷浩、司马勋、谢尚负责北伐。352年殷浩联合羌将姚襄北伐前秦，被苻健击败。次年殷浩再度北伐，为姚襄所袭，殷浩被桓温弹劾罢免。
354年桓温伐前秦，但由于苻健采坚壁清野战术 [47]，桓温又态度消极不进，最后晋军缺粮而撤退 [13]。356年，桓温讨伐河南姚襄，击溃之并攻占洛阳，修谒皇陵。358年桓温不顾朝廷要求其驻守经营洛阳，仅留毛穆之三千人守洛阳，自行南撤。等到晋哀帝及晋废帝（即司马奕）相继为帝之后，桓温已经控制兵权。
当时北方呈现前秦、前燕代凉割据的局势，洛阳为前燕占领。桓温为了准备专权，于369年讨伐前燕 [13]。当时燕军大败，晋军进驻枋头（今河南浚县附近）与燕将慕容垂对峙。最后晋军缺粮而退，慕容垂率军追杀，晋军大败。
371年桓温废晋帝司马奕为东海王，改立司马昱为简文帝。隔年简文帝去世，晋孝武帝继位，373年桓温要求“九锡”，大臣谢安、王坦之拖延该事，不久桓温病死 [40]，东晋暂时中止了北伐。
淝水之战
淝水之战前夕，前秦东晋对峙图晋孝武帝时，谢安执政，桓冲为荆州刺史，防御荆襄地区；谢玄镇广陵，与谢安防御淮南地区。为了加强中央军力，晋孝武帝令谢玄招募淮南江北百姓，成立北府军 [40]。
370年前秦灭掉前燕后，前秦帝苻坚即有意灭东晋以统一天下。373年攻下东晋梁益二州。378年派苻丕围攻襄阳，朱序坚守，于隔年攻破，俘虏了朱序；又派彭超围攻彭城，却被谢玄率北府兵击败。382年吕光平定西域后，苻坚的目标指向东晋。次年5月桓冲率10万军，意图夺回襄阳，苻坚派苻睿、慕容垂等人防御 [47]。8月苻坚认为时机已到，率举国之师南征东晋，兵分三路，声势浩大 [48]。他亲率步兵60万抵达项城，派苻融为先锋率27万兵攻打寿阳，梁成等人屯洛涧以控制淮河。晋廷震惊，谢安力持镇定，命谢石为前线大都督、谢玄为先锋，与谢琰、桓伊等人率8万北府兵北上救援。 [40]
383年10月秦军前锋攻陷寿阳后，苻坚赶往指挥，并派朱序向谢石诸降劝降。但朱序尽泄秦军虚实，并建议速战速决。11月谢玄派刘牢之率五千精兵攻破洛涧，晋军西行，与秦军对峙淝水。12月有人向苻坚建议后退决战 [49]。诸秦将认为阻敌淝水畔比较安全，但苻坚认为半渡而击可主动对决。当秦军后移时，晋军渡水突击，朱序于后军大喊秦军已败。此时秦军大乱，谢玄等人乘胜追击，秦军全面崩溃，苻融战死，苻坚中箭，孤身北返，后由慕容垂护送。此役晋军全面胜利，于东晋历史上意义非凡，史称“淝水之战”。 [40]
战后，谢安都督诸州军事，准备北伐支离破碎的前秦。384年谢安命谢玄、桓石虔率军北伐，谢玄等人自广陵北上，攻克鄄城、广固等地，并修建青州派（水利工程） [50]以运送粮草。此役收复山东、河南一带，将领土划至黄河以南。荆州军也成功收复四川、襄阳一带。谢玄继续北上，前锋刘牢之一度打到邺城。但专政朝廷的司马道子（孝武帝的弟弟）忌讳谢氏功高，朝议“以征役既久，宜置戍而还”，令谢玄回镇淮阴，最后北伐功败垂成。 [40]
朋党之乱
司马道子为晋孝武帝之弟，甚受信任。淝水之战后谢安谢玄被司马道子排挤，最后相继去世，朝廷逐渐混乱，北府军后由王恭等人统率。桓冲去世后，桓家后来由桓玄领导。390年晋孝武帝对司马道子不满，遂内以王珣、王雅入廷，外以王恭任兖州刺史、殷仲堪任荆州刺史；司马道子也引王国宝及王绪抗衡，朋党乱起。
396年晋孝武帝被妃子张氏杀害，太子继立，为晋安帝。398年王恭和庾楷上表弹劾王国宝并领兵讨伐，殷仲堪遥援，吴姓世族也发民支持。司马道子畏惧，只好杀王国宝、王绪求和。之后司马道子听从司马尚之建议，任王愉江州刺史为外援。
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