户部尚书张学颜牵头，选派得力官员分赴全国，负责清丈田亩事宜，并严令各地官员，必须严格执行，不得徇私舞弊，若有违抗，一律严惩。消息传出，全国震动，豪强地主纷纷暗中活动，试图阻挠清丈，而朝堂之上也开始蠢蠢欲动，准备向张居正发难。
张居正对此早有预料，一边严令各地官员严查隐田，一边在朝堂之上，凭借着自己的威望与权力，强行压制住了反对的声音，清丈田亩工作得以顺利启动。然而，就在清丈田亩工作刚刚展开不久，突如其来的自然灾害给了张居正沉重一击。
四月初十，黄河在曹县、单县一带突然决口，汹涌河水挣脱堤岸束缚，席卷而来，淹没周边数百里土地。房屋倒塌，田地被淹，百姓流离，哀嚎遍野，灾情十分严重。消息传到京城，张居正心急如焚——黄河水患，自古就是一大隐患。
此时清丈田亩刚刚启动，黄河决口必然会影响到清丈工作，甚至可能引发连锁反应，让整个改革陷入被动。没有丝毫犹豫，张居正立刻上奏万历帝，请求任命工部尚书朱衡为治河总负责，督工堵筑黄河决口，并征调数万民夫充作徭役，全力投入到治河工作。
征调数万民夫，无疑会增加地方负担，也会占用大量的人力物力，给正在推进的清丈田亩和税收征管，带来不小影响。但张居正别无选择——黄河水患刻不容缓，若不及时堵筑，灾情只会进一步扩大，到时候不仅百姓遭殃，改革也会陷入停滞。
然而，一波未平，一波又起。
就在黄河决口的消息尚未平息，四月下旬，福建巡抚金学曾的一份奏疏送到了张居正的案头。奏疏中称，近年来，海商私贩日本者日益增多，海商不顾朝廷禁令，私自携带货物与倭寇贸易，不仅导致国家税收流失，更可能引狼入室，让倭寇趁机威胁东南沿海安全。
看到这份奏疏，张居正的脸色变得凝重起来。自隆庆元年（1567年）朝廷开放海禁，允许民间出海贸易以来，东南沿海的商品经济迅速发展，海外贸易空前繁荣，国家也通过税收获得了不少收益，这便是着名的“隆庆开关”。
可如今，海商私贩日本者日益猖獗，海商为了牟取暴利铤而走险，甚至与倭寇勾结扰乱沿海秩序。这种情况，不仅破坏了海外贸易的正常秩序，也让隆庆开关以来取得的成果，面临着付诸东流的危险。
更让张居正担忧的是，一旦倭寇入侵，东南沿海局势将会陷入混乱，而此时，朝廷精力正集中在黄河治河、清丈田亩和边防修缮上，根本无力应对沿海战事。权衡利弊之下，张居正不得不做出一个艰难决定——重申海禁，严缉走私，禁止民船出海。
这一决定，无疑是对隆庆开关的一次重大调整，也让自隆庆朝以来好不容易取得的开关效果，暂时因为走私猖獗而陷入停滞。消息传出，东南沿海的海商纷纷不满，不少依赖海外贸易为生的百姓也陷入困境，而朝堂之上更是抓住这一机会，指责张居正改革不仅未能改善民生，反而导致了一系列问题。
一时间，张居正本人以及其所主持的改革，顿时陷入了舆论的漩涡之中。
指责张居正“改革操之过急”“不顾民生”，甚至有人暗指，黄河决口、海商走私，都是因为张居正改革触怒上天才会引来天谴。面对这些舆论攻击，张居正虽内心坚定却也倍感压力——推行改革本意是为了挽救明朝危局，可如今，却落得个众叛亲离、千夫所指的地步。
尽管面临着诸多压力和困境，张居正依旧没有放弃改革。他一边严令福建、浙江、广东等沿海省份官员加强海禁，严查走私，打击倭寇，一边安抚沿海百姓，承诺待问题解决后，会逐步放宽海禁，恢复正常的海外贸易。同时也在朝堂之上，强调改革的必要性和紧迫性，凭借着自己的威望和权力，勉强维持着改革推进。
五月二十日，万历帝御文华殿，张居正奉命进讲《尚书》。此时的万历帝虽已十四岁，但仍需要张居正等大臣的辅佐和教导，而张居正也始终将培养万历帝，使其成为一位圣君，作为自己的重要职责。
进讲之时，张居正结合当前局势，向万历帝阐述了“守成不易，当戒骄奢、重民生”的道理，劝诫万历帝要勤于朝政、体恤百姓，不要沉迷于享乐，要重视改革，支持改革，才能让明朝长治久安。
年少的万历帝坐在龙椅上，认真聆听着张居正的讲解，不时点头称是。在张居正进讲完毕后，万历帝嘉纳其言，当场表示，自己一定会牢记教诲，勤于朝政，体恤民生。看到万历帝的态度，张居正心中稍稍得到了一些慰藉——只要万历帝能够始终支持，哪怕面临再多阻力，他也有信心将改革推行到底。
可这份慰藉，并没有持续太久。
紧接着，五月底，南直隶、浙江一带遭遇特大洪水，连日暴雨导致江河泛滥，淹没了片田庐，无数百姓流离。灾情传来，张居正再次陷入忙碌之中——一边上奏万历帝，请求免南直隶、浙江灾区夏税，减轻百姓负担，一边下令调拨粮食，发仓赈济，安抚流民。
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