主角二人遭遇不死的食人鬼，逃亡路上遇到名叫宗海的本地僧人，在其口中得知不死者的情报。
主角二人遭遇一支囚犯小队，并将其击溃，随后捡到研究人员的日记本，遇到间宫三人组。
间宫将自己属于葫芦屋组织，以及组织追寻不死者为目标等情报都告诉了主角，同时主角也得知自己的无我二刀流是剑圣木下源一所创。
主角和间宫等人组成五人组，接着主角向阿町学习不知火流忍术，并从宗海口中得知不死人的出现与两位自来自京都的医生有关。
主角和阿町潜入丰和村，从村长口中得知情报，接着杀退前来勒索的宗太郎等人。
松平定信到达，针对不死人事件，下令屠岛，阿町向主角说出过往。
120名幕府精锐开始进攻丰和村，主角四人在屋子里迎敌，将幕府军杀溃后，妖僧一纯出现，与阿町对峙。
主角加点在忍术上，快速斩杀青太郎，接着救了阿町，和妖僧一纯死斗。
阿町给主角送刀，主角得到天向宗打造的的大释天和大自在，以重伤的代价击杀一纯，随后赶紧给生命加点，提升到19。
主角和间宫成功夺得船只，主角感染不死病毒，吃下了宗海给的药，吸收了部分不死，属性提升，生命力提升到23。
主角拒绝了葫芦屋的邀请，但是同间宫二人一起，去葫芦屋做客，见到了佛敌木下琳。
主角和木下琳切磋剑术，因为言语问题产生了一点矛盾，随后见到了木下源一。
主角前往京都，在客栈遭遇火付盗贼改，双方默契的和平相处，接着潜入京都，遇到阿町。
京都有人行凶，线索直指主角，主角和阿町一路游玩，一剑击败招摇撞骗的剑馆馆主。
主角和阿町见到风魔小太郎，又遇到葫芦屋一行人，随后主角遭遇全城通缉，途中击杀赏金猎人，榊原一刀流提升到10级。
牧村将主角藏了起来，接着主角主动出击，在玄学馆得知情报，接受委托，前往烧毁区救人。
主角救出人质，发现阿町被不知火追杀，接着得知阿町脱离不知火，另一面的牧村被抓了起来，随后被长谷川救出，并一起行动。
主角和长谷川等人回合，成功找到线索，六大剑馆遭遇灭门，矛头直指主角。
众人得知冒充主角的是龙之介，组织是掘墓人，并得知这个组织准备今晚引爆炸弹，毁灭京都。
牧村得到幕府的帮助，随后见到了名为龙之介的男人，也就是自己的好友顺六。
主角向六大剑馆的敌人发送战书，攻打二条城，牧村和顺六兄弟反目，展开决斗，最后顺六手下留情，心甘情愿赴死。
上百位掘墓人出现，纷纷加入对主角的围剿，随后主角连杀数百人，又迎战嗑药进入夜叉境界的幸太郎。
主角进入无我境界，经过一番苦战，击杀幸太郎，名震天下。
主角得知研究不死人医生的下落，随后和木下琳合作，传授近藤内藏助剑法，近藤创出天然理心流。
主角向阿町表白，二人在一起了，随后主角开始疯狂训练刷经验，接着主角和葫芦屋一起前往江户。
主角混入四郎兵卫，成为临时工，单刀击败宝藏院流枪术的传人石田，被众多敌人关注。
主角抓到通缉犯，接着和火付盗贼改产生冲突，一个人将其全部击倒，随后牧村在长谷川口中得知御前试合的真相。
主角和长谷川合作，决定参加御前试合，意外拿到文试第一，接着和木下源一一起行动，击杀源一的仇敌。
老中松平定信找主角见上一面，邀请主角成为他的小姓，接着主角偶遇不知火忍者，和瞬太郎交战片刻。
主角救援瓜生秀，主动暴露身份，和进入夜叉境界的极太郎交手，帮助瓜生秀复仇成功。
不知火内部发生叛乱，丰臣家的旧部联合出击，除去了炎魔，并拉拢瞬太郎入伙。
炎魔使用影舞者脱身，和源一见面，接着二人放下了仇怨，炎魔假死脱身，归隐田园。
众人对不知火开启总攻，决战打响，间宫爆种击杀真太郎，主角击败瞬太郎，步入到无我境界之上的境界。
木下源一击杀一心求死的炎魔，在源一口中，主角得知无我境界之上是通透境，继续吸收不死，属性得到提升。
主角和阿町举办婚礼，丰臣信秀带着家臣大闹奉行所，并将世人宣告，丰臣家的回归。
主角前往锦夜町，找到通往虾夷地的船，接着开始踢馆刷级，又成为剑馆的食客。
主角接受村民的委托，上山剿灭山贼，跟着商队前往虾夷地，击杀一头棕熊，结识艾亚卡。
主角在奇拿村遭遇哥萨克人的袭击，和斯库卢奇一起帮助村民击退哥萨克人，接着进入红月要塞。
主角接受林子平的请求，答应帮其证明身份，在寻找村庄途中救下松平定信，身份暴露。
主角等人在返程的路上遭遇军队袭击村庄，主角愤而出手，随后在遇到前来追击的部队，阿町受伤。
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