刘福通以汴梁（今河南开封）为中心，指挥和元军的正面战场。三路北伐是大宋证权打过的最出名的一场战役，基本上经过这次北伐之后，元军折损殆尽，已经无力和义军再作战了。下面讲一下三路北伐的具体情况：
东路军方面，至正十六年十月，占据盱眙等地的赵君用攻占淮安，杀掉扬州的镇南王，宋证权命赵君用为淮南行省平章。赵君用命其部将毛贵北上略海州（今江苏连云港西南）等地，受到元军攻击，毛贵夺取海船，由海道进入山东，于至正十七年二月取胶州。其后在不足两个月时间内，毛贵连克莱州、益都、莒州等地，元廷急命湖广行省左丞相太不花、知枢密院事孛兰奚、同佥淮南行枢密院事董抟霄等镇压毛贵，但都被毛贵打败了。宋证权在山东设益都等处行中书省，以毛贵为平章。毛贵立宾兴院，选用故宫，命姬宗周等分守诸路，“又于莱州立三百六十屯田，每屯相去三十里，造大车百辆，以挽运粮储，官民田十止收二分，冬则陆运，夏则水运”。毛贵十分注意生产建设和经济政策，为建设北伐基地作出了努力。于至正十七年七月，元镇守黄河的义兵万户田丰也宣布起义，克济宁路（今山东钜野），田丰成为东路军中的另一支重要力量。
刘福通命毛贵联合田丰尽取山东之地，北伐大都。至正十八年正月，田丰克东平路，使南北漕运中断；而毛贵在益都西南的好石桥大败孛兰奚，孛兰奚退至济南，毛贵乘胜于二月初攻占济南。至此，山东各地大部分被毛贵、田丰占领。
至正十八年二月，毛贵挥师北伐，进河北境，时升任河南行省右丞的董抟霄驻兵南皮之魏家庄。毛贵兵至，将其刺杀，遂北克清、沧二州，据长芦镇。三月，克蓟州，兵至通州枣林、柳林，直逼大都。“京师人心大骇，在廷之臣，或劝乘舆北巡以避之，或劝迁都关陕，众议纷纷。”但毛贵孤军深入，元军四方来援，至正十九年初，毛贵军败于刘哈剌不花，退回济南。
毛贵北伐之时，田丰在山东夺取了东平、济宁、东昌等地。所以，尽管毛贵北伐未能成功，但山东形势还是有利于红巾军的。毛贵北伐大都失败后返回山东，与田丰配合，其势仍然很盛。东路军发生逆转是在至正十九年四月，这时淮安失守，赵君用逃奔毛贵，竟阴险地把毛贵杀死。毛贵的部将王士诚、续继祖这时正在联合中路军北伐，这年七月，毛贵部将续继祖从辽阳回益都，怒杀赵君用，这时王士诚也脱离中路军返回山东。毛贵死后，接班人王士诚与田丰配合不到一块，两人开始在山东争夺势力范围。田丰称花马王，王士诚称扫地王，互相攻伐。
察罕帖木儿此时已经占领汴梁，得知山东红巾军自相攻杀后，决定大举进攻山东。至正二十一年六月，察罕帖木儿在洛阳召集各路将领，商定发师进攻山东。元军分兵五路，水陆并进，察罕的大军到来以后，田丰、王士诚望风而降，联合元军镇压东路军。由于不断受到元军的攻击，山东红巾军失去济南后，仅存益都这一座孤城。
答失八都鲁，出身于蒙古珊竹带氏功臣世家，地位在察罕帖木儿之上，但战绩远在察罕帖木儿之下。答失八都鲁被刘福通设计害死以后，察罕帖木儿自恃有功，对元廷和答失八都鲁的儿子孛罗帖木儿颇为不满。田丰在益都的南门扎营，频频前往察罕帖木儿的大营议事，见察罕帖木儿对待朝廷的大臣非常傲慢无礼，又见其对顺帝施以心术，没有一点忠臣的样子，与王士诚私谋后，在一场饭局中埋伏武士将察罕帖木儿杀死，察罕帖木儿的养子扩廓帖木儿袭职。扩廓帖木儿以哀兵进攻益都，在至正二十二年十一月攻克益都，掏出了田丰、王士诚的心脏来祭奠养父，东路军残部投降元军扩廓帖木儿，扩廓帖木儿后来被元朝封为中书平章政事。
中路军方面，至正十七年初，宋证权丞相之一的盛文郁攻占曹州（今山东菏泽），宋证权有在曹州建立行省。是年夏，刘福遂命曹州行省联合山东红巾军组织中路军北伐山西。
至正十七年九月，由关先生（关铎）、破头潘（潘诚）、冯长舅、沙刘二等率领的中路军，逾太行山，取陵川、高平，克潞州（今山西长治），进攻冀宁（今山西太原），被察罕帖木儿所败，退入太行山。
至正十八年二月，东路军毛贵由河北进攻大都，为分散敌军力量，毛贵遣其部将王士诚、续继祖等自益都出兵，进攻怀庆路，杀元怀庆路总管王得贞。三月，王士诚取晋宁路，杀总管杜赛因不花，并与关先生等所率的中路军相合。
刘福通命中路军分兵两路：一路攻绛州（今山西新绛）；一路由沁州出发，攻冀宁（今太原）、代州、大同，“烽火数千里，复大掠南且还”。中路军分兵两路的意图是北上与东路军形成对大都的包围。但这时毛贵已在大都附近受挫退回山东，故中路军北至大同后南还。可惜，他们回军途中遭察罕帖木儿伏击，归路被元军截断。
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