朱载坖对于整个西域的处理办法是先北后南，倒不是因为叶尔羌汗国有多么强大，首先是地理问题，西域的地形北广南狭，具有“北可制南，南不可制北”的地理特点。所以先控制北方，然后从交河出发，直捣喀什等地，更加方便。同时也是根据现实情况所做出的决定。
第一就是南北的军事力量对比，对于大明来说，卫拉特部的威胁显然是更大的，叶尔羌汗国充其量不过有兵五六万，而且内部十分之分裂，对于大明来说威胁远远比不上卫拉特四部，所以朱载坖之前的计划就是先解决卫拉特部，官军才能够放手的收拾西域南部。
朱载坖的第二个考虑就是对于从占领稳固的角度，北部比南部要容易一些，北部主要是蒙古人，他们的民族和宗教都比较单一，而且大部分的蒙古人在大明来了之后肯定是会跟随自己的部落撤走的，这就使得朝廷可以在这里放心的进行屯垦和修筑城池等工作。
但是南方就不一样了，西域的南方人口肯定是比北方多的，但是成分也更加复杂，不光是蒙古人，原来的突厥人、西域当地的少数民族，色目人、畏吾儿人等，民族成分是十分的复杂，而且主要是绿洲农业为主，不仅仅是民族成分极为复杂，还有就是宗教成分也极为复杂。
回教、格鲁派等众多教派都在此地传播，但是在其中占据主导地位仍旧是回教，尤其是在叶尔羌汗国内部，回教对于其政权的影响是极大的，甚至可以说是一个政教合一的政权。
根据锦衣亲军的奏报，叶尔羌汗国是一个信奉伊斯兰教的蒙古王朝。汗国的统治阶级为信仰伊斯兰教的察合台后裔，主要居民则是维吾尔族。汗国的政治体制既带有草原游牧民族的色彩，又吸收借鉴了南疆绿洲政治体系的长处。汗国信奉伊斯兰教，各和卓的势力很大。
速檀赛德曾经想成为一位德尔维希（即托钵僧），投身和卓马黑麻·尤素福的门下，后来及时受劝阻。由此时起，和卓家族兴起。后来分为黑山派和白山派，两派互斗不已，直到亡国。白山派的支持者是哈萨克人，黑山派的支持者是吉尔吉斯人。
白山派在喀什噶尔统治，黑山派在叶尔羌统治。因为后来很多大城市由吉尔吉斯人管理，因此叶尔羌汗国有时被称为吉尔吉斯汗国，由于汗国大部制度和成吉思汗时代无异，只是信奉伊斯兰教。汗国的官员分为军事官员、宫廷官员、中央官员、宗教人士官员。汗由库里尔台推举。法官由宗教官员与世俗官员出任。由案情决定，官教案件由哈的负责，习惯法由伯克负责。
叶尔羌汗国内部各派宗教势力的斗争也是非常之激烈的，在正德年间，中亚撒马尔罕纳格什班迪耶教团谢赫麦赫杜姆·阿扎姆走访叶尔羌，其后，他的儿子伊斯哈格·吾里和长子穆罕默德·伊敏（依禅卡朗）之子穆罕默德·优素福等先后到西域传教，逐渐形成以叶尔羌为中心的伊斯哈格系和以喀什噶尔为中心的伊禅卡朗系，并演化为黑山派、白山派之争。这时期重要的苏菲主义团体除乌瓦伊西耶外，还有伊萨克耶、依乃克耶、米斯克耶和达瓦尼耶，均属纳格什班迪耶教团在西域的分支。
除了这两派之外，还有大量的其他教派在叶尔羌汗国内部传播，总之整个叶尔羌汗国以回教为国教，同时侵略性很强，在赛依德汗统治时，曾以“圣战”的名义对周邻非穆斯林的民族发动了多次战争，甚至染指乌斯藏，但是被击退，所以对于西域南部，朱载坖认为消灭叶尔羌汗国是一个并不困难的事情，重要的是怎么建立起朝廷在当地的统治，这点是非常之重要的。
其实朱载坖很清楚，关键问题就是对于回教的处理，这事朱载坖没有立即召集阁部重臣，甚至是召开国务会议，而是和皇太子、太孙三人商量此事，朱载坖将吴兑和锦衣亲军的奏报给他们两人看，朱载坖问道：“这西域回教，你们认为应该怎么处理？”
太子首先是想到了太祖开国时的诏书：“如蒙古、色目，虽非华夏族类，然同生天地之间，有能知礼义，愿为臣民者，与中夏之人抚养无异。”所以太子的看法是对于回教剿抚并用，基本延续太祖时的做法。
太祖在建国初年也面临回教问题，因为蒙古将他们的色目人带到了中原，同时来的就是西域的回教势力，当时的回教势力还是很强的，而且有相当一部分色目人对蒙元比较忠诚，所以对于这些回教势力，太祖皇帝先以优容，加以安抚，然后在予以逐步消灭。
为了安抚国初的回教，太祖皇帝御笔亲书赞扬回教称：“乾坤初始，天籍注名。传教大圣，降生西域。授受天经，三十部册，普化众生。亿兆君师，万圣领袖，协助天运。保庇国民，五时祈佑，默祝太平。存心真主，加志穷民，拯救患难。洞彻幽冥，超拔灵魂，脱离罪业。仁覆天下，道冠古今，降邪归一。教名清真，穆罕默德，至贵圣人。”
成祖也延续太祖的政策，也曾经下旨称：“朕惟人心能好善者，必能敬天事上，劝率善类，阴翊皇度，导化群迷，故以天赐福，享有无穷。爱尔赛亦的哈马鲁丁，早从穆罕默德之教，笃志清修，导引善类，又能敬天事上，益效忠诚，见兹善行，良可嘉焉。今特赐尔敕修护持，所在官员军民人等一应毋得侮慢。敢有故违朕命，侮慢欺凌者，以罪罪之。故谕。”
通过皇帝亲自下旨的方式，安抚回教，使之能够为大明所用，在大明安稳之后，就是逐步的削弱回教势力，使得其不能对大明朝廷构成威胁，朱翊釴认为可以沿用这个办法。
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