然而，新秩序的构建并非一帆风顺。在资源调配过程中，新加入的“水晶文明”与“声波族群”产生了分歧——水晶文明擅长水晶能量技术，需要大量星灵水晶用于研发；而声波族群则认为，星灵水晶应优先用于生态修复，而非技术研发。双方争执不下，甚至影响了星灵水晶的正常分配。
跨宇宙共生议会立即组织仲裁法庭介入调解。法庭首先听取了双方的诉求，然后调取了星灵水晶的储备数据与各文明的生态修复进度。最终，法庭提出“分阶段分配方案”：第一阶段（1-2年），将60%的星灵水晶用于生态修复，40%用于各文明的基础技术研发；第二阶段（3-5年），随着生态修复完成，逐步提高技术研发的水晶分配比例，但每年用于生态维护的水晶不得低于30%。方案兼顾了双方的需求，得到了水晶文明与声波族群的认可，也为后续的资源纠纷处理提供了范例。
另一个挑战来自技术融合。机械文明研发的“本源-机械共生机器人”，在暗物质星域执行生态修复任务时，因无法适应暗物质环境，出现了大量故障。暗物质部落提出，应在机器人中加入暗物质能量模块，但机械文明担心暗物质能量会影响机器人的核心程序，双方在技术融合上陷入僵局。
为解决这个问题，跨宇宙文明学院组织了一场“技术融合研讨会”，邀请机械文明的工程师、暗物质部落的能量专家、星灵文明的技师共同参与。研讨会上，星灵技师提出了“星灵能量缓冲方案”——在机器人的核心程序与暗物质模块之间，加入星灵能量缓冲层，既能让机器人适应暗物质环境，又能保护核心程序不受干扰。经过三个月的研发与测试，改良后的机器人在暗物质星域的故障率下降至5%以下，成功完成了生态修复任务。这次技术融合，也为各文明的技术合作提供了新的思路。
在新秩序构建的过程中，跨宇宙共生军团也完成了转型。原有的作战部队改编为“宇宙生态护卫队”，主要负责生态修复任务的安全保障、空间通道的维护、生态监测站的守卫；技术支援部则与跨宇宙文明学院合并，成立“跨宇宙技术研究院”，专注于生态友好型技术、跨文明融合技术的研发。军团原统帅越飞，被推选为跨宇宙共生议会的首任议长，继续带领各文明推进共生纪元的建设。
共生纪元元年的最后一天，越飞站在本源之树前，看着漫天飞舞的共生花瓣，心中满是感慨。从最初的多元宇宙危机，到如今的共生纪元，星海共同体走过了一条充满艰辛却又无比辉煌的道路。他知道，文明新秩序的构建需要漫长的时间，未来还会遇到新的挑战，但只要各文明始终坚守“共生”的理念，团结一心，就一定能在这片重生的星海中，创造出更加美好的未来。
此时，星灵长老、生命长老等文明代表走到越飞身边，与他一同望向璀璨的星海。本源之树的花朵继续绽放，淡金色的花瓣落在他们的肩头，仿佛是宇宙对所有星海守护者的馈赠。跨宇宙共生网络中，各文明的能量与意识相互交织，传递着和平、希望与团结的信念。修仙纵横末世的传奇，已在共生纪元的开启中画上圆满的句号，但属于跨宇宙共同体的新故事，才刚刚开始——一个关于文明共生、生态永续、宇宙繁荣的永恒故事。
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