元宪宗五年（1255年），建昌落兰部建蒂归降元朝任命大理段阿这宗镇守建昌；邛部川一带任命都王明亚为邛部六番招讨使镇守。
元宪宗九年（1259年），会川王氏率兵降元，元仍以王氏守会川。
元世祖中统五年（1264年），设邛部川安抚招讨司。
同年，落兰部建蒂率诸部反元，杀邛部川六番安抚招讨使都王明亚。
至元十年（1273年）元军平定建昌叛乱。
至元十二年（1275年）元子建昌没罗罗斯宣慰司，下辖建昌路、德平路、定昌路、会川路4总管府，至元十五年（1278年）割建昌建乡城设宝安州，改夷笼城为泸州。
至元十七年（1284年）在会川归依城设永昌州，改泥龙千户为武安州、改麻龙千户为麻龙州。
同年改盐井千户为闰盐州，以亻鹿鹿部置普乐州。
至元二十一年（1284年）改邛部川安抚招讨司为邛部州。
至元二十二年（1285年）降中州为县。至元二十二年升里州为军民总管府，八月，罢德平、定昌2路，设置德昌路军民总管府。
至元二十六年（1289年）撤宝安州，并入建安州。
至元二十七年（1290年），合并普乐州、闰盐州为闰盐县。
设柏兴府，领闰盐县、金县。
元成宗元贞二年（1296年），撤柏兴府，并入德昌路，其后又复置柏兴府。
到元末境内建置再无大的变化。
罗罗斯宣慰司辖建昌、德昌、会川三路。
建昌路领建安、永宁、泸州、里州、阔州、邛部州、隆州、姜州、苏州、礼州10州，中县、北社、泸沽3县；德昌路领德州、昌州、威龙、普济4州；柏兴府领闰盐、金县2县；会川路领武安、永昌、麻龙、黎溪、会理5州。
至元十三年（1276年）马湖部归降元，设马湖路总管，下辖雷波长官司治雷波境内。
元顺帝至正十三年（1353年），红巾军明玉珍率军攻占建昌。
明洪武四年（1371年），罗罗斯宣慰使安配率部归顺明朝，授土指挥使，仍守建昌卫，管辖昌州、普济、威龙3州。
同年置马湖府，设雷波长官司。
洪武十五年（1382年）在境内设建昌、德昌、会川、柏兴4府，并兼置卫。
建昌府辖建安、永宁、里州、阔州、泸州、隆州、苏州、礼州、邛部州9州；并设建昌土卫。
永宁州领碧舍、中县2县。洪武十七年（1384年）中县改属苏州，苏州领泸沽、中县2县，
洪武二十一年（1388年）苏州兼置卫。
德昌府辖德州、昌州、威隆、普济4州。
会川府辖永昌、武安、黎溪3州。
柏兴府辖闰盐、金县2县。
洪武十七年（1384年）撤金县。
二十四年（1391年）降柏兴府为州，将闰盐县并入柏兴州。
洪武十五年境内原属会川路所辖姜州、会理州、麻龙州改属云南东川府。
洪武二十五年（1392年），建昌卫指挥使月鲁贴木儿联合诸部叛乱，占据境内。
十一月，凉国公兰率师平定叛乱，废府，设建昌卫军民指挥使司、越嶲卫军民指挥使司，苏州卫军民指挥使司、会川卫军民指挥使司。
洪武二十六年（1393年），设盐井卫军民指挥使司。
改苏州卫为宁番卫。
洪武二十七年（1394年）增设建昌前卫。
并设四川行都指挥使司于建昌，管理六卫政事。
同年撤并州、县。
永乐元年（1403）邛部州改设长官司。
永乐二年（1404年），昌州、普济、威龙3州改设长官司。
万历三年（1575年）撤建昌前卫并入建昌卫，并撤建昌土卫。
至明末建置再无大的变化。
四川行都指挥使司辖5卫、8所，4长官司。
建昌卫领礼州后、礼州中、打冲河中前、德昌4千户所及昌州、威龙、普济3长官司。
宁番卫领冕山桥千户所。
越嶲卫领镇西后千户所、邛部长官司。
盐井卫领打冲河中左千户所，马剌长官司。
会川卫领米易千户所。
清顺治五年（1648年），农民军张献忠部将刘文秀率兵攻占建昌。
顺治十六年（1659年），清军进兵建昌。同年改四川行都司为总镇府。
康熙元年（1662年）改设建昌监理厅，主管五卫政事。
康熙十二年（1673年），建昌为吴三桂军所占。
康熙二十年（1681年），清军收复建昌诸卫。
雍正六年（1728年），平凉山诸部落叛乱，裁撤建昌监理厅，设置宁远府，管辖3县、1州、1厅、土司11。
建昌卫改置西昌县，宁番卫改置冕宁县，盐井卫改置盐源县，会川改置会理州，越嶲卫改置越嶲厅。
土司为威龙长官司、昌州长官司、普济州长官司、河东长官司、阿都正长官司、阿都副长官司、沙骂宣抚司、马喇副长官司、瓜别安抚司、木里安抚司、邛部长官司。
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