按照李斯制定的法令，那是相当残苛的。凡是以外的史书，不是博士（指掌管古今文史典籍的官）所藏的诗、书、百家语都要烧掉，只准留下医药、卜筮、种树之书。此后，如果有敢再谈论诗书者“弃市”。有想学习法令的，要以吏为师。
这次焚书的原因，是由于讨论是否分封的问题而引起的，无论是主张分封还是反对分封的大臣，都是为了秦始皇长久统治打算卜他们并无根本利益上的对立。李斯借题发挥，最后竟造成焚书的结局，也不是没有缘由的。
秦国自商鞅变法以来，一直是以法家理论作为治国的指导思想。秦始皇统一天下之后，也是以法家治国的。在他当皇帝的九年中，主要精力是用在建立中央专制政权，划定全国疆域，统一文字度量衡，修筑长城等，对文化思想方面很少注意。淳于越以儒家思想为秦始皇出谋划策，是不利于秦的中央集权统治的。因此，善于领会秦始皇意图的李斯，为了打击儒家势力，巩固统一政权，提出了上述焚书的主张，得到了秦始皇的同意和批准。于是，秦始皇下令焚书，先秦许多文献古籍都被烧掉了，使中国文化遭到了巨大的损失。
在焚书的第二年，即秦始皇三十五年，两个术士暗地里诽谤秦始皇，并亡命而去。秦始皇得知此事，大怒，派御史调查，审理下来，有四百六十余人因此被坑杀。这就是历史上的“坑儒”事件。虽然后世称此事为“坑儒”，但其实被坑杀的是术士，与儒生无关。司马迁在《史记·儒林列传》中已有明言：“及至秦之季世，焚诗书。”可见，根本就没儒生什么事。但自东晋年间，梅颐献，附有所作的《尚书序》，其中有云：“及秦始皇灭先代典籍，焚书坑儒，天下学士，逃难解散。我先人用藏其家书于屋壁。”这时，坑术士第一次被变性为坑儒。后来，随着被定为官书，坑儒的说法于是沿袭下来，遂成定论。对于梅颐所献的《古文尚书》及孔安国所作《尚书序》，前人多有辨疑，到了清代，其伪书的身份已成盖棺定论。将坑术士改为坑儒，其实也只是为了引出下句“我先人用藏其家书于屋壁”，从而表示《古文尚书》。考其最初用意，大概也只是欲售其伪，并无心向嬴政泼脏水。后世却据此将坑儒判为铁案，想必是大大出乎其意料之外的了。
由于秦始皇的赏识，李斯不仅官运亨通，他的子女也都跟着沾光。李斯的长子理由做三川郡守，掌握了一定的军政大权，其他子女也都与帝室结了婚姻关系。有一次，李由回到咸阳，李斯摆设家宴，百官都来赴宴祝酒。在这种热烈的酒席上，李斯的老师荀卿告诫他的“太盛”这句话，感慨地说：“我是个平民百姓，今天却做了丞相，可以说是富贵到了极点。但是，物盛则衰，我还不知道将来会有什么样的结局呢，由此可见，李斯并没有完全陶醉于高官厚禄之中，他对现实的认识还是比较清醒的。
秦朝建立以后，由于秦始皇对广大人民实行残暴的统治，各地人民群众的反抗从来没有停止过。除了武装斗争形式外，广大人民还以歌谣的形式咒骂秦始皇，如说：“阿房阿房”等。人民群众的不满和反抗，使地主阶级也很担心。因此，秦始皇在统一后的十余年间，先后进行了五次远途巡行。其目的就是到各地耀武扬威，加强对全国的控制。
尽管秦始皇到各处巡行，残酷镇压人民群众，然而反抗还是不断发生，如有人拦截皇家使者，有人公开咒骂秦始皇：“今年祖龙(秦始皇)死。”所以，在秦始皇三十七年(前210年)，秦始皇决定第五次巡行。
这一次巡行，丞相李斯和秦始皇宠爱的小儿子胡亥等一同前往。巡行的路线是：从咸阳出发，出武关，沿丹水，再沿长江东下直至会稽(今浙江绍兴市南)。登会稽山，祭大禹，并刻石留念。在北归之时，秦始皇得了重病，不久死在沙丘(今河北钜鹿县东南)。
秦始皇死后，李斯怕引起天下大乱，每日照常令人送水送饭，不让外人知道死讯，按照惯例，应由秦始皇长子扶苏继位。扶苏思想倾向于儒家，不同意秦始皇的焚书坑儒，当面提过意见，惹得秦始皇生气，把他派到西北大将蒙恬那里。这时，宦官赵高也正在进行阴谋活动，他曾是胡亥的老师，极力想让胡亥称帝，他就可以大权在握了。唯一需要注意拉拢的是李斯，所以他就想方设法争取拳斯也同意胡亥上台。赵高口才极好，善于雄辩，与李斯有这样的一段对话。
赵高说：“皇帝临死前，曾召扶苏参加葬礼的这封信，没等送出去，皇帝就死了，这封信没有人知道，现在胡亥手里。决定由谁来继位；全由胡亥和我来决定丁，你认为如何？”这是探听的口气。
李斯说：“这是亡国的言论不是人臣应该议论的。”反映出李斯对赵高的不满。但赵高早就对李斯的为人了如指掌，他让李斯和蒙恬进行对比，李斯自觉不如蒙恬。于是，赵高乘机又说：扶苏刚毅面勇敢善战，他继位后必将任用蒙恬为丞相，这话很能抓住李斯当时的心情。赵高接着又威胁说，现在天下实际上掌握在胡亥和他的手里，扶苏、蒙恬、李斯的命运也全都攥在我们的手里。李斯见形势不妙，就只好听从赵高的调遣了。胡亥、赵高将秦始皇召扶苏来咸阳送葬的书信，改为斥责扶苏“无尺寸之功”、“不孝”的信，令他自杀；同时责备蒙恬“不忠”，也令他自杀。结果扶苏乖乖地自杀了，蒙恬不肯自杀，后被囚禁，还是服毒而死。
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