鲁哀公十五年（公元前480年），孔子另一得意门生子路死于卫国内乱，而且还被剁成肉酱。经过这一系列打击后，孔子知道自己时日不多。
鲁哀公十六年二月初四日（公元前479年4月4日），子贡来见孔子，孔子柱杖依于门前遥遥相望。他责问子贡为何那么晚来见自己。于是叹息说泰山将要坍塌了，梁柱将要腐朽折断了，哲人将要如同草木一样枯萎腐烂了。孔子流下了眼泪，说：“天下无道已经很久很久了，没有人肯采纳自己的主张。自己的主张不可能实现了。夏朝的人死时在东阶殡殓，周朝的人死时在西阶殡殓，殷商的人死时在两个楹柱之间。昨天黄昏梦见自己坐在两楹之间祭奠，自己的祖先就是殷商人啊。”
鲁哀公十六年二月十一日（公元前479年4月11日），孔子患病不愈而卒，终年七十三岁，葬于鲁城北泗水岸边。
孔子卒后，不少弟子为之守墓三年，唯独子贡为孔子守墓六年。弟子及鲁国人从墓而家者上百家，得名孔里。孔子的故居改为庙堂，受到人们的奉祀。
孔子建构了完整的“德道”思想体系：在个体层面主张“仁、礼”之德性与德行。德道思想体系是以性善论（“一阴一阳之谓道，继之者善也，成之者性也”）为基础，以立人极（“三极之道”）为旨归，以人道与天道、地道相会通，人道中庸又适时之变为方法论的完足思想体系。
孔子创立了以仁为核心的道德学说，他自己也是一个很善良的人，富有同情心，乐于助人，待人真诚、宽厚。“己所不欲，勿施于人”、“君子成人之美，不成人之恶”、“躬自厚而薄责于人”等等，都是他的做人准则。“吾十有五而志于学，三十而立，四十而不惑，五十而知天命，六十而耳顺，七十而从心所欲，不逾矩。”这是孔子对自己一生各阶段的总结。
孔子的仁说，体现了人道精神。孔子的礼说，则体现了礼制精神，即现代意义上的秩序和制度。人道主义这是人类永恒的主题，对于任何社会，任何时代，任何一个政府都是适用的，而秩序和制度社会则是建立人类文明社会的基本要求。孔子的这种人道主义和秩序精神是中国古代社会政治思想的精华。
孔子的政治思想核心内容是“礼”与“仁”，在治国的方略上，他主张“为政以德”，用道德和礼教来治理国家是最高尚的治国之道。这种治国方略也叫“德治”或“礼治”。这种方略把德、礼施之于民，严格遵循等级制，把贵族和庶民截然划分为治者与被治者，打破了贵族和庶民间原有的一条重要界限。
孔子生活在西周宗法礼制传统较深的鲁国，这时周王朝的统治权力已经名存实亡，诸侯间相互争战不断，出现了“王道哀，礼义废，政权失，家殊俗”的社会现实，“君不君、臣不臣、父不父、子不子”成了那个时代的特点。社会矛盾的激化阻碍了生产力的发展，人的精神和信念也发生了前所未有的摧残。这些共同构成了孔子政治思想产生的历史渊源和社会条件，“仁”与“礼”是其政治思想的基本精神。
孔子的最高政治理想是建立“天下为公”的大同社会。“大同”社会的基本特点是：大道畅行，“天下为公”，因而能“选贤与能，讲信修睦”，“人不独亲其亲，不独子其子，使老有所终，壮有所用，幼有所长，矜寡孤独废疾者皆有所养”。
在大同的世界里，天下的人，不止以自己的家人为亲，不止以自己的父母儿女为爱，而是相互敬爱，爱天下所有的人。使老有所终，壮有所用，孩子们都能获得温暖与关怀，孤独的人与残疾者都有所依靠，男人各自有自己的事情，女人有满意的归宿。阴谋欺诈不兴，盗窃祸乱不起，路不拾遗，夜不闭户，人人讲信修睦，选贤举能。这是一幅理想化的传说中的尧舜时代的原始社会景象，也是孔子憧憬的最高理想社会。
孔子主张的较低政治目标是小康社会。小康社会的基本特点是：大道隐没，“天下为家”，“各亲其亲，各子其子，货力为己”，与这种贫富不均、贵贱不等相适应，产生了一系列的典章制度、伦理道德，“以正君臣，以笃父子，以睦兄弟，以和夫妇”，“以立田里，以贤勇知”，相应地还要设“城郭沟池以为固”。由是，“谋用是作，而兵由此起”。这种社会显然没有“大同”世界那样完美，但有正常秩序，有礼、仁、信、义，所以称为小康。这种社会实际上描述了“私有制”产生后的阶级社会的“盛世”。
孔子的大同社会、小康社会理想对中国后世影响深远。后来不同历史时期，不同阶段的思想家提出不同内容的憧憬蓝图和奋斗目标，这种思想对进步思想家、改革家也有一定启发，洪秀全、康有为、谭嗣同和孙中山都受其影响。
身处乱世的孔子所主张的仁政没有施展的空间，但在治理鲁国的三个月中，使强大的齐国也畏惧孔子的才能，足见孔子无愧于杰出政治家的称号。
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