消灭NEO是一个难题，MATRIX对此的对策就是史密斯，在第一集里史密斯只是一个性格古怪个体意识很强的“杀毒程序“，他对MATRIX系统的不满情绪是他被选中成为消灭NEO的人选的原因，因为他最终也是要被消灭的（让错误和错误相互攻击抵消，是这个计划的精华之所在）。
在第一集最后史密斯被NEO消灭后，第二集他又复活并获得了新的能力，很多人把这解释为系统的一个失算的杀毒程序升级，其实智慧那么高的MATRIX控制者怎么会犯那么愚蠢的错误，这肯定是有计划的，史密斯获得能力后的行动也是可以预料的（先知的拿手好戏，不要说先知，就连我看完第二集我就猜到史密斯在第三集里会把全人类给复制了），其实他的作用就是把全人类给复制，然后用他从他人那里吸收来的能力打倒NEO（电影里说的明白是史密斯打倒并吸收了NEO），然后系统把他和NEO删除掉，他的代码从所有人身上消除，所有人都同时昏厥过去，最后MATRIX就抓住这个机会重新了启动。
在这个计划里，ZION的人类傻傻得收集MATRIX里觉醒的人类.法国人也很无奈得收集着逃逸程（不收集的话，就要他自己和THE ONE动手，结果就是....）.MATRIX轻松愉快得清理了系统内外的危险垃圾，这还只是顺便的，重要的是系统得到了重新启动的机会，系统的稳定性得到了保证。这个计划最妙的地方就是可以反复使用，MATRIX就这样一次次得重新启动，ZION就这样一次次的被消灭又重建（电影里这次因该算被消灭了，ZION的战斗力完全没了，杀戮的多少一向不是MATRIX追求的效果），数代THE ONE一次次得出现又陨落，MATRIX就这样安全运行了数个世纪。
大家以为这里就结束了么？
那还往高层次带人呢？嘿嘿！请继续看下去。
一、《Matrix》是什么？
《Matrix》是一部电影，也仅仅只是一部电影--这是讨论的起点，也是由此而引发的所有解释回归的终点。
是电影，就是讲叙一个故事，而不是某种哲学理论的阐释或形象化图解。故事“有开始就有结束“，而故事从开端、发展、高潮到结局的过程中，创作者无论采取何种手段：暗示、比喻、象征等等，都必须服务于一个合理且统一的剧情逻辑，起到渲染气氛、强化悬念、煽动情绪的作用，推动情节发展起伏跌宕，扣人心弦。这，才是一部“好”电影！
以这个标准来衡量，目前市面上流行的种种“郭XX“式的解释和说明，如果不能有助于对剧情以及剧情发展逻辑的理解，即使不算是谬误，也不过是某种阐微发幽的学术研究，冒似深刻，实则离事实本身越来越远。（笔者无意诋毁此前种种“假说“的努力，只是《Matrix》和“Matrix现象“之间确有着本质的区别。）在此，我将以一种顺叙的方式，为大家层层解开《Matrix》最后的真相之迷。
二、故事的背景：《Matrix》前传
“在很久很久以后，在一个机器的国度里……”
一场惨烈的人机大战后，机器最终占领和统治了地球，把人类当做能源的提供来“种植“；与此同时，为了维系人类的繁衍生息，确保能源产量的稳定，机器通过某种机器向人类提供精神生活的假像，这就是Matrix（矩阵）。抛开计算机原理不谈，这里面有两层含义，一，Matrix是机器的机器，用于生产能源，一如人类生产粮食所使用的工具；第二，Matrix得以实现的原因是基于所谓的人类“意识论“（可参考网上各种关于帕拉图哲学的解说）。
Matrix做为生产工具，唯一的衡量标淮是生产效率的提高。The Architect（架构师）设计的第一代Matrix是按人类理想设计的一个完美的世界，原以为人人会安居乐业，但却不想由于人类的劣根性，导致人类（或称“粮食“）大量坏死，于是，The Architect只好按照人类的实际情况设计了一个与现实相符的世界。
即便如此，人类天性中独立、自由的意识仍然不能泯灭。于是Matrix之父The Architect与Matrix之母Oracle（先知）合作，把一种“假想“的选择权赋予人类，让人类以为进出Matrix是自己“自由“选择的结果，这就是Zion的由来。可Zion的五次重建与五次毁灭，证明了人类仍然被一种循环论所控制；
此外，机器也找到一种通过与人类生生不息的抗争意识做斗争的方法，不断改良和升级他们的“粮食“生产工具。（这个过程，一如人类与土地斗争的历史，直到生产工具的改进和剩余产品的出现，人类才摆脱了土地的束缚，诞生了辉煌的文明。具有AI智能的机器也是通过不断改良生产工具来追求自己的机器文明的--机器正重走着人类文明发展的必由之路。）
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