确定灵脉极端者的秘密基地位于远古灵脉废墟后，林共生立刻对岩晶主星的防御进行最终部署 —— 由土芽带领半数土脉守护队与岩晶平衡师留守封印塔，24 小时监测封印状态；水溪带领治愈队在岩晶主星建立临时医疗站，随时准备支援；星落的星辰队则扩大监测范围，覆盖远古灵脉废墟与岩晶主星之间的星空，一旦发现灵脉极端者的动向，立刻通报。
做好防御安排后，林共生带领年轻灵能师团队、混沌芽、火烈及剩余跨文明防御队，乘坐升级后的 “共生号”，朝着远古灵脉废墟出发。此次航行需穿越灵脉共生带外侧的 “混沌乱流区”，那里空间结构极不稳定，混沌能量与灵脉能量交织成漩涡，普通飞船根本无法通行。为此，混沌芽特意为 “共生号” 加装了 “混沌能量稳定器”，能中和乱流中的混沌能量，确保飞船安全航行。
经过五天的艰难航行，“共生号” 终于抵达远古灵脉废墟。当飞船穿过最后一层混沌乱流时，所有人都被眼前的景象震撼 —— 这片废墟曾是一颗直径超十万公里的巨型星球，如今却因远古内战分裂成无数破碎的星块，星块表面覆盖着暗红色的 “灵脉焦土”，焦土中残留着强烈的灵脉能量波动，偶尔闪过的淡红色光纹，如同星球未熄灭的 “伤口”；废墟的中心，悬浮着一座完整的 “远古灵脉神殿”，神殿表面刻满了灵脉至上符文，顶端闪烁着暗红色的光芒，正是灵脉极端者秘密基地的能量来源。
“灵脉极端者的基地就在神殿里！” 晶闪用水晶仪器扫描神殿，语气凝重，“神殿周围布置了‘灵脉隔离屏障’，能阻挡外部灵能探测，而且屏障中蕴含着大量异常灵脉能量，一旦触碰，就会触发攻击陷阱！”
为了突破灵脉隔离屏障，林共生带领团队在废墟边缘的一块星块上建立临时营地，研究屏障的破解方法。混沌芽尝试用混沌能量中和屏障能量，却发现屏障会吸收混沌能量，转化为攻击陷阱的动力；火烈用本源灵能炮轰击屏障，炮弹接触屏障的瞬间就被反弹，反而引发了屏障周围的灵脉爆炸，差点波及营地。
“屏障的能量与灵脉至上之核同源，都是纯粹的远古灵脉能量，” 林共生看着屏障表面流动的红色光纹，突然想起岩晶文明的岩晶能量，“岩晶能量能与灵脉、混沌能量同时产生共鸣，或许能穿透屏障，不触发攻击陷阱！”
岩晶亮（此次随队前往，负责岩晶能量的操控）立刻取出一块岩晶晶体，将岩晶能量注入其中，晶体释放出淡透明的光纹，朝着屏障飞去。奇妙的是，当岩晶能量接触屏障时，屏障表面的红色光纹竟自动分开，形成一道仅容一人通过的通道，通道周围没有任何攻击陷阱触发。
“成功了！” 岩晶亮兴奋地说，“岩晶能量与远古灵脉能量的频率存在‘天然契合度’，屏障会将岩晶能量视为‘同类能量’，不会触发防御机制！”
林共生立刻制定突破计划：由岩晶亮持续释放岩晶能量，维持屏障通道；林共生、混沌芽、火烈带领十名精锐防御队员，组成 “突击小队”，通过通道潜入神殿，探查灵脉极端者的动向；光粒、影芽、声芽带领其余队员，在营地外围构建防御阵，防止灵脉极端者从外部偷袭；晶闪则留在 “共生号” 上，通过水晶技术，实时监测神殿内部的能量波动，为突击小队提供支援。
突击小队通过岩晶能量通道，顺利进入远古灵脉神殿。神殿内部比想象中更加庞大，主殿的地面由暗红色的 “灵脉石” 铺成，石面上刻满了远古灵脉文明的战斗壁画 —— 画面中，灵脉至上派与平衡派（混沌重构者的祖先）展开激烈厮杀，平衡派的灵能师们释放出淡黑色的混沌能量，灵脉至上派则用红色灵脉能量反击，最终，平衡派因寡不敌众，被迫逃离星球。
“原来远古内战的真相是这样……” 混沌芽看着壁画，眼中闪过复杂的情绪，“祖先们为了守护灵脉与混沌的平衡，付出了这么大的代价。”
沿着主殿向前走，突击小队来到神殿的 “核心控制室”。控制室的中央，矗立着一座巨大的 “灵脉能量控制台”，台上摆放着数十个透明的 “能量容器”，每个容器中都装着淡红色的灵脉能量 —— 这些能量正是灵脉极端者从各文明掠夺的灵脉能量；控制台的屏幕上，显示着 “灵脉净化计划” 的详细内容：用灵脉至上之核的能量，激活 “远古灵脉净化阵”，释放出覆盖整个共生宇宙的 “灵脉净化波”，彻底清除宇宙中的混沌能量，将所有文明转化为 “纯灵脉文明”。
“他们疯了！” 火烈愤怒地握紧拳头，“灵脉净化波不仅会清除混沌能量，还会摧毁所有依赖混沌能量生存的生物！这不是净化，是屠杀！”
就在这时，控制室的大门突然关闭，周围的墙壁上弹出数十个 “灵脉能量炮”，炮口对准突击小队；灵脉红带着五十名灵脉极端者，从控制室的侧门走出，每个人的额头都镶嵌着红色灵脉晶体，手中握着灵脉至上剑，散发着狂热的气息。
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