更奇怪的是，通政司原本有通政使、左右通政、左右参议等职位，全被裁撤废除，不再专门设立官职。进入通政司当差的官员，是从各个部门调遣过去的，都是皇上的亲信心腹之人。
这些人每日入值通政司，没有额外的官衔，也没有额外的俸禄。议事完毕之后，仍旧各回本部衙门办公。
通政司变成了无专官、无衙署，但又最接近皇上的特殊机构。
李存明为通政司制定了一系列规章制度，简而言之三个字，“勤”、“速”、“密”。
“勤”便是要求当日事当日毕，不管有多少公文，必须在当天完成。即便一天的奏折多达几百件，也必须连夜处理完毕。
“速”便是强调效率与速度，通政司大臣入值后，约莫五六点钟，天刚蒙蒙亮，就要去乾清宫面见皇帝，聆听皇帝对政务的处理意见，这叫“承旨”。
皇帝下达指示，大臣就会急匆匆赶回通政司，将皇帝的意思“述旨”给司员，司员们走笔如飞，执笔“拟旨”。大臣拿着拟好的谕旨，再赶回乾清宫报皇帝批准。一来一去，不过一个时辰，许多政务就处理完了。
李存明曾笑着对闫尔梅道：“朕就是要在大明朝上演速度与激情的戏码，朕要飙车，玩漂移，你们这些臣子就得快马加鞭！”
“密”，是通政司的最大特点。通政司外面由护军把守，上至王公大臣、下至太监宫女，都严禁私入。甚至服务人员，也规定必须是十五岁以下不识字的小太监担任。十五岁之后，就立刻换新人。
李存明对通政司的改进，完全是照搬清朝的军机处制度。但他没有用军机处这个名称，一来是因为这个名字深深与满清捆绑在一起，他总有些膈应；
二来旧瓶装新酒，朝中大臣们反应迟钝，不会强烈抵制。等他们反应过来，大局已定。李存明用温水煮青蛙的方式，一点点挖了内阁的墙角，剥夺了内阁的权力。
等通政司彻底运转起来后，史可法等人才后知后觉，猛然发现内阁成了一个橡皮图章。
不，连橡皮图章也算不上了，完完全全就是摆设！
但李存明仍旧没有废除内阁，他把内阁当作花瓶，塞进去东林党人、清流们，供人欣赏瞻仰，名义上给了这些人荣誉，其实是让他们养老。
内阁名存实亡，方以智和陈贞慧从起初的雄心万丈，渐渐变得心灰意冷。他们郁闷不已，邀请顾炎武和黄宗羲喝酒解忧。
“哎，一切都是梦幻泡影，雾里看花水中望月，我今日才看清楚了皇帝陛下的真实意图！”方以智道。
陈贞慧大发牢骚：“以往有内阁和司礼监共同掌权，尚能制衡皇帝权柄。如今通政司成为朝廷中枢，政令全由皇帝一人决断，我辈无用武之地了！”
黄宗羲叫道：“看到没有，我早就说了，当今皇上帝王心术太重，用的是王霸之道，违背儒家圣人教训。”
顾炎武详细问了通政司的运转情况和流程，谨慎道：“平心而论，难道通政司没有半分优点吗？政令畅达，行事高效，且高度集权，彻底杜绝了党争……”
黄宗羲瞪大眼睛道：“顾兄，你一向主张‘皇帝与天下臣民公治’，反对‘独夫统治’，怎么突然说出这种话来？”
顾炎武起身道：“我还说过‘天下兴亡，匹夫有责’呢！如今天下大乱，我朝羸弱不堪，正是到了兴亡关头。皇上的所作所为，担起了他肩上的责任，我当然要全力支持。至于天下人公治天下，那也得等到海晏河清之时才能奢谈。”
方以智和陈贞慧若有所思，黄宗羲瞠目结舌半晌，闷闷不乐喝起了酒。
顾炎武拍着黄宗羲的肩膀道：“拭目以待吧，我对皇上的观感大有改进，你也不要一直抱有成见。无论如何，我要在南京城多逗留些时日，期待看到皇上更多的举措，或许拯救大明朝的良方就在皇上手里！”
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