潘季驯主张合流，但为了防御特大洪水，在一定条件下，他并不反对有计划地进行分洪，如在《两河经略疏》中就明确指出：“黄河水浊，固不可分。然伏秋之间，淫潦相仍，势必暴涨。两岸为堤所固，水不能泄，则奔溃之患，有所不免。”
在束水攻沙的基础上，潘季驯又提出在会淮地段“蓄清刷黄”的主张。他认为：“清口乃黄淮交会之所，运道必经之处，稍有浅阻，便非利涉。但欲其通利，须令全淮之水尽由此出，则力能敌黄，不能沙垫。偶遇黄水先发，淮水尚微，河沙逆上，不免浅阻。然黄退淮行，深复如故，不为害也。”
在这一思想指导下，根据“淮清河浊，淮弱河强”的特点，他一方面主张修归仁堤阻止黄水南入洪泽湖，筑清浦以东至柳浦湾堤防不使黄水南侵；另一方面又主张大筑高家堰，蓄全淮之水于洪泽湖内，抬高水位，使淮水全出清口，以敌黄河之强，不使黄水倒灌入湖。潘季驯以为采取这些措施后，“使黄、淮力全，涓滴悉趋于海，则力强且专，下流之积沙自去，海不浚而辟，河不挑而深，所谓固堤即以导河，导河即以浚海也。”
潘季驯四次治河的成绩是显着的，特别是束水攻沙论的提出，对明代以后的治河工作产生深远影响。不少水利史研究者和水利工作者都对潘季驯的贡献作出过很高的评价：清康熙年间的治河专家陈潢指出：“潘印川以堤束水，以水刷沙之说，真乃自然之理，初非娇柔之论，故曰后之论河者，必当奉之为金科也。”
在潘季驯治河三百年之后，一些具有现代科学知识的西方水利专家兴致勃勃地向当时的清政府提出了“采用双重堤制，沿河堤筑减速水堤，引黄河泥沙淤高堤防”的方案，并颇为自得地撰写成论文发表，引起了国际水利界的一片关注。不久以后，他们便惊讶地发现这不过是一位中国古人理论与实践的翻版，德国河工专家恩格斯叹服道：“潘氏分清遥堤之用为防溃，而缕堤之用为束水，为治导河流的一种方法，此点非常合理。”
不过我们再仔细想一想，潘季驯是在国人治水几千年的经验上总结出来的，而西方水利专家到中国才多少年？从打开大清国门开始算也只有几十年时间，他们这么快就找到办法，让人细思极恐，科学思维训练过的头脑与未开化地区的人确实不同。
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