此时明朝的战略核心是落日行动、蒸汽革命和军事改革，面对黎氏这个跳梁小丑，朱由校选择了暂时的沉默，既不招抚，也不反击。这种绥靖的态度让黎氏更加肆无忌惮，利用商周祚、袁崇焕等将领变换驻地的机会，从陆上再次入侵奉化府和建昌府，兵锋直指安州的云南省府和沐王府。
南越中部的阮氏见明朝似乎并不关心滇南一带，暗中收买葡萄牙人帮助他们建造战船和火器并大肆招揽散落在南海诸岛的倭寇、海贼。在李魁奇、何斌、郭怀一等人的带领下不断抢劫南海中的各国商船，试图控制马六甲海峡垄断明朝的贸易，风波未平的大明海疆上再次阴云密布，炮火纷飞。
航线受阻的消息很快传至紫禁城，除了几个不开窍的言官将矛头指向军区改革外，大部分人都选择了沉默。看完这群书呆子的表演，朱由校的内心早已有一万只草泥马在奔腾。他心知不能放任南越的黎氏和阮氏这么折腾下去，外敌虽然可恶，但是内贼更让人可恨。
胡宗宪的《筹海图编》第四卷有记录说：“今之海寇，动以数万皆托言倭奴，而其实大略是中国海盗居其大半”，意思是说当年倭寇的祸乱其实有多半是内地汉人假扮的。对于造成这种现象的原因，朱由校不愿意去过多的思考。
他可以招抚郑芝龙、颜思齐、杨天生、李旦等海盗，因为这些人主要的目的是从内地走私商品进行国际贸易，变相的促进了沿海手工业的发展，而且他们的主要竞争对手是荷兰、葡萄牙等红毛夷，从民族大义上来讲他们是有功的。
与之不同的是，李魁奇、刘香、何斌、郭怀一、杨六、杨七等人完全是为了一己之私，或投靠西洋人，或依附南越小国，不断引狼入室，将屠刀挥向自己的同胞，这种人就该生时被活剐，死后打入十八层地狱。
等言官们喷完小皇帝提出的战区改革，他们见坐在龙椅上的那位面无表情，识趣的退到后面躲避即将到来的暴风雨。朱由校环伺一圈，并不急于表态，顾左右而言他的问道：
“朕前几日翻阅宫廷档案，认真拜读了胡宗宪的《筹海图编》，发现一段世宗年间的趣事。据说几十名倭寇从浙江登陆后不断烧杀抢掠，最远处跑到安徽一带，后又转至南京城外，沿途十几万军队竟然如临大敌，唯恐避之不及，这是什么情况？”
倭寇的问题由来已久，到嘉靖年间最为猖獗，当时东南沿海几乎是生灵涂炭，许多人都自发的加入到抗倭的战斗当中。后来朱由校准备跨海实施落日行动，还未开始动员便已全民皆兵，尤其是浙江、福建的热血男儿，国恨家仇让他们在日本百战不殆，越战越勇，成为倭人谈之色变的天神下凡。
此时洪承畴刚从旧港宣慰司回到京师述职，不巧小皇帝问到的事情就发生在自己负责的东部战区内，只好硬着头皮的回道：
“圣上胜不妄喜，着实让臣钦佩。在执行落日计划的过程中，臣也曾效仿圣上查阅了大量的抗倭战例，并认真拜读了胡总督、戚少保、俞将军的着作。嘉靖年间倭寇横行东南沿海，在交战中比较凶狠的是那些倭国的武士、浪人，他们自幼就被灌输武士道精神，好勇斗狠，贪婪嗜杀，以战争为职业，这才导致抗倭初期我军屡屡吃亏。”
洪承畴一味奉承，又过分的强调倭寇的的作战能力，这让朱由校很不高兴。面对这个历史上的大汉奸、卖国贼，朱由校有心将科尔沁部的布木布泰（大玉儿）许配给他，希望能激发他体内的小宇宙。如今见他如万花筒般八面玲珑，略带愠色的反问道：
“洪都督只分析倭寇的情况，这不足以让众人信服，即便这些武士有出色的战斗素养，可说到底他们只是一群没有组织的强贼。区区几十人就能在明朝境内横行数月，辗转几千里，沿途十几万卫所的军队竟然毫无办法。依朕所见，大明勇士的胆气是毋庸置疑的，问题就出在朝廷的调兵制度上。”
修改调兵制度是这次战区重组的一项很关键的内容，朱由校早就与军机处的几位重臣商讨多次，并暗示孙承宗要在一个合适的场合说明利害关系。如今他见皇帝狂怼新任东部战区都督洪承畴，急忙上前解围说道：
“圣上英明，几十名倭寇横行千里虽是个例，却暴露了我朝军户制度的缺陷。当初太祖高皇帝创立这项制度的初衷是解决粮饷问题，将士们的编制在各地卫所，平时以犁为武器，战时以剑为武器。
由于东南沿海和内地长期没有战事，有些世袭的武官不会骑马，甚至连传令的军旗都辨认不清。提拔不再考察士兵的素质和能力，只论关系和银子，上下贿赂成风，层层盘剥克扣，导致大量的青壮年出逃，只留下一些老幼病残在卫所滥竽充数。即便如此，很多地方长官不但不考虑解决这个问题，反而趁机瞒报数目，坐吃空饷，导致军队的战斗力严重下滑。
另外圣上提到的调兵制度也需要修改，由于各地卫所的结合部存在交叉和空隙，倭寇登陆后充分的利用这点与官兵周旋，这才出现几十名倭寇横行千里的情况。
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