而这一切看似和平之下，一些不安定因素也在不断地滋生着，玻璃瓦尔的哨兵机器人计划渐渐地被他完善了，他将所有的一切全都记在自己的脑中，但是并不知道这一切都被查尔斯从他的脑子里偷了出来。
而布鲁斯见着越来越完善的哨兵计划，顿时觉得这个人真的不愧是一个天才，但是现在这个天才落入了他的手里，哨兵注定是不会出现了。
只不过最近玻璃瓦尔的研究进入了一个瓶颈，进化者联盟的进化者的基因库组建起来了，每一种基因被他研究的差不多了，除了发现这种潜在的基因存在一种在外界刺激之下会让人觉醒超能力之外，似乎没有别的突破口，引发觉醒的条件多种多样，根本没有一点规律，甚至有的携带者面对死亡的威胁都不会觉醒，有的却是一场失恋，或者摔一个跟斗都会觉醒，根本无迹可寻。
可是真的是这样吗？显然不是，玻璃瓦尔之所以不再研究了并不是没有了研究的方向，又或者他真的将这一切研究透彻了，而是他发现了一个秘密，让他从最初的担忧之中决定奋起，决定反抗之中解脱了出来，现在他心安理得的做着自己的事情，显得格外的悠闲。
但是玻璃瓦尔消去了自己的烦恼，但是却带给了布鲁斯他们最大的烦恼，因为查尔斯在玻璃瓦尔脑子里得到的信息确实是骇人听闻，甚至让他告诉布鲁斯之后都觉得这是一个天方夜谭，不敢相信。
可是见到玻璃瓦尔连自己的哨兵计划都已经放弃了，显然是真实可信的，于是进化者联盟之中开始了一场悄悄的实验，甚至比起希望消灭进化者的那些普通人还要来的疯狂。
这个消息如此的让人惊骇，让他们不泄露丝毫，死死地捂在自己的控制范围之内，而进化者联盟更加疯狂地进行满世界的进化者的收集，让越来越多的进化者开始被收编，从而全世界进化者进行不法行为的事情越发的稀少起来，一时之间整个社会上似乎就像是进化者根本就没有出现过一样。
进化者联盟将所有可以找到的进化者全都收编，而自己这些人也不再出面去打击普通人犯罪整个地球全都交给了普通人，除了亚洲那一片地区没有进行彻底的收编之外，整个世界一片清平。
这股暗流在世界上掀起了无数的波澜，原本进化者制约下罪犯都小心翼翼的，现在却是越来越多，纽约的治安从二十年代之后就一直很好的，但是现在却渐渐的变得鱼龙混杂，黑色势力开始出现，地下帮派也开始渐渐的成型，整个纽约渐渐的变得混乱，让普通人开始怀念进化者的存在了。
造成这种后果是所有人都没有预料到的，原本觉得进化者是这个世界的不安定因素的人们此时才知道原来进化者在这个世界上扮演的角色曾经是多么的重要，他们在之前可以过着安稳的日子，现在却需要过得小心翼翼。
因为进化者联盟悄然间消失在所有人的视线之外，那几艘宇宙飞船全然消失在了地球人的视线之中，沉入了一些隐秘的海洋深处，整个世界瞬间失控，一个个内心充满了黑色欲望的不安分子开始活跃，神盾局也有活干了。
非洲陷入战乱，一个个国家开始闹起了革命，独立，天启的进化者帝国覆灭了，进化者联盟也从这里撤出，而神盾局在这个时候就有事情做了，因为战乱就会滋生恐怖分子，从而被他们打击，这段时间是神盾局飞速发展的一段时间，每天都有新招募的特工被投入实战，从而培养出一大批的强大的特工。。
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