1500年12月10日，羊毛商安德烈亚·巴龙齐委托拉斐尔及埃万杰利斯塔·达·皮安·迪·梅莱托创作“托伦蒂诺的圣尼古拉加冕”屏风，此时的拉斐尔落款已是“大师”，名字排在同事之前。1501年9月13日，作品完成并收到酬金。
拉斐尔学习佩鲁吉诺的绘画风格时，在每一细节的模仿上都异常逼真，以至他绘制的肖像与老师的手迹如出一辙，真假难辨。如在佩鲁贾的圣弗朗西斯科教堂为曼达勒纳·德格里·奥迪夫人绘制的一幅木板画中，他用油彩绘制了许多人像，表现圣母升天的景象，耶稣在空中为圣母加冕，坟墓周围的十二门徒正凝视着天堂的光辉。这件作品制作得极为精细，任何不精通绘画风格的人都会误认为这是佩鲁吉诺的手迹。
1502年受佩鲁贾的蒙杜杰修道院院长委托，创作《圣母加冕》，至1503年完成。由于佩鲁吉诺因故回佛罗伦萨，拉斐尔便离开了佩鲁贾，同一些朋友去了卡斯特罗城。他在这里用那种风格为圣阿格斯蒂诺教堂画了一幅木板画，又在圣多米尼克教堂画了一幅耶稣受难像，这些画若不是署有拉斐尔的名字，都会认作是佩鲁吉诺的作品。1504年在这座城市的圣弗朗切斯科教堂，他还画了一幅《圣母的婚礼》，这幅画表明拉斐尔在技巧上已完善并超越了佩鲁吉诺的风格。
当拉斐尔模仿师傅的风格获得极大声誉之际，教皇庇护二世将锡耶纳大教堂藏经楼的装饰工作委托给了平图里乔。平图里乔便携同拉斐尔来到锡耶纳，拉斐尔在这里为该工程画了一些草图。不过因为拉斐尔听到锡耶纳许多画家对达·芬奇和米开朗基罗在佛罗伦萨制作的画作赞不绝口，便在工程尚未完工时就去了佛罗伦萨。
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