衣冠南渡
西晋灭亡后，汉地世族及平民陆续南迁，形成北方侨民和南方土着聚居的局面。316年，西晋被匈奴建立的政权所灭亡，北方从此进入五胡十六国时期 [11]。司马睿受到时任丞相的王导和朝中勋臣的一致拥戴，于317年三月在建邺称帝，改建邺为建康，史称东晋，据有中国南方的领土。 [1-2] [40]但晋廷稳定后大量引用侨姓世族（原北方世族），压抑江东世族。然而，由于侨姓世族持续侵犯江南经济并打压南方世族入仕朝廷，使得侨吴世族在政治及经济上的冲突仍在。加上世族对寒族歧视、与朝廷分庭抗礼；中央与方镇对立及野心家的崛起，使得东晋一朝未能统一中国。
晋元帝司马睿原属于东海王越一党，镇下邳。当时江东少受中原战乱影响，晋元帝渡江后倚重王氏，信任王导、王敦，时称“王与马，共天下”。吴姓世族以义兴周氏及吴兴沈氏并为江东二豪，吴郡朱、张、顾、陆四氏居次。303年、305年及310年间江南发生三次叛乱 [41]，皆由义兴周氏的周玘和顾荣、贺循、纪瞻、甘卓等平定，使江南得以稳定，史称三定江南。
东晋初期由于皇权衰落，朝廷大权主要由世族掌握，由于军权外重内轻，朝廷控制力弱，不少方镇心怀野心，先后发生了王敦之乱、苏峻之乱及桓温专政 [13]。虽然部分士族当权者有恢复之心，前后发动几次北伐，但是朝廷担心野心家借此扩张势力，大多消极支持。
世族扰政
307年八王之乱后，司马睿听从王导建议迁镇到建康。南迁后王导以“镇之以静，群情自安”政策稳定政权，他藉由当地名士顾荣、贺偱、纪瞻为引，进而获得吴姓世族的拥护。而后大量北方世族及皇族衣冠南渡，在王导号召下共同支持司马睿，使得江南诸州次第归附，晋怀帝蒙难司马睿被天下推举为盟主，不久被晋愍帝任命为丞相，在江东建立统治。 [40]
东晋初期，王导等人采取镇之以静策略， [42]以稳定局势。东晋的庄园经济的程度比西晋更重。由于农业技术提升等因素，在侨姓世族与吴姓世族密集开发 [43]下，江南获得全面开发而繁荣兴盛，中国的经济中心也逐渐南移，使得后来有大运河的出现。此外，在手工业和商业方面也有长足进步。
东晋统治阶级主要由世族掌权，由于军权外重内轻，不少方镇心怀野心，造成如王敦之乱、苏峻、祖约之乱及桓温专政。此时虽然陆续有北伐以收复失土，因为内部矛盾而始终未能重建巩固的全国统一政权。383年前秦出动举国之师，意图灭亡东晋 [40]。面对亡国之祸，东晋君臣一心，这是成立以来最团结的一次。淝水决战后前秦崩解，谢安、谢玄等人成功的收复大批失土。然而，后期又发生朋党相争及桓玄篡位。由于平民负担沉重，又发生孙恩、卢循之乱。谯纵亦据蜀地自立。最后刘裕崛起，平定诸乱，并夺得皇位，进入了南北朝时期。
因为北方外患威胁仍在，东晋朝廷赖世族及方镇的支持以稳定局势，这使得不少士族掌握强大的武装形成割据。王敦素来桀傲，有意控制朝廷，晋元帝为了抑制王氏权势，以刘隗、刁协、戴渊等人牵制，并防御王敦，削弱其兵权。 [13]王敦利用祖逖去世、京城防御不足，于322年发兵，攻陷建康。刁协等人被杀，史称王敦之乱。晋元帝忧愤而死，太子绍继位，是为晋明帝。当时王敦欲专权，移镇姑孰（今安徽当涂县），但于324年病危。晋明帝下令讨伐，平乱成功，由于王导未附逆，所以王氏仍受晋室重用。 [40]
325年晋明帝去世，太子衍继立，是为晋成帝。由王导及外戚庾亮辅政 [44]。当时军事重镇分由陶侃镇守荆襄地区及由苏峻及祖约等镇守淮南地区。陶侃怀疑因为庾亮的干预，使得未能辅政而感到不满。庾亮为了提防陶侃，任温峤镇守武昌 [44]。由于苏峻及祖约对庾亮巩固中央的政策感到不满，于327年反叛。次年苏祖联军攻陷京师，胁持晋成帝，庾亮逃至寻阳（今江西九江市），史称苏峻之乱。此时陶侃观望，经温峤力劝之下决定讨伐苏峻。苏峻迎战阵亡，329年陶温联军收复京师，平乱成功。事后庾亮请罪，外调镇芜湖，朝廷由王导执政。334年陶侃去世，庾亮代之，仍遥控朝廷，与王导交恶。339年后王导与庾亮先后去世，由庾翼执政，掌握荆州军权。 [40]
北伐中原
在东晋成立后，南迁的晋人莫不希望发动北伐，收复在北方沦陷的家园。但由于世族已安居江南，南方丰富的资产使得重返北方的意愿不高。但是东晋建立后，依然进行了多次的北伐 [45]。
东晋初期，朝廷采取以攻为守态度抵御北方 [46]。317年祖逖意图北伐，晋元帝给予充分支持，不仅从库存数千匹布帛中取出三千匹支援，晋元帝命祖逖相机收复中原。他招募流民建立军队北上，晋元帝还先后派自己的次子和司马飏出兵配合祖逖 [12]，并与当地坞堡合作，最后成功收复黄河以南领土，与石勒隔河相持。
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