第二部分（“所谓诚其意者”至“此谓修身在正其心”）讲的是诚意慎独。逐句解释《大学》的“三纲领、八条目”，这一部分是全文的重点。
首先，自我的完善是“自明”。所谓“自明”即“自觉”，就是说“明明德”是自我的觉悟，是内心意识到完善、发展自身的必要性。此外，“自明”的说法还指明了“明明德”不是将一种外在的行为规范强加给一个人，而是人固有的善性的发扬和发展。
其次，道德修养是自我的无穷尽的更新过程。“新民”是为教化人民，这是力图更新他人的品质，并且引用商汤刻在浴盆之上用以自警的铭文“苟日新，日日新，又日新”来阐明《大学》“新民”的概念，就把这个概念规定为自我的更新，自我的发展。其中四个“日”字的连用，则以十分有力的语气强调：必须经常不断地进行自我的更新、创造和发展，永远追求新目标和新成就，总是要有新气象和新面貌，任何时候都不要停止不前，安于现状。
再次，文章指出了自我完善不是个体以冥思求顿悟，而是必须努力学习知识，增进学问，提高认识，还必须通过艰苦的磨练，在实践中不断地增长才干，养成各种优良的品质。即“如切如磋者，道学也；如琢如磨者，自修也”的意思。经过这样的修养和磨练，才能达到“道盛德至善”的地步。
最后，主观意识要始终保持纯正的状态。文章提出的“诚意”的概念为“毋自欺”，把自我完善的自觉性归结为一个人为善动机的纯正。所谓“自欺”就是动机不纯，有邪念，却以勉强的行为做样子，或以伪装的善行、漂亮的言辞来掩饰自己心灵上的污秽，借以自欺欺人。
因此，不自欺表明行善不是为了某种功利的目的。不是做给别人看，而是以善本身为目的。行善是自己心灵的需要，是求得精神本身的满足，从而从根本上保证有一种自我完善的自觉性。
文中所提出的“慎独”的理念非常重要。所谓“独”意为独处，是指人的真实的意念。文章把独处时的思想活动看成是对一个人能否做到诚意的一个考验。即是否真正具有自我完善的自觉性的考验。因此儒家对人们独处时的思想活动和表现特别重视。
文章进一步指出，一个人独处时的思想活动虽然不为人们所知，但是它们总是要表现出来。
第三部分（“所谓齐其家在修其身者”至“以义为利也”）讲有诸己而后求诸人。
意思就是：品德高尚的，总是自己先做到，然后才要求别人做到；自己先不这样做，然后才要求别人不这样做。
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