连续的自然灾害，让明朝财政再次面临着巨大压力。
黄河治河需要拨款，灾区赈济需要拨款，边防修缮需要拨款，而清丈田亩尚未取得成效，国库收入并没有明显提升。为了应对这些开支，张居正不得不四处筹措资金，甚至不惜动用国库储备，这也让人再次找到了攻击张居正的借口，指责他“滥用国库，劳民伤财”。
屋漏偏逢连夜雨，六月初一，日食。在古代，日食被视为“天谴”，是上天的警示。消息传出，朝野震动，不少官员上奏，称日食出现，是因为朝廷改革触怒上天，请求万历帝下诏修省，求直言，罢免张居正，停止改革。
面对这样的舆论压力，万历帝不得不按照古制，素服避殿，诏告天下，令百官修省，反思自己的言行，同时广开言路，允许直言进谏。一时间，朝堂之上，反对的声音再次达到顶峰，不少官员上奏，罗列张居正“罪状”，要求停止清丈田亩、考成法等举措，甚至要求罢免张居正的内阁首辅之职。
张居正对此虽有不满，却也只能隐忍。在古代，天象是不可忽视的，若是强行反驳，只会让自己陷入更加被动的境地。因此他主动上奏，请求允许自己引咎辞职，以平息上天怒火，但万历帝并没有批准。
就在日食引发的风波尚未平息之际，六月十九日，万历帝遣内臣监督苏、杭织造。苏、杭织造，是明朝的宫廷物资供应机构，负责为宫廷织造丝绸等用品，历来都是由宦官监督。隆庆朝以来，宦官权力受到一定限制，苏、杭织造也逐渐由地方协同管理，减少宦官敛财现象。
万历帝的这一决定，无疑是对张居正的一次不小冲击。宦官一旦插手苏、杭织造，必然会借机疯狂敛财，鱼肉乡里，加重百姓负担，也会破坏改革成果。因此，在万历帝下旨后，张居正连忙上奏，请求收回成命，可万历帝却坚持己见，只是限令监督苏、杭织造的内臣，“勿扰民、勿滥费”，不得借机敛财。
可这真能如愿吗？张居正心中充满担忧。宦官大多贪婪成性，一旦获得监督苏、杭织造的权力，必然会置万历帝的限令于不顾，大肆敛财，欺压百姓。果不其然，那些被派遣到苏、杭地区的内臣，一到地方便露出了贪婪本性，不仅强行摊派织造，向官员百姓索要巨额钱财，还纵容手下强取豪夺，使得苏、杭百姓苦不堪言，怨声载道。
消息传到京城，张居正震怒，他多次上奏，弹劾敛财扰民的内臣，请求万历帝严惩。可万历帝却对此置之不理，甚至还为那些内臣辩解，称他们“只是奉命行事，并无大错”。看到万历帝的态度，张居正心中有些失望——这位自己一手培养的少年天子，内心的欲望似乎已然有些压制不住，对于权力和财富的渴望，正在逐渐显露出来。
七月下旬，京城地震，震感强烈，有声如雷，房屋倒塌无数。
地震再次引发朝野恐慌，无数人再次借机发难，称地震是因为张居正改革触怒，要求万历帝立即罢免张居正，停止改革。万历帝也十分恐慌，连忙诏告天下，令百官修省，反思自己的言行，同时免京城内外灾伤田赋，安抚百姓，试图平息上天怒火。
此时的张居正，面临着前所未有的压力。自他预备施行考成法，并准备在全国范围内清丈田亩，为一条鞭法彻底铺开以来，接连的自然灾害——黄河决口、南直隶浙江大水、日食、地震接踵而至，不仅带来了巨大灾难，也让他所面临的舆论攻击愈发汹涌。
更让张居正担忧的是，尽管他一直努力引导万历帝，向着圣君的道路继续迈进，教导他要勤于朝政、体恤民生、戒骄奢、重改革，但这位小皇帝内心的欲望，似乎已经难以压制。他开始贪图享乐，对朝政的兴趣逐渐降低，甚至偏袒宦官，忽视劝谏。
只不过，在张居正面前，万历帝总还是维持着一个从谏如流的学生模样，表面上依旧支持改革，听从张居正的谏言，大体上始终向着好的一面发展着。张居正清楚知道，自己的改革之路注定不会一帆风顺。
豪强地主的反对，守旧官员的阻挠，连续的自然灾害，以及万历帝逐渐显露的欲望，都是他需要面对的困难和挑战。但他并没有退缩——他毕生心愿，就是通过自己的努力挽救明朝，让国家富强，让百姓安乐，让万历帝成为一位名垂青史的圣君。
万历四年的上半年，对于张居正来说，无疑是风雨飘摇的。从正月的朝贺颁诏、整顿吏治，到三月的清丈田亩，再到四月的黄河决口、海禁重申，五月的大水，六月的日食、宦官督造，七月的地震，每一件事都在考验着张居正的智慧和毅力，每一次危机都有可能让他的改革功亏一篑。
这一切，对于一个年过五十的人来说，无疑是巨大负担。他的时间不多了，必须抓紧一切机会推进改革，逐渐长大的皇帝是不需要一个辅政大臣站在身侧的。他不在乎自己的名声，不在乎那些指责和谩骂，不在乎是否会落得个身败名裂的下场。
七月的京城，地震余波尚未平息，空气中依旧弥漫着恐慌不安。张居正站在内阁的窗前，望着窗外残破的景象，百感交集。只要自己坚持不懈，只要万历帝能够始终支持，只要各级官员能够认真执行，只要百姓能够理解，那么他就一定能够成功，大明也一定能够恢复元气。
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