期间，让观众印象最深的就是尼奥的那句话：“你有没有过这种感觉，不知道自己是醒着，还是在梦中。”
带他去酒吧的小混混回道：“磕了药都这样，这样才能‘飞’起来。”
嗑药？
尼奥磕了药吗？当然没有。
所以，观众对这话印象很深，再联想到楚门和韩秋在电影开始时提出的问题，某些观众自以为是地得出了答案。
难不成，尼奥生活的世界也是类似于楚门那样的虚假世界？
不然，某后黑手怎么知道尼奥的一切和他的一举一动？
而且，那段“你被矩阵奴役”的文字中，矩阵，是不是就是幕后黑手呢？
它监视着尼奥的一切，还能遥控引导楚门和安妮见面。
这，不就像一个导演手中规划好的剧本吗？
纵观电影，到目前为止，已经出现了太多的疑点。安妮的强大身手，电话亭的瞬间消失，尼奥对世界的怀疑，还有那个监控尼奥的幕后黑手。
科幻的高科技还没出现，光是现在已经发生的疑点，就足以让观众们绞尽脑汁了。
......
之后，某天，主角去公司上班，幕后黑手墨菲斯再一次远程遥控，操纵着主角，让他逃离公司。不过，因为逃离的方法太危险，要求主角爬出窗户，用吊篮离开。
尼奥见到几十层的高度，一时怂了，导致了逃离计划的失败。他也被雨果等三个面瘫男抓走。
直到现在，观众们还以为雨果三人是警察那边的人，以为他们是官方政府的走狗。观众还以为雨果抓尼奥，是因为尼奥一个黑客，干过不少坏事。同时还想从他这里得知幕后黑手墨菲斯这个恐怖分子的消息。
只不过，尼奥也不知道墨菲斯的消息。但雨果似乎知道墨菲斯还会联系主角，于是就在他的身上装了监控器。
一个类似于小龙虾的机器生物。
但这不是最让观众奇怪的，更奇怪的是，雨果一挥手，尼奥的嘴巴竟然消失了，就像脸上没有“嘴”这个器官似的，在鼻子的下方，是一片光滑的肌肤。
这一手，不仅震惊了尼奥，也震惊了观众。
“我的天，这是什么鬼？”
“这不是灵异片吗？为毛主角的嘴巴没了？真特么吓人。”
“之前出现了古武高手，现在又出现了魔法吗？这怎么解释？嘴巴没了，好像不是科幻能解释的了吧？”
确实，让人嘴巴消失这个镜头，确实太惊悚了，也没有任何外力，也没有任何预兆，仅仅是雨果挥挥手，主角的嘴巴就自己缝上了。
这特么毫无根据的玩意儿，不是只会出现在灵异片吗？
........
唰！
镜头一转，主角突然从床上惊醒。他摸了摸自己的嘴巴，发现还是原样，心中以为这都是假的，只是一场梦而已。
然而，在主角再次接到墨菲斯的邀请，在驱车前往的路上，安妮用机械从他的肚挤眼里面吸出一个小龙虾时，尼奥立马换上一副见了鬼的表情。
“上帝啊，那竟然是真的？”
那岂不是说，嘴巴变没了，也是真的？
至此，观众们心中的疑点再次增加了一个。
加上之前的种种难以解释的疑点，到现在，观众们的心里就跟卡了一根刺似的难受。
能够拔出这根刺的，也能解开尼奥疑惑的，那就只有那个一直隐居幕后的墨菲斯了。
片刻后，车子在一栋看着历史比较悠久的大楼停下。
进去后，尼奥和观众们也终于见到了这个一身黑衣，带着黑色墨镜的幕后黑手。
墨菲斯（周润发）！
看到这儿，观众们的呼吸也跟着变得急促起来。
真相，就要揭晓了吗？
“我来说说你来这的原因吧。”墨菲斯淡淡说着，墨镜遮挡了他的目光，让人猜不透他的想法。“你来这是因为你想了解一些无法解释原因的东西。但这些，你能感受到。”
“你这一生都感觉地到。你感觉到这世界有些异样，虽然你不知道有何异样，但就是觉得不对头。”
“如同扎在心口的一根刺，直把你逼疯。正是这种感觉把你带到来到这里。”
“是矩阵吗？”尼奥问。
“你想知道？”
尼奥点头。
墨菲斯解释道：“矩阵包容万象，无处不在。包括此刻，此地。你望向窗外，或是打开电视，都能看到它......他就是你眼前这个世界，挡住了真相。”
“你是一个奴隶，尼奥。和所有人一样，你生来即为奴隶。你生在一座自己都感知不到的监狱，囚禁意识的监狱！”
看到这里，不仅是尼奥，包括观众们，都被墨菲斯的话吓到了。
这听着，怎么有种楚门的即视感？
难道，楚门的世界会再一次上演？
最后，墨菲斯拿出两颗药丸，一红一蓝，同时，这也是两个选择。
“选择蓝色药丸，到此为止，你就当是睡了一觉，醒来继续过自己的日子。”
“选择红色药丸，我带你见识一下这背后的真相！”
在万众的期待下，尼奥，选择了红色药丸。
.......
然后，在墨菲斯等人的帮助下，尼奥醒了....
光着身子，身上插满了管道的的他从一个满是粘稠溶液的营养仓爬了出来。
在他的身边，全是一模一样的营养仓，里面，一个个人类赤身裸体，身上也插满了管道。
在他的眼前，一幢幢巨大无比铁塔似，直径足足有数百米的柱子拔天而起。
这些营养仓，密密麻麻的，就如同附着在其上的小红点一般，数之不尽。放眼望去，整个世界都是柱子，都是营养仓。
尼奥头上，天空是灰暗的，没有一丝光明。下面，烟雾缭绕，柱子深不见底。
看着这些，尼奥呆呆地长大了嘴巴，一脸震撼。
观众们也是哑口无言，愣愣地看着大屏幕中的一切........
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