却说扬州被清兵攻入，警报传至南京，马士英急遣总兵郑鸿逵，副使杨文聪，率师堵截江上。
这郑杨两人，都属于马党。二人率师堵截江上，郑鸿逵隔江乱放炮弹，清军佯败，以大筏置灯火于江中。杨文聪直向妻兄马士英报捷。是夜清兵乘夜，渡江而来。待明营惊醒，清兵已经杀入，郑杨二人不知所措，只得率兵逃走。杨文聪逃至苏州，清军派降臣黄家鼒劝降，杨文聪将其斩首。再退至处州（浙江丽水市），大募义军。而郑鸿逵则退往杭州，清兵遂进陷镇江。
那时弘光皇帝恰罗列美女，饮酒取乐，至镇江失守的信息，报入宫中，他还拥着美人，不住的饮酒。次日，又有太监入报，清兵自丹阳句容向南京袭来，至是弘光帝方有些着急，连唤奈何。太监道：“现闻黄得功屯兵芜湖，请皇上赶紧前去，叫他保驾才好。”弘光帝朱由崧忙收拾行装，连夜率内官四五十人骑马出通济门。
天亮后百官入朝，见宫女、内臣、皆逃奔西华门外，方知朱由崧已出逃。马士英忙入宫中，见太后皇后，正在着忙，哭得似泪人儿一般。马士英遂命侍卫备驾出宫，自与阮大铖率亲兵数千名，挟了太后皇后等，匆匆逃去。南京市民亦救北来太子出狱。
弘光元年、顺治二年（1645年）五月十五日，多铎率清兵进入南京，魏国公徐文爵、保国公朱国弼、灵璧侯汤国祚、定远侯邓文郁，及尚书钱谦益、大臣赵之龙、大学士王铎、都御史唐世济等人剃发降清。
休息一天，多铎又遣贝勒尼堪，贝子屯齐，进兵芜湖，追擒弘光帝。适遇明将刘良佐率兵来降。尼堪令为前驱，直达芜湖江口。
此时江北四镇豪杰被杀，刘泽清、刘良佐降清，只剩了一个黄得功，他前时奉命去攻左良玉，而左病死于九江舟中，其子左梦庚败走，黄得功遂回屯芜湖。忽见弘光帝狼狈奔到，他尚对京城变故一无所知。当知道自己的“天子门生”是张皇失措，弃都而来时。内心不胜感慨，但仍然决定以死报国，对这位新君效忠到底。
不数日，清兵已到江口，得功戎装披挂，执了佩刀，坐下小舟，督部下渡江迎战。遥闻对岸有人大叫道：“黄将军何不早降？”
黄得功视之，乃刘良佐，不觉怒叱道：“汝乃甘心降敌么？”
言未毕，忽有一箭射来，正中喉间左偏，鲜血直喷，黄得功痛极，拔去箭镞抽刀自杀。总兵田雄，见得功已死，起了坏心，与马得功、丘钺、张杰、黄名、陈献策冲上御舟，劫持弘光帝，复令兵士缚住弘光爱妃，送至对岸，献入清营。尼堪命将弘光帝及爱妃，推入囚车，解至南京。
至南京，豫王多铎命去锁链，以红绳捆绑。五月二十五日，朱由崧乘无幔小轿入南京聚宝门，头蒙缁素帕，身衣蓝布袍，以油扇掩面，两妃乘驴随后，夹路百姓唾骂，有投瓦砾者。多铎在灵璧侯府设宴，命朱由崧居于北来太子之下。宴罢，拘弘光帝于江宁县署。可怜这位风流天子，只享了一年艳福，到此身为俘虏。至1646年四月九日，有人向摄政王多尔衮进言，称在京居住的故明衡王、荆王欲起兵反清。五月，弘光帝与潞王朱常淓、荆王朱慈煃、德王朱由栎、衡王朱由棷和“太子”王之明等十七人被斩首于菜市口（一说朱由崧以弓弦勒毙），年仅四十岁。朱由崧王妃黄氏之弟黄盐梅购得棺木，与黄妃合葬于河南孟津县东山头村。
江南已定，范文程、洪承畴等，撰颂词，修贺表，又有一番忙碌，过了数日，又有捷报传来，是英亲王阿济格，报称追逐李自成，战无不胜，后李自成遁至武昌，入九宫山，被村民斫毙，获住贼叔及妻妾，并死党左光先、刘宗敏等，俱审实正法了，一代闯王至此潦草落幕。
李自成原名鸿基，小字黄来儿，又字枣儿，万历三十四年（1606年）出生，世居陕西榆林米脂李继迁寨。童年时给地主牧羊，曾为银川驿卒。
崇祯二年（1629年）起义，先是参加了王左挂的农民军。当年后金第一次入塞，北京震动，大将袁崇焕被崇祯帝凌迟处死。崇祯三年王佐挂被明廷招降，李自成转投奔张存孟（不沾泥），担任队长一职。
崇祯四年（1631年）四月，张存孟在陕北战败降明。十月，洪承畴正式接任三边总督，大力围剿农民军。李自成遂于崇祯六年（1633年）率余部东渡黄河，在山西投奔了他的舅父闯王高迎祥，称“闯将”。同年，曹文诏率千余关宁军击败山西境内的农民军，高迎祥、李自成、张献忠等均逃到河南之后被曹文诏、左良玉等多路明军包围。
然而，崇祯七年（1634年），后金军第二次入塞，曹文诏被调到大同抗金，被围农民军从王朴处突围。是年六月，新任五省总督陈奇瑜乃引军西向，约会陕西、郧阳、湖广、河南四巡抚围剿汉南农民军。高迎祥、张献忠、罗汝才、李自成等部见明军云集，误入兴安车箱峡，峡谷之中为古栈道，四面山势险峻，易入难出，唯一出口为明军所截，再次情势危殆之际，李自成用顾君恩之计，贿赂陈奇瑜左右人士，向官兵诈降。陈奇瑜释放李自成等人，派五十多名安抚官，将农民军遣送回籍。刚出栈道，李自成立刻杀安抚官。
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