攻占北平后，朱棣上书给朱允炆，称齐泰、黄子澄为奸臣，并引用《祖训》“朝无正臣，内有奸恶，则亲王训兵待命，天子密诏诸王统领镇兵讨平之”，如今奸臣当道，朱棣已得密诏，作为亲王自己要起兵靖难。
战书既下，朱棣的攻势便如秋风扫落叶般铺天盖地而来。北平沦陷以后，通州、遵化、密云相继对燕军投降。七月十三，燕军攻陷蓟州，马宣战死。七月十六，燕军攻陷居庸关，俞瑱败走怀来。七月二十一，燕军攻陷怀来，宋忠、俞瑱被抓捕而死，都指挥彭聚、孙泰力战而死，永平指挥使郭亮叛降于燕军。随后朱棣在短短二十多天的时间，把人马发展壮大到几万人。
七月二十九，朱允炆下诏谷王朱橞（都上谷郡，治所在河北张家口）带兵三千到南京守卫金川门。与此同时，朱允炆任命长兴侯耿炳文为征虏大将军，驸马都尉李坚、都督甯忠为左、右副将军，带领军队讨伐燕王朱棣。
几天以后，朱允炆又让安陆侯吴杰，江阴侯吴高，都督耿瓛，都指挥盛庸、潘忠、杨松、顾成、徐凯、李友、陈晖、平安，带兵分作几路同时向燕军所在地北平进发讨燕。
朱允炆还专门在真定（河北石家庄）设置了一个平燕布政使司，由尚书暴昭专门负责相关事宜。
耿炳文此次受封征虏大将军，作为讨伐燕军的主力，有特殊的政治资本。耿炳文早年承袭父职，屡次打败张士诚的军队，历任总兵都元帅、大都督府佥事等职，后随常遇春、徐达攻打大同、陕西等地，屡立战功，之后以军功封长兴侯。值得一提的是，耿炳文的长子耿璇，娶了懿文太子朱标长女江都公主，耿璇实际上是朱允炆的姐夫。耿璇的弟弟耿瓛，官至后军都督佥事，此次也在随父从征之列。朱允炆对耿炳文委以重任，是希望他早日荡平燕寇，建功立业，高奏凯歌而还，锦上添花的。安陆侯吴杰是黔国公吴复之子，江阴侯吴高是江阴侯吴良长子，平安是朱元璋干儿，徐凯是徐达堂侄，盛庸是耿炳文参将，陈晖是常遇春嫡系。
八月十六，耿炳文的军队到达了真定，徐凯屯兵在河间（河北沧州），潘忠、杨松屯兵在鄚州（沧州任丘），而耿炳文的前锋则驻扎在雄县（河北保定）。八月十九，燕王朱棣带兵在夜晚渡过白沟河，然后趁机围攻雄县，将其攻陷。八月二十一，潘忠、杨松从鄚州发兵来援救雄县，结果遇到燕军伏击，与燕军在月漾桥上交战，最终兵败被捕，鄚州沦陷。
耿炳文手下的部校张保打算来降附于燕王，飞鸽传书对朱棣说道，耿炳文的军队有三十万人，先来的有十三万人，他们有一半驻扎在滹沱河南面，另一半驻扎在滹沱河北面。
朱棣担心与耿炳文北面军队交战的时候，南面的军队趁机掩杀过来，于是让张保先回去，使他对耿炳文说，燕王朱棣马上带兵打过来了，诱导他抓紧时间把南面的军队渡河到北面。
八月二十九，朱棣带兵来到真定，与张玉、谭渊在滹沱河（河北石家庄）北面夹击耿炳文，耿炳文大败，左、右副将军李坚、甯忠（通宁忠）和都指挥顾成全部被捕，南军也被燕军斩杀了三万多人。耿炳文带兵退回真定，朱棣带兵包围真定，围攻了两天而没有攻下来，于是带兵离开了。
建文帝朱允炆听说耿炳文打了败仗，于是任命曹国公李景隆为征虏大将军，取代耿炳文的兵权。
李景隆，字九江，江苏盱眙人，是明朝曹国公李文忠之子。
李景隆年轻时喜读兵书，举止从容，深得明太祖朱元璋的重视，于洪武十九年袭爵曹国公。他多次到湖广、陕西、河南等地练军，还曾负责与西番的茶马互市贸易，后掌管左军都督府，加太子太傅。太子太傅属于东宫的官职，李景隆因此与太子朱标走得很近，并得到皇太孙朱允炒的倚仗。
明太祖病逝后，李景隆成为建文帝心腹，深受朱允炆的亲近信任。削藩周王朱橚时，建文帝就是派李景隆前往开封，包围周王府，将周王朱橚全家押回南京，废为庶人的。而李景隆自此与朱橚结下梁子，后来朱橚联合其他大臣弹劾李景隆，使其削爵被禁，此系后话。
建文帝任命李景隆为大将军时，让他率五十万大军北伐，并亲自在江边饯行，行“捧毂推轮”之礼，赐“便宜行事”之权。
九月初五，江阴侯吴高、都督耿瓛、指挥杨文带领辽东兵包围永平（河北秦皇岛）。九月十五，李景隆兵至德州，调集各路兵马，进驻河间（河北张家口）。
朱棣知道吴高和李景隆兵分两路伐燕，对属下是这么说的：“李景隆色厉内荏，听说是我带兵，他一定不敢贸然出战。不如我们先出兵前往救援永平，吴高心存胆怯，打不了胜仗，我军一到，他必然逃跑。攻占永平城后，我们再来还击李景隆，有坚城和大军作保障，必定能够抓住李景隆。”
九月二十三，朱棣带兵救援永平。九月二十九，吴高听说燕王朱棣来了，果然逃跑，燕军趁胜追击，吴高退保山海关，永平解围。
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