木叶四十六年。
获得大蛇丸加盟的团藏开始重新将根部一直进行的人头研究实验的资料交给大蛇丸
同年，团藏的根部与大蛇丸共同开始研究木叶早已封禁的项目柱间细胞！
期间，为了获得更好的研究效果，团藏的根部开始在火之国以及其他小国秘密开始搜集婴儿。
看着根部提供的婴儿宿体，大蛇丸面无表情，选择接受。
木叶四十七年柱间细胞研究告一段落，唯一成功的实验体，甲，诞生。
同时大蛇丸竞选火影失败，自来也的徒弟木叶的黄色闪光波风水门凭借着其强大的声望以及战功成为第四代火影。
大蛇丸知道这个消息的时候，只是淡淡一笑。
“火影？真是无聊。”
如果不是为了稳住团藏，大蛇丸根本就不会去参选。
木叶四十八年，九尾之乱！
大蛇丸静静地看着那九尾在村子中肆虐，年轻的火影波风水门献出了自己的生命。
“使用这般招数封印，实在是不智。水门为什么这么做？”
大蛇丸百思不解，但是却敏锐地感觉到了什么。
忍界只怕要出现大乱了。
“将未来托付给了自己的儿子吗？水门，这就是你的选择吗？”在得知波风水门以及玖辛奈选择将九尾封印到自己孩子体内的大蛇丸低语道。
四代火影阵亡后不久，三代火影猿飞日斩选择重新出山暂代火影一职。
同时，为了将卡卡西拉入到根部阵营，团藏将一些禁忌的东西告诉了卡卡西却未曾想到卡卡西最终会选择背叛。
团藏大怒，派出手下的甲伺机对卡卡西动手。
而在得知大蛇丸所做所为的三代火影大怒，亲自带队抓捕大蛇丸却因为一时不察被大蛇丸逃走。
那时，大蛇丸第一次见到了卡卡西。
“朔茂，你的儿子，长大了啊。不过他似乎将旗木刀法抛弃了啊。”
大蛇丸捂着受伤的手臂，消失在了原地。
......
“朔茂现在的木叶或许就是你理想中的木叶吧。”
大蛇丸抚摸着手里的木刀在心中暗暗想到。
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