神魔大战之后，天地苍夷。道教三清修生养息，不问世事。
而佛教更是初生就遭遇天地大战，接引和准提两圣也失去了踪影，整个佛教危机重重。
天帝帝俊和妖皇太一在昊天大帝的委托下，带领着妖族开始重新建立三界秩序，残破不堪的三界，才有了复苏的现象。
为了更好的管理三界，帝俊和太一两人建立妖界天庭，也就是现世天庭的前身。
随着三界复苏，万族待兴，除了妖族以外，又有一族发展迅猛，那就是巫族。
巫族有着深厚的盘古传承，族内更是通过几万年的积累，培养了大量子民，在十大祖巫的带领下，逐渐在三界和妖族齐头并进。
由于妖界天庭一直掌管着三界，对于巫族发展有一定打压，常年的矛盾终于被激化。
巫族开始叫嚣和不服妖界天庭对于三界的管理，想方设法要推翻天庭，建立巫族王朝。
所以在各方势力的挑拨之下，刚恢复元气没多久的三界，又开始了一场浩劫。
妖族和巫族的大战整整持续了千年，最终打得两败俱伤。
祖巫尽亡，妖圣妖皇也死伤大半。不过当时妖族毕竟比巫族要强大不少，所以最终还是以妖族天庭惨胜结束了这场大战。
但是令人没有想到的是，巫族在最后将要灭亡之时，两大祖巫不顾三界安危，拼死冲撞天地之间唯一的支柱“不周山”，把这支撑三界的擎天之柱给生生撞断。
瞬间天崩地裂，山呼海啸，天降洪水，地喷山火，三界众生面临灭顶之灾。
关键时刻，圣人女娲和伏羲被惊醒，并及时出手拯救三界。
女娲运用无上神力，利用先天灵宝五彩石来弥补天洞残缺，又将先天神灵神鳖的四足斩下，用来支撑天地。
而伏羲则利用无上阵法来巩固天地，平洪水，灭山火。这才保住了三界没有被不周山的断裂所毁灭。
就在大家都觉得两位圣人出手后，三界总算可以恢复原来的平静时。
女娲却发现，不周山断裂所产生的天洞，将三界的气息完全暴露在了原始宇宙之中，短短地几天时间内，就引来了足以让三界毁灭的外敌。
可女娲和伏羲二人神力都已耗尽，根本无力再阻止外敌的侵入。眼看着一个个强大无比的外敌出现在天洞之外，想要强行冲破女娲补天用的五彩石，侵入三界。
在这危险之际，东皇钟和河图洛书两件混沌至宝出现在了天洞残缺之处。
帝俊和东皇太一两位妖族首领，毅然冲出三界，操控着两大至宝，在五彩石的外围，再布置了一个新的防御法阵。将三界的气息彻底隐藏起来。
而帝君和妖皇两人，为了消灭那些已经发现三界的强大外敌，不留后患，相视一笑后，纷纷自报命宫，与外敌同归于尽。
女娲趁机彻底用五彩石封印了天洞残缺，将三界再次封闭，这才总算是保住了三界众生。
当女娲和伏羲两人知道事情的来龙去脉后，愤然杀死了两名肇事的罪人，祖巫共工和祝融。
并将巫族剩余的族人全部杀死，以此震慑三界众生，之后再也无人敢做出让三界颠覆和毁灭的事情。
虽然妖族的首领帝俊和太一在最后时候，奋勇献身，拯救了三界。但是为了让妖族也得到相应的惩罚。
两位圣人邀请三清和佛祖如来一起共商三界的管理。最终，由人数众多，实力更强的道教接管天庭，佛教协助管理三界秩序。
妖族则彻底被赶下了历史的舞台，所有剩余的妖界天庭成员不得参与三界管理。自此，妖族沦为了二流宗族。
这才有了现在妖族四散在三界，各自为阵。想要得到优质修炼资源的妖族，比如九灵元圣自己，青牛，白象等大妖，就要臣服与太乙仙尊等大能之下。成为他们的坐骑，才能获得道、佛两家的认可。
至尊宝听了九灵元圣所说的妖族秘辛后，总算明白了为何妖族如今在三界地位如此低下，只有孔雀明王一人能够在灵山有所地位，毕竟他是吞服如来佛祖之人。
其它的妖族强如九灵元圣也只能寄人篱下，当人坐骑。
“那巫族就被灭尽了吗？”至尊宝问道。
“巫族虽然被女娲娘娘灭族，但还是有祖巫侥幸逃离了灾难。比如烛龙，不知为何，他从一开始就没有出现在巫妖大战之中。”九灵元圣回忆道。
“烛龙？”至尊宝心里一惊，那不是他前不久刚结拜的大哥吗？原来他也是一个祖巫，怪不得这么厉害。他没有出现可能是因为被菩提始祖关在方寸山的关系吧。
“大圣，我在妖界天庭的时候，虽然还是一员小将，但是家师临终前关照过我。帝君曾经说起，虽然巫妖大战会让妖族几乎灭绝，但是十万年后，妖族会有一个至尊出现，带领大家重现妖族辉煌，让我们耐心等候。”老狮子眼神真切的盯着至尊宝。
“我觉得帝君不会无缘无故的说这话，一定是他通过大命运法术，算出了妖族未来的希望，才会和妖皇一起赴死拯救三界，也借此来平息女娲和伏羲的怒火。”
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