屡败倭寇:后来，谭纶因兵部尚书杨博的举荐而复出，任浙江布政使司右参政兼按察司副使，统率浙军讨伐饶平林朝曦起义，林朝曦是大强盗张琏的余党。张琏已被消灭，林朝曦占据巢穴不投降并攻击程乡，知县徐甫宰严阵以待并且派遣主簿梁维栋到起义军中去告谕起义军解散。
林朝曦众叛亲离，弃巢逃走。谭纶与广东军追击并擒获了他。六月，谭纶改“于福建管粮”他以地方稍归宁静为由，请求回家终制。因讨平张琏与江西流贼功劳先后得到赏赐。
就在谭纶居家时，戚继光屡次击败倭寇，浙东略略安定，经戚继光努力，浙江倭患终告解除。福建的倭寇活动却愈来愈猖獗。
嘉靖四十一年，倭寇进犯福建并联合福宁，连江等地的倭寇先后攻陷寿宁，宁德等地。从广东南澳方面侵略的倭寇联合福清，长乐的倭寇攻陷玄钟所，并进犯龙岩，松溪，大田，古田，莆田等地。戚继光再度出击，经过几番战斗将闽广一带的倭寇大致扫清。
就在戚继光部凯旋回浙不到一个月，倭寇再度兴兵进犯邵武，攻陷兴化。嘉靖四十二年三月朝廷再次启用谭纶，升其为都察院右佥都御史，福建巡抚，协调各部行动。
倭寇驻扎在崎头城，都指挥欧阳深在激战中牺牲。平海卫，政和，寿宁等地均被攻陷。一时间“四野一空，八闽俱震。”
四月，谭纶会集戚继光，与总兵官俞大猷，刘显研究作战计划。先在各海道上环立栅栏阻断倭寇海上归路又决定由戚家军担任中路主攻，俞大猷，刘显军为左，右两翼。
战斗开始后，谭纶按计划部署各部进攻。由戚继光率中军突破敌阵，左右军紧随其后。最后在平海卫大败倭寇，斩首两千余级，救还被掳男女三千余人并追歼散逃的倭寇，光复了一府二县。
七月，谭纶上疏奏捷。世宗下诏升授他为都察院右副都御史，十月，谭纶认为延平，建宁，汀州，邵武地区残破不堪，请求缓期征收已经蠲免的赋税，又考察旧制，建立了五座水寨，扼守海口，推荐戚继光担任总兵官镇守该地。朝廷下诏全部准予施行。十一月，倭寇又围攻仙游，谭纶命戚继光于十二月领兵援救，在仙游城下以各个击破的战术，一举消灭倭寇。嘉靖四十三年（1564年）初，戚继光继续在王仓坪、蔡丕岭打败倭寇，其余倭寇逃窜，广东境内全部安定了。同年四月，谭纶因倭患基本平定，上奏请归家终丧，得到朝廷允准。
历抚三地
嘉靖四十四年（1565年）十月，谭纶以原官出任陕西巡抚。还没上任，四川大足县（今重庆大足）民众便发动起义，攻陷了七座城镇，世宗改授谭纶为四川巡抚。他到任时，起义已经被镇压。云南地方的叛乱首领凤继祖逃入会理，谭纶调集军队将其讨平。
嘉靖四十五年（1566年）十月，谭纶升任兵部右侍郎兼都察院右佥都御史、总督两广军务兼理粮饷（两广总督），同时兼任广西巡抚。他到任后，招降岑岗“贼”江月照等人。
谭纶熟悉兵事，朝廷依靠他对付倭寇，遇到警讯就调动他们，他任官没有满一年的。等到东南沿海的倭寇大略平定后，北部边关的祸患却方兴未艾。
总督蓟辽
隆庆元年（1567年）三月，谭纶上疏求退，明穆宗不允。八月，给事中吴时来奏请征召谭纶、俞大猷与戚继光回京训练兵马。经兵部复议，穆宗决定召谭纶回兵部管事，并在隔年（1568年）三月升授他为兵部左侍郎兼任右佥都御史，总督蓟、辽、保定军务，兼理粮饷。谭纶上奏说：“蓟镇、昌平的兵丁不满十万人，而且老弱者占一半，分别隶属几位将领，分散于二千里的防区。敌人集中兵力来攻，我们分兵防守，众寡强弱不等，所以言事者请求赶紧训练兵马。然而四大困难不解决，最终不能训练兵马。敌人擅长骑射，不招募三万人经常练习车战是不能制服敌人的。统计三万人的月饷，每年五十四万两白银，这是一大困难。燕、赵的兵丁的锐气在边防中耗尽了，不招募一万二千多名熟谙战事的吴、越士兵，掺杂在他们中间教练他们，必然难以成事。我与戚继光受召就可以立马赶到，议论的人认为不可能，不始终信任，这是第二大困难。军事崇尚严格，然而燕、赵的士卒一向骄惯，骤然被处以军法必然大为震惊骇然。况且又离京城很近，容易产生流言蜚语，徒然使忠诚、明智的士卒受到掣肘而废弃了功力，进而酿成其他祸患，这是第三大困难。我方兵士一向没有直接与敌作战，就是打败了敌人，敌人不心服，能够再次打败敌人，才能使敌人终身受创，但是这容易产生忌恨与妒嫉；想再有作为，祸患已经先到了。这是第四大困难。按现在的情况考虑，请求调集蓟镇、真定、大名、井陉和督抚的标兵三万人，分成三个营，指令总兵、参将、游击分别统率他们，而且授予戚继光总理练兵的职责。春季与秋季两个防御期，三营的兵马各自调至边关附近。敌人来了就能将他们遏制在关外，敌人攻进来了就能与他们在关内决一死战。这两方面没有效果，我不逃避罪责。而且训练兵马不是一朝一夕的事，现在秋季防御已经临近，请迅速调集三千名浙江兵，以缓解急迫的形势。三年之后，边防军训练好了就遣返浙江兵。”
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