四层船舱分别为负一层、一层二层三层，一层舱室比甲板低上一个板凳的高度，有一个很的乘客舱能搭乘不少于百人，主要是用的都是长条椅，并没具体乘坐人数。
一层除了有乘客舱，还有驾驶舱、厨房、小餐厅、水房、恭房等功能舱室，这一层主要搭载中短距离乘客，方便快速上下船。
二层是一个更大的乘客舱，有一百五六十个单人坐椅，坐椅上方有行李架可放置少量行李，二层还配套有几个小的功能舱室，此处就是搭乘中远程乘客的。
三层是卧铺舱，没有分隔，就是一排一排宽不足一米的双层单人床，有一百多个床位，每床除了头侧上方一个小小行李架可放置随少量随身物品，其他行李只能存放于负一层行李舱。三层后侧部分则被分隔出一段作为船员休息舱。
加建的三层除了大部分框架支撑采用上好木料，其他多数地方使用了更轻便的竹材，船顶也是内层为缝制的一大张厚帆布，外面用紧密竹席防水就完事，主要是为防船上层过重发生危险。
负一层的话，就是动力舱、煤舱、行李舱、货舱等舱室，动力舱是放置动力系统的，煤舱则是用于存放燃煤。
行李舱有两个，分别属二三层乘客，有对应坐位的行李架，放置不下的还有通用大行李架，至于一层乘客，可以放置在身边或位置上方行李架，舱室内还单独划出几块区域放置大件行李，主要是行李舱在负一层，并不是太方便迅速。
货舱就是存放货物的，李大眼这条船算是平民平价客船，路上会停靠在一些城镇大村，其中有不少乘客可能是人货齐走，像镇甸货铺老板，外出可能要顺带进一些货，或者货郎行脚商要带着货物去其他地方贩卖，货舱就是为这一类乘客准备。
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