白莲教是唐、宋以来流传民间的一种秘密宗教结社，源于佛教的净土宗，早期的白莲教崇奉阿弥陀佛，提倡念佛持戒，规定信徒不杀生、不偷盗、不邪淫、不妄语、不饮酒。它号召信徒敬奉祖先，是一种半僧半俗的秘密团体，很容易为下层人民所接受，所以常被利用做组织人民反抗压迫的工具。
在元代，白莲教曾多次组织农民起义；明朝永乐年间的唐赛儿，也以白莲教之名从山东起事，让成祖大为震怒。唐赛儿之后，还爆发了数次小规模的农民起义，比如嘉靖年间江南太湖流域马祖师领导的农民起义和山西、内蒙一带的农民起义等。
由于元朝末年，最先掀起反抗暴元旗帜的韩山童、刘福通等人，便是白莲教中的首领人物；包括朱元璋本人也与白莲教有着脱不了的干系，他之后率领的明军，多少也参杂了白莲教的身影，所以明朝皇帝对白莲教是很敏感的。老朱家就是依靠农民起义夺取的天下，自己当家做主后，为了江山的稳固，自然严禁他人再加以效仿。从永乐之后，历任明朝皇帝对白莲教的态度都是斩尽杀绝，没有哪个朱家子孙敢对其放任不管。
“宁杀错，不放过”，这是各朝各代皇帝们对于白莲教的处理原则，是以这次巡抚大人还在返程途中就让人甄别消息是否属实。回到济南府的第二天，噩耗传来：白莲教确实在山东境内动作频繁。伍巡抚一个头两个大，自己才到任山东没几个月，就发生了如此恶劣的大事件，隐瞒是不可能的，何况他也没胆子隐瞒。只是伍巡抚心里却担心上报朝廷后，皇帝会不会治他个疏于盘查的罪名呢？
伍巡抚即使再担心被治罪，也必须得将山东境内的白莲教相关事宜报告给中枢，几天后，圣旨下来：着山东巡抚总理境内剿匪事宜，务必尽快将白莲教匪人悉数捉拿！其他的问题皇帝是一句话都没说，不过伍巡抚知道，自己这次要是剿匪不力，肯定会被“算总账”的。接旨后，伍巡抚心里寻思着：自己并不是“上马管兵，下马管民”的那种封疆大吏，这次的剿匪顶多就是负责后勤和上报之类的事务，打仗的事情还必须得靠军队，山东境内的军队调动还得找总兵古万长。
于是伍巡抚找到了古万长，两人都深知事情的紧迫性和严重性，一番协商后，山东境内轰轰烈烈的剿匪运动就展开了。
经过调查，目前山东境内的青州、东昌、兖州都盘踞了规模不小的白莲教匪徒，于是官方第一阶段的动作就是三府各自负责辖区内的剿匪任务，以三个月为限。
作为东昌府剿匪任务的主要责任人，钟南从内心来说，是不愿意去干这个事儿的，毕竟都是华夏同胞，这种自相残杀很难让人有成就感。可是他也知道，不去是不行的，自己无论怎样阻挠，也唯有延缓些时间而已。不过钟南还是寄希望于多缓两天，说不定东昌府的白莲教徒会主动撤退。
剿匪命令下达到东昌府后，钟南先是借口饷银没到位，下面的士兵饿着肚子很难拉出去。待上面把银子划拨下来后，钟南又说东昌府的军队操练还不系统，这样拉出去伤亡会比较大。再待军队训练了十来天，又说如今才二月中旬，天气乍暖还寒，不太适宜剿匪。
钟南这一拖再拖的行为，让青、兖二州的人很是不满：我们这边都剿匪半个多月了，你钟游击还在东昌府窝着，是不是和白莲教有什么瓜葛呀！一听这个，钟南就泄了气，没办法再拖延下去，只能拉着队伍去剿匪了。
山东这个地方，自古以来就民风彪悍，他们的祖先是东夷人，东夷人身体强壮且十分好战，加之不知为什么这块土地上的天灾人祸比较多，所以出现较多的造反者也不足为奇了。远点的如西汉末年的樊崇赤眉军，西晋时的刘伯根王弥，北魏的邢杲，隋朝末年的王薄，唐末的黄巢，北宋水泊梁山的晁盖等等，最近的就是大名鼎鼎的唐赛儿了。
钟南在东昌府的士兵里面挑出了五百人，主要的标准就是年轻力壮，头脑灵活，而且还要能吃苦耐劳，并且未婚且不是家中独子。他打算以这五百人为基础，先行用现代化的方式训练，有了成效后再慢慢扩大规模，最终形成一支三千到五千人的精锐之师。
打造一支属于自己的“钟家军”，这个想法是钟南在京师逗留期间成形的。纵观万历一朝，战斗力最为强悍的就是戚家军、辽东军和川军，三支军队各有特色，每支军队的人数都不多，大约三五千人。钟南希望能打造出一支类似甚至是超越以上的军队，无论是为了建功立业，还是为了保护自己和家人，这都是很有必要的。
此次剿匪钟南就把这五百人马拉了出来，临行前他交代了唯一的要求：一切行动听他指挥。在钟南看来，无论是戚家军、辽东军还是川军，都算是私军，虽然也遵从朝廷调令，但戚继光、李成梁和刘铤才是三支军队的灵魂人物。自己这支队伍不光要战斗力出色，对主将的忠诚度更是得高要求，甚至可以说后者重要于前者。
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