加尔文主张大大简化教会组织，规定教职人员从信徒中民主选举产生，从而彻底改革了教会组织。他把复杂的天主教七礼减去五个（坚赎礼、赎罪礼、涂油礼、授职礼、婚礼），也不许望弥撒、崇拜偶象、朝圣和斋戒。
他认为在真正的教会里只有牧师、教师、长老和执事四种人是不可缺少的，其他人员一律精减。牧师负责执行圣诫，施行圣礼，发出规劝。教师负责讲解《圣经》。执事经管信徒捐款和教会的收入，用来发放教职人员的薪俸、修理教堂和救济穷人。长老的职责是监视每个人的行为，对“做坏事或生活无节的人”进行劝告，并且还是权力很大的宗教法庭的成员。所以，在加尔文教里，长老的地位十分突出，人们称之为宗教改革的警察，也称加尔文教会为长老会。有时，声望高的教师和牧师亦称长老。
加尔文要求长老品行高尚、完美无缺、敬畏上帝高于一切，并在精神上能够深思远虑。上述四种人又称“监督”，均由信徒投票选举产生。据加尔文说，古代基督教会原是这种民主和简单的组织，在教皇制出现后遭到破坏，当务之急就是恢复古代的这种教会制度。当然，他举起恢复古代教会的旗帜，并非真的要原封不动地恢复古代的教会。
他精心描绘的古代教会的图景，实际却是当时庞杂而腐朽的罗马教会的对立物，是一个资产阶级中意的廉价的教会。民主选举也不是毫无限制的，候选人必须经过严格的审查。民主选举和组织简化的结果，产生了一个资产阶级分子层层控制的加尔文教会。所以，加尔文教穿着古代教会这个受人尊敬的圣衣，演出的内容却是历史的新篇章。
加尔文的国家观是保守的。他虽然在宗教问题上，纵横驰骋，一往无前，但在国家问题上却畏首畏尾，徘徊不进。他仍然囿于把基督徒分为属灵和属世的两种本质，把基督徒的自由只限于属灵方面的成见，同时神化一切国家政权和官吏，把他们说成是代表神来进行治理的。
百姓对官吏，即使是对暴君，也只能尊敬服从，千万不能自己动手激起骚乱。遇到暴君，群众首先应当“省察自己”如何违背神的旨意，神就是用苦恼来管教人们，最多对暴君的命令“置若罔闻”，千万不能自己去“纠正暴政”。在特殊情况下，三级会议可以行使职权反对暴政，因为它是神派来保障人民自由的。至于如何消除暴政，加尔文并没有回答。
既然上帝的王国已经民主化、共和化，那么人间的王国也不能从属于君王、主教和领主，也必须民主化、共和化。加尔文的英国信徒们不久以后终于讲出他本人不敢讲的话，即主张王权的源泉存在于人民之中，未经人民同意的王权是非法的！原先，日内瓦处于萨伏依公爵及其代理人日内瓦主教的封建管辖下。1536年8月，即加尔文到日内瓦后一个月，日内瓦在伯尔尼的支持下打击了教会的权威，取得了反对萨伏依公爵的胜利，成为独立的共和国。这给加尔文在日内瓦获得了实践其理想的机会。
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