但他表示要先对付佐助，鸣人想问兜要对佐助做什么，但他却消失在众人面前。
之后的修炼中，兜完全掌控了与大蛇丸相同的力量，身躯已经和蛇的形态融为一体，以至于外貌与大蛇丸极为相像。
他在泷隐村杀人取尸体后和带土对峙时，自称已经超越第二代火影和大蛇丸。
将宇智波鼬、蝎、迪达拉、角都和长门以秽土转生形式复活，并且以提供带土目前缺乏的战力来换取佐助交涉条件，对带土提议携手合作。
带土本来因他以佐助为目标而想拒绝他。但兜在黑绝的帮助下找到了宇智波斑的尸体并秽土转生，最后带土被迫同意。
交换条件是战争结果出炉前不能与佐助碰面，以及必须接受带土的监视。
由于兜对转生者的束缚力不够，于是绑架前来侦查的御手洗红豆，并吸收她身上咒印的大蛇丸查克拉以强化控制力。
其后，药师兜使用龙地洞仙人模式与宇智波佐助以及使用别天神摆脱秽土转生的宇智波鼬交战。
兜被伊邪那美击败后，被宇智波鼬用幻术控制解除秽土转生，除了宇智波斑之外，所有被秽土转生的灵魂都已解除秽土转生。
但是宇智波斑知道如何脱离秽土转生的控制。
在秽土转生即将解除之际，终止了与转生者之间的通灵契约，才得以继续留在战场。
随后以解邪法印重生的大蛇丸取回自己的查克拉后与鹰小队同行。
在原剧中，兜最终重拾自我，终于脱离伊邪那美，以龙地洞仙人模式的状态出现在战场。
在第二代火影的灵魂禁锢术的帮助下，兜使用医疗忍术抢救佐助，让佐助能够再战宇智波斑。
斑开启无限月读以后，兜连同其他人一起中了此术并被神树缠绕。
最终第七班结束了第四次忍界大战，无限月读被解除，包括兜在内的所有人终于重获自由。
由于兜已醒悟，并且曾在第四次忍界大战中抢救佐助，间接带来忍界大战的胜利，所以不用再被列入叛忍名单中。
兜与儿时的伙伴乌鲁西一同在木叶开设了孤儿院，并担任院长，重兴当年养母的旧业。
鸣人等人返回木叶后，将带回的一众克隆人“宇智波信”托付给了兜。
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