外人根本不知道神盾局是个多么庞大的组织。
神盾局特工学院总部；
神盾局科技研发总部；
神盾局战争武器研发部；
神盾局高级监管委员会；
神盾局公关形象策略发展部；
神盾局信息资源管理分局；
神盾局国际空间站；
神盾局外太空遥感探测站；
除了华盛顿的三曲翼总部，以上这些都是神盾局在数十年间设立的各种部门，它们互相协作，监控着世界每个角落的一举一动。
神盾局分裂后，开始和九头蛇互相征伐，世界安全理事会已经宣布两者皆是非法组织。
这还不算，美国军方开始通缉神盾局和已经暴露的九头蛇成员，九头蛇几大派系之间也开始吞并整合。
自从亚历山大.皮尔斯的洞察计划阴谋破产后，他的遗留下来的资源被另外三个最大的九头蛇势力瓜分。
这三个派系是丹尼尔.怀特霍尔（沃纳.莱因哈特）领导的一派，吉迪恩.马利克领导的一派，还有东欧的沃尔夫.冯.斯特拉克男爵一派。
怀特霍尔一直研究方尖碑和异人族，马利克研究超空间巨石，梦想能迎回九头蛇始祖，斯特拉克男爵最近比较低调，不知道在策划什么。
这三派岁同属九头蛇，但互不统领，各自为政。而且因为争夺皮尔斯留下的资源，还摩擦不断。
总之，全世界都乱了套，殃及了无数无辜民众。
忠诚于神盾局的特工们不得不转入地下，继续与九头蛇进行战斗。
弗瑞最终将工具箱交给了菲尔.科尔森，让他重建神盾局。他和希尔则转入了地下，不知道策划着什么。
这艘本该在神盾局陷落后失踪的空天母舰—阿贾克斯号，被天网系统持续不断地搜寻下，终于露出了身影。
黛西立刻将消息报告给了副局长维多利亚.汉德。
汉德又将消息转告给了科尔森，势单力薄的科尔森立刻恳求天剑局能给他一些技术支援。
维多利亚有些为难，天剑局的力量几乎都投入到香格里拉计划当中，留守地球的只有一艘守卫超空间接收装置的护卫舰和一些附属的新星战机。
而且，天剑局是一个与外星高级文明联合协作的组织，如果过多的参与地球内部的纷争，会给那些极端保守势力授以口实。
自从纽约之战后，地球很多普通民众受到了无妄之灾，失去了家人或者一切。
这些不明真相的人，在某些政客的煽动下，将一切罪责归到了外星文明身上。
这些人经常组织游行示威，高举“滚出地球！”的口号。
不过，汉德和科尔森在神盾局的时代，两人关系还算不错，现在神盾局面临解体，作为统一战线的战友，不帮忙显得有些过意不去。
于是，汉德将黛西.约翰逊和格兰特.沃德派了过去，帮助科尔森夺取母舰。
原本他们计划是这样的，梅琳达.梅驾驶着隐身状态的空中巴士，悄悄靠近被九头蛇控制的阿贾克斯号。
然后，黛西和沃德身上装备着可以隐身的二代战衣，他们去中央机房，先夺取母舰控制权，然后芭比，亨特分别带上一组人，清剿船上的顽抗分子。
只是没想到，这艘船在九头蛇手里进行了改造，反隐形能力大大提高。
悬停在母舰上方的空中巴士被九头蛇发现，结果，隐秘行动变成了强攻。多亏了先上舰的黛西解除了母舰的武器控制，不然空中巴士早就被击落了。
“这该死的光量子智脑，九头蛇怎么搞到的！”
看到女友不停抱怨，警戒四周的沃德笑了一声，说道：“往好处想，如果你能搞定这个，那么等于你是一个人就完成了西塔规程！”
“谢谢你的信任！再有30秒。。”
“趴下！”
没等黛西说完，沃德猛地一把将她按低下来，抬手就是三发点射。
“呯！呯！呯！”
“噗通！”
一个想冲进来的九头蛇士兵倒在了地上。
“呼！谢了！亲爱的！”
“不客。。呜！”
没等沃德说完，黛西搂住他就是一个Kiss。其实两人装备的都是天剑局自己设计的新一代战衣，小口径枪械根本造成不了伤害。
“你们到底搞定没。。”
兰斯.亨特冲进机房，正好看到辣眼睛的一幕，顿时无语了。
我和芭比在外面和九头蛇交火，你们两口子躲在这里卿卿我我。。。MMP！
黛西一把推开了沃德，略显尴尬。
“嘀~嘀！”
这时候，黛西腕部的虚拟屏幕发出了声音，自动解码程序已经破解了母舰的中央处理器。
“所有人戴上防毒面具！”沃德大声向联络器中发出了命令。
空中巴士，控制室内，一名汉德支援过来的天剑局技术官，关闭了母舰的所有舱室，将芭比放置在中央空调的催眠气体灌入船体内部。
那些负隅顽抗的九头蛇猝不及防，纷纷中招，昏倒在地。
“已经搞定了！科尔森长官！”
“做的好！上尉，将母舰降落到阿拉斯加基地。”科尔森拍了拍这名叫汉森的技术官。
神盾局被宣布为非法组织，神盾局学院也随之关闭，那些还未毕业的学员们各奔东西，谁都不愿意再趟这浑水。
科尔森招揽人才是难上加难。
还好有些忠于神盾局的成员们被他组织到了一起，才有了与九头蛇对抗的资本。
不过，艾拉将黛西，科学二人组都挖到了天剑局，导致科尔森手下的技术人才极度缺乏。
要不是黛西过来支援，夺取阿贾克斯号，根本就不可能实现。
“里面的俘虏怎么办？”汉森问道。
“将他们都丢到东海岸海军司令部，通知格伦.塔尔伯特少将，让他接收处理吧！”
“收到，长官！”
黛西一行人控制着阿贾克斯号飞向阿拉斯加秘密基地，科尔森将那些昏迷不醒的俘虏全都扔在了匡梯柯基地附近。
基地副司令格伦.塔尔伯特收到科尔森的电话，立刻带上部队，将捆成粽子一样的九头蛇们全部抓获。
白捡一个大功劳的塔尔伯特少将投桃报李，对神盾局可能夺取了一艘战力强大的空天母舰只字未提。
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