在终极大boss辉夜姬和神树未来到地球之前，这个世界是不存在查克拉的，彼时世界的架构是类似于我国周朝的封邦建国制，甚至于有没有迈进铁器时代都是存疑。
从外星球来到此方世界的辉夜姬因为爱情嫁于某国“天子”，但随后由于敌国的大举进攻而被她深爱的丈夫背叛，为求自保不得不吞下神树果实，从而获得了查克拉的力量。
此后的她，不仅维护住了自己的安全，还奴役其他人类铸造白绝军团；她所诞下的孩子:羽衣羽村兄弟不能理解母亲为何要压迫人类，于是与之大战，世界崩毁。
在成功封印辉夜姬后，羽村携母亲肉体（外道魔像）远赴月球，行看守陪伴之责；羽衣则自诩六道仙人，在运用自己的能力修复好因“神之战”破损的大地后，他将查克拉的提炼和使用方式授予世间众人，开创忍宗体系。
时光荏苒，六道仙人羽衣的肉体无法支持他在世间久留，于是他将体内封印的十尾（神树）分割成九份，这就是九大尾兽。在为九大尾兽选好居住地后，羽村逝世，此后以精神体的形式存在于世间。
自六道仙人修复大地、创立忍宗体系后已过近两千年，掌握了查克拉的人们就如同掌握了魔力的魔法师一样，其能力远远超过一般人类。
然而这些叫做“忍者”的查克拉使用者并没有把查克拉本身那神奇的能力用于推动社会发展，而是不断精研查克拉的使用，创立“忍”“体”“幻”三大查克拉使用体系，用以增强自身战斗力，与其他人争夺资源。这其中，尤以六道仙人的直系后代:羽衣一族为甚。
这一漫长的资源争夺时期，史书上称其为“战国时代”。
在战国时代末期，千手一族族长千手柱间实力出众，他不仅实力冠绝忍界，甚至还在击破忍界仅次于千手一族的宇智波一族后，创造性地提出了“一国一村”的“忍村制度”。
千手柱间纠集火之国境内有名的忍族，创立木叶忍者村，第一次将忍者们从永无休止的战争中解脱了出来。
千手柱间和火之国建立“忍村制度”的举动，让世界其余各国感受到了极大威胁，他们纷纷以本国为依托，捏合国内忍族、建立由国家支持的大型忍者村。
事实上，千手柱间的目光并非局限于火之国，他是打算过要一统天下的。然而，宇智波一族族长宇智波斑受辉夜姬的第三个孩子:黑绝蛊惑，不仅摧毁了木叶与岩忍许诺订立的盟约，并且还叛出村子，捕捉了云忍此前未能成功捕捉的九尾，继而与千手柱间展开大战。
激战过后的千手柱间手刃宇智波斑，但自身也负有重伤、命不久矣。他深知自己已无法达成统一世界、还天下太平的理想，于是便强撑病体，捕捉了除九尾、一尾外的其余七只尾兽。
在捕捉尾兽成功后他召开第一次五影大会，将九大尾兽分封各国，意图建立以木叶村为主导的“五大国”统治体系。
五国大名既其余四村“影”，予以认可。
此后千手柱间逝世，千手扉间继位，其余各村的一代影也因身体原因相继离世，各村进入“二代目”时期。
在千手扉间统治期间，木叶与云忍达成同盟条约。一旦此条约达成，以木叶为主导的忍界、世界秩序就将敲定。然而已经活了上千年的老怪物黑绝可不会坐视不管，他暗地里派遣泷忍村角都与云忍金银兄弟结为同盟，成功击杀了二代火和二代雷。
此后三代雷影虽然击杀金银兄弟逼退角都，但二代火、二代雷两位影级人物的逝世，标志世界力量对比发生了极大变动，各村平衡已经被打破，以木叶为主导的国际秩序难以为继，第一次忍界大战爆发。
如果想要对“为什么火影忍者主要是忍村而非忍国”这个问题做出解答，我们其实只需要把这段火影世界的历史代换入我们绝大多数人所能理解的语境就行了。
那么，如果把火影世界代入到中华历史中去，会是一个怎样的故事呢？
西周末年，有一位外星人女子降临地球，名为西王母（辉夜）。然而，身负任务的她爱上了周朝的天子，热恋中的她最终选择与周天子结合，并诞下两子。
后来，南蛮楚庄王意图问鼎中原，怂包周天子为了保住自己的位置，竟打算将自己的爱姬西王母送予楚庄王屈辱求和。
识人不明、走投无路的西王母最终选择吞下了与天地共生的神树所结出的果实，获得了“气”这种神秘的力量。
掌握了“气”这一力量的西王母神威大发，全灭楚王侵略军。然而，与周天子结合的西王母虽然也是外星人，但论身份其实只不过是高等级外星人的奴隶罢了。
肩负收取神树果实并带回外星使命的她由于擅自吞食了神树果实，必然会迎来被外星人处死的命运。于是她操纵神树捕捉人类，并将其培养成哨兵机器人（白绝），意图抵抗外星人在未来的降临。
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