针对保罗派与博格米派异端追随者激烈的迫害是阿列克修斯一世统治晚期的特色。尽管对异端分子的压制措施仍然生效，但没有记录提及到约翰的统治时期有这样的迫害行动。在君士坦丁堡召开的一次宗教会议中调查了在许多修道院中流传的一位名叫ConstantineChrysomallos的已故僧侣的作品。基于这些作品中包含了博格米派信条与仪式的元素，他们被君士坦丁堡宗主教LeoStyppes于1140年5月下令焚毁。
皇室家族中的一位成员阿德里安·科穆宁(约翰的叔叔伊萨克·科穆宁的儿子)被他的堂兄约翰二世委以重任。阿德里安成为了一位僧侣并陪同约翰参加了1138年的战役。当保加利亚作为一个自治教区需要一位德高望重的人作为主教时。阿德里安不久就被任命为保加利亚大主教。
军事功绩
尽管约翰二世曾获得过许多次战斗的胜利，但他的军事战略却是依靠占领并控制各居住点的防御工事来构筑稳固的边界防御。约翰二世统治时期大约组织了25场围攻战。
与威尼斯的冲突
约翰二世继位后，他就拒绝承认其父于1082年与威尼斯共和国签订的条约，该条约慷慨地给予了意大利城邦在拜占庭帝国内独特的贸易特权。然而政策的转变并非是缘于经济方面考量。正当拜占庭尤其依赖于威尼斯的海军援助时，一个涉及威尼斯人辱骂帝国皇室成员的事件导致了冲突的爆发。拜占庭报复性地进攻了科孚岛之后，约翰又流放了在君士坦丁堡的威尼斯商人。但这却得到了更进一步的反击，一支由七十二艘船组成的威尼斯舰队洗劫了罗德岛、希俄斯岛、萨姆斯岛、莱斯博斯岛并占领了爱奥尼亚海的凯法利尼亚岛。最终约翰被迫妥协;战争对他来说已成赔本买卖，并且他也不打算挪用陆军军费去为海军建造新舰只。约翰重新承认了1082年的条约。虽然如此，这次窘境却没有被帝国完全遗忘，并且它激励着约翰二世的继任者曼努埃尔一世数年后去重新建立一支强大的拜占庭舰队。
佩切涅格人的毁灭
1119-1121年约翰击败塞尔柱突厥人后，他开始将安纳托利亚西南部掌握在自己的控制下。随后在1122年，约翰又迅速地将他的军队运送到欧洲去抵御已经跨过多瑙河边境入侵Paristrion地区的佩切涅格人。这些入侵者还得到了基辅大公的辅助。当切佩涅格人突入色雷斯时约翰包围了他们。为了骗取他们的信任约翰还提出愿意签订一份对他们有利的条约，随即他又组织了一场对切佩涅格人车阵的毁灭性突袭。Beroia战役战斗非常艰难，约翰的腿也被射中了一箭，但最终拜占庭军队赢得了一场惨重的胜利。由大量英格兰人组成的瓦兰吉卫队在这次战役中对突破切佩涅格人的车城起到了决定性的作用，他们使用他们着名的长斧为部队开辟了前进的道路。这场战役也有效地终结了切佩涅格人作为一个独立民族的存在;许多战俘被安置在边境上成为帝国的农兵。
与匈牙利和塞尔维亚的战争
约翰与匈牙利公主皮罗什卡的婚姻将他卷入了匈牙利王室的斗争之中。约翰为匈牙利王位的潜在继承人álmos提供庇护的行为，引起了匈牙利人对他的戒心。之后在史蒂芬二世的率领下匈牙利人于1127~1129年间入侵了拜占庭的巴尔干领土;然而另一种说法是1125年拜占庭反击了匈牙利的入侵以及次年新一轮战争的爆发。
塞尔维亚战役可能发生在对匈牙利战争的两个阶段之间。约翰对塞尔维亚组织了一场突袭，并将很多塞尔维亚人集合起来运送到小亚细亚的尼科米底亚作为军事移民，此举是为了报复他们与匈牙利联合对抗帝国。这么做一部分是为了恐吓塞尔维亚屈服(至少塞尔维亚在名义上还是拜占庭的保护国)，另一部分也是为了加强帝国在东方边境抵御突厥人的力量。于是塞尔维亚又一次承认了拜占庭帝国的宗主权。
而匈牙利军队进攻了贝尔格莱德、尼什和索菲亚，位于色雷斯菲利普波里斯附近的约翰的军队在多瑙河舰队的支援下随即展开了反攻;在一个细节并不清楚但十分具有挑战性的战役之后，皇帝最终成功在Haram堡垒(或称Chramon，今NovaPalanka)击败了匈牙利和他的塞尔维亚盟友的军队;匈牙利人在过桥时因遭到了拜占庭军队的袭击而溃散，造成了巨大的伤亡。在此之后匈牙利人通过进攻Brani?evo又立即与约翰挑起了新的战事。
除了拜占庭军队的胜利之外，Choniates(12世纪的拜占庭编年史作家)还提到了几个促成和平恢复的条约。匈牙利人承认拜占庭对Brani?evo的控制，贝尔格莱德和瑟乌姆也恢复了自11世纪六十年代以来被匈牙利所侵占的Sirmium地区(Choniates称之为Frangochorion)。两国之间的严重分歧也随着1127年匈牙利继承人álmos的去世而消除了。
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