皇帝完全信任他所任命的官员，他们往往因自己的能力被选拔而不是与皇室家族和贵族宗族的联系。直到他的统治结束，他也不希望皇室成员干涉政治事务。约翰还指定了许多他父亲以前的仆从担任高官如:EustathiosKamytzes，MichaelitzesStyppeiotes和GeorgeDekanos。在阿莱克修斯一世统治晚期、约翰的母亲处于支配地位的那段时间里，这些人都在政治上受到排挤。约翰二世也培养了许多优秀的人才其中包括GregoryTaronites，ManuelAnemas和TheodoreVatatzes。他们的后两位还成为了约翰的义子。
尽管约翰二世失去了对皇亲国戚们的依赖与信任，但他的政府也与其父父亲依然有许多的相似之处，例如对宗教的虔诚与严肃的政治基调。其实，一些阿莱克修斯对于政务上的建议还被以诗歌的形式被收集起来并被称作Mousai。这本书是为了告诫约翰而写的书中劝诫他在治国上首要的是维护公平正义并保持财政上的充足。即使在老皇帝去世之后，他的执政建议也能因此继续影响他的儿子。
约翰的军事行动使得安娜托利亚西部的军事实力与经济得到了稳定的恢复，这使他可以开始对这些地区设立普罗尼亚制度了(provincia)。行政中心在非拉铁非城的色雷斯松军区被重新建立。在色雷斯松(Thrakesion)以南一个名为MylasaandMelanoudion的军区也被建立。
外交手腕
约翰二世对西方外交政策的核心就是与神圣罗马帝国皇帝结盟。这一政策是很有必要的，因为可以减少南意大利的诺曼人对帝国巴尔干领土所造成的威胁。在西西里的罗杰二世称王并在南意大利获得了至高无上的地位，并建立了一支强大的海军之后，这一威胁变得尤其严重了。为了报答神罗皇帝洛泰尔三世在1136年入侵诺曼人的领地并向南一直推进到巴里，他获得了拜占庭的回报，其中包括一份巨大的酬金。由于教宗英诺森二世与教会在意大利的领地受到了支持对立教宗AnacletusII的罗杰二世的威胁，所以他也加入了约翰与洛泰尔的联盟。然而事实上该同盟难以抗衡罗杰二世，罗杰于1139年通过米尼亚诺条约从教皇处获得了君位。洛泰尔三世的继任者康拉德三世寻求约翰最小的儿子曼努埃尔能与德国皇室联姻。最终，康拉德的小姨子BerthaofSulzbach出嫁到了拜占庭。与此同时，罗杰二世也希望能与约翰二世的儿子联姻，但他却没能成功。
约翰二世倾向于干涉妻子的娘家匈牙利王室，拜占庭帝国把在君士坦丁堡接待流亡的匈牙利王位竞争者视为扩大帝国影响力的方法和有用的安全策略。然而，匈牙利人却将这种干涉视为战争的挑衅。匈牙利与塞尔维亚的联盟给拜占庭在巴尔干西部的领土造成了严重的威胁。
约翰对东线的外交政策与他的父亲相似--即挑起科尼亚苏丹与控制安纳托利亚内陆东北部的达尼什曼德王朝之间的矛盾。塞尔柱苏丹Mas'ud还提供军队支援约翰进攻达尼什曼德王朝的城市Kastamuni，但是和塞尔柱人的联盟被证明是不可靠的，塞尔柱军队放弃了这次出征，趁夜拔营而去。
在黎凡特的十字军国家普遍承认拜占庭对于安条克的主张是具有法律效果的，但实际上只有当拜占庭皇帝以武力威胁他们的时候他们才会承认。约翰二世在黎凡特的外交最高峰是1137年他接受了安条克亲王埃德萨伯爵的黎波里伯爵的效忠。拜占庭帝国渴望被认为拥有全部十字军国家的宗主权，其野心在在约翰在通告耶路撒冷王国国王福尔克他将去耶路撒冷武装朝圣时便可见一斑。
宗教事务
持续不断的战争几乎占据了约翰二世的大部分统治时间，而且他不像他的父亲一样热衷于参与神学研究和教义辩论，他看起来满足于把宗教事务交给宗主教(牧首)和教会阶层去处理。只有当宗教直接影响到了帝国政治，例如有关教宗或希腊拉丁教会联合的时候约翰才会参与其中。他还组织了许多希腊与拉丁教会间的神学辩论。
约翰和他的妻子共同参与了宗教与慈善事业，并以他们接手筹建的许多教会建筑而闻名，其中包括着名的君士坦丁堡潘托克拉托尔基督修道院(意译为全能者基督修道院，现为泽伊雷克清真寺，约翰二世的皇后在此兴建了基督全能者修道院(ChristPantokrator)，包括基督全能者教堂、图书馆和医院。皇后去世后，皇帝在第一座教堂之北又修建了仁慈堂(TheotokosEleousa)，对外开放。1136年增建圣米迦勒小堂连接两座教堂，作为科穆宁王朝和巴列奥略王朝的皇家陵墓，约翰二世夫妇、约翰五世等多位皇帝、皇后安葬于此)。这座修道院由三座教堂组成，它被形容为中期拜占庭帝国在君士坦丁堡最重要最富影响力的建筑之一。一座配有五所病房的医院隶属于这座修道院，并向所有社会阶层的公众开放。这座医院里有许多不是修道士的专业平信徒医生在这里工作。这座修道院还成为了科穆宁王朝的皇家墓地。
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