唯一一个前期看破孔有德伎俩的叫徐从治，接手余大成的山东巡抚，可惜，莱州守城一战，被自己监造的大炮给轰死了。
总督刘宇烈进剿失败被下狱，朝廷从此废弃了总督及登、莱巡抚的职位，也彻底放弃了招安的打算。
天津任职的朱大典被提升为右佥都御史，皇帝下诏书让他驻守青州，负责部署兵马和粮草，统领赶至山东境内的主、客兵数万人以及关外的精干部队联合剿灭反贼。
御马监宦官高起潜任督监，进驻德州，总理军饷。
总兵金国奇担任主将，统帅副将靳国臣、刘邦域，参将祖大弼、祖宽、张韬，游击柏永福以及旧总兵吴襄和他的儿子吴三桂等人。
兵分三路，先解了平度之围，然后于黄县大败叛军，斩一万三千级。
十一月，就是传说孔有德逃亡的那个月，金国奇去世，吴襄取代了他总兵的位置。并筑墙围困退守登州的叛军，准备耗死他们。
直到上月中旬，即困城三月后，孔有德、耿仲明才真正从水上逃走，登州城本就有一面临海。叛将李应元被斩，毛承禄、陈光福、苏有功等被活捉。
至此，当初在吴桥由一只生员的鸡引发的一连串血腥暴乱，才终于结束。
平心而论，他孙元化有冤，早于兵变两月就被免职，后期进剿和招抚的失败当不应牵连于他，但作为源头，作为一个事态平息后的替罪羊，他能不死吗？
“愿主赦免掉所有一切的罪孽，阿门。”
约翰由于身着牧师长袍，不便伸手去搀扶，任由已了心愿的孙元化自行起身。
孙元化的单眼扫向长子及家人仆从，他们挤在狭小的门边等候了许久。
“父亲，真的必须去吗？”孙和鼎问他。
“大丈夫有所为，有所不为。”言毕，伸手拉门，义无反顾。
“丈夫有能犹可为，若是无能，只会害死大家！”
雨继续磅礴而下，小教堂外，空旷的荒地中，黑压压地站满了人，当首那人沉沉地接了他一句。
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