为使赏罚制度化，嘉靖三十八年（1559年）十月，胡宗宪规定死事诸臣为三等，“有功而又能死事者为一等，虽无功而能忠于所事者次之，勤无可录而事适不幸者又次之。其或失机偾事，虽身故仍须追夺官荫”。
在胡宗宪的抗倭斗争中，胡宗宪擒汪直、杀徐海，两浙倭患暂告平息。
至嘉靖四十一年（1562年），胡宗宪主持的抗倭斗争取得了前所未有的胜利，渐次平息浙江的倭患，并开始剿灭福建的倭寇。
含冤而死
嘉靖四十一年（1562年）五月，内阁首辅严嵩被罢官，其子严世蕃被逮。胡宗宪是由严嵩义子赵文华的举荐而屡屡升迁的，很多大臣的眼里，他属于严党。赵文华已死，严嵩失宠，胡宗宪的处境也就岌岌可危。这年年底，在新任内阁首辅徐阶的授意下，南京给事中陆凤仪就以贪污军饷、滥征赋税、党庇严嵩等十大罪名上疏弹劾胡宗宪。胡宗宪自然无力与其抗衡。王世贞曾说：“我知道胡宗宪的功劳，可他被徐阶所压制，不能表白他的冤屈。”
很快，世宗就下令将胡宗宪的一切职务悉数罢免，并将其逮捕押解进京。此时，胡宗宪已经站在了悬崖的边缘。陆凤仪弹劾他时所列举的罪名，任何一条都能定他个死罪。胡宗宪到京之后，世宗念其抗倭的功劳，改变了主意，降旨道：“宗宪不是严嵩一党，自任职御史后都是朕升用他，已经八九年了。而且当初因捕获王直而封赏他，现在如果加罪，今后谁为我做事呢？让他回籍闲住就好了”。掌握生杀大权的皇帝为胡宗宪网开一面，再次给了他一条生路。但是，胡宗宪的仕途终于到此为止了。嘉靖四十二年（1563年）春天，胡宗宪带着不甘回到了绩溪县的龙川故里。
胡宗宪本打算从此不问政事，在故里安享晚年。但是“树欲静而风不止”，胡宗宪的政敌们却不想罢手，他们在等待机会。嘉靖四十四年（1565年）三月，就在胡宗宪回乡快两年的时候，灭顶之灾从天而降。事情的起因还是离不开严氏父子。曾经协助胡宗宪抗倭的罗龙文犯罪被抄家，在对罗龙文抄家时，御史意外发现了胡宗宪被弹劾时写给罗龙文贿求严世蕃作为内援的信件，信中附有自拟圣旨一道。假拟圣旨，这次就是老天爷也救不了胡宗宪了。果然，世宗闻听此事后大怒，对胡宗宪降旨问罪。嘉靖四十四年（1565年）十月，胡宗宪再次被押赴至京。在狱中，胡宗宪写下万言的《辩诬疏》，为自己进行辩解。可是《辩诬疏》递交上去后，迟迟没有结果，胡宗宪无法忍受，嘉靖四十四年（1565年）十一月初三日，胡宗宪写下“宝剑埋冤狱，忠魂绕白云”的诗句后，自杀身亡，时年五十四岁。隆庆六年（1572年），朝廷为其平反。万历时，追谥襄懋。
有诗为证：
荡寇独称尊，为官八面珑。
宝剑埋冤狱，忠魂绕白云。
功过盖棺论，煮酒再相逢。
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