与陆军相比，海军的发展也有质的提升。自从俘获荷兰东印度公司的战舰以后，南居益和沈有容就开始丧心病狂的仿制这种盖伦帆船，加上东方工匠的智慧后已经与英格兰的战列舰标准处于伯仲之间。在子母铳的启发下，海炮的膛内也增加了线膛，加上观瞄系统的应用和射击知识的普及，火力不可同日而语。人才方面，大连、宁波海事学院的首届毕业生已经进入东海、南海舰队服役，成为大明海军的骨干，同时还吸收了众多西方航海家和十八芝的水手。
由于海军的壮大，以天津、上海、泉州和广州为中心的商业贸易圈逐渐繁荣起来，海面上的商船频繁的穿行，将明朝的丝绸、瓷器、茶叶、药材、书籍等货物运至世界各地。
不过郑芝龙匪性难改，自从挂上华远贸易公司的金字招牌后，在海洋上肆无忌惮，不仅逼着过往的船只悬挂大明龙旗，还坐地收保护费。这种以民间武装的名义推行海上霸权，搞得欧洲的商人有苦难言。
贸易的增长让朝廷的岁入逐年增加，充盈的国库也加快了新政的进程，很快朝廷就将奴儿干都司改为三江省，以特林卫首府，往北经雅库斯克直抵北冰洋，由袁应泰担任巡抚，陈策为总兵，将域内的通古斯、罗刹居民全部编入明朝户籍，同时明令禁止在当地与沙俄进行任何贸易。
子卿城开始修建后，以此为首府设置北海省，由王化贞出任巡抚，戚金为总兵，在城内为草原各部首领建造官邸，鼓励他们的后代到京师学习、任职、定居，通过民族平等的政策逐步完成同化。
伴随着北方的稳定，朱由校终于可以集中精力推行海洋霸权。为了刺激那些秉持陆地为王的大明精英，他特意传召台湾的颜思齐和长崎的杨天生、李国助入朝参政。当着满朝文武百官的面，颜思齐根据先前交代的剧本娓娓说道：
“启奏陛下，罪臣早年逃亡日本，以裁缝为业，兼营两国之间的海上贸易，曾任倭奴平户地区的甲螺。承蒙皇恩浩荡，不但赦免了臣的罪行，还以钦差的身份经略大小琉球。臣上任以来诚惶诚恐，凡事不敢不用命，以新港为中心逐渐将岛内的土着居民纳入大明户籍，招揽有威望的人出任流官，募集精壮编入军队，如今已经可以向朝廷缴纳税赋。”
颜思齐此言一出众人皆是目瞪口呆，暗道什么时候皇帝任命了一位大小琉球的钦差，还悄无声息的在那里设置府衙、招募军队？
正当百官惊讶之际，杨天生接着说道：
“启奏陛下，罪臣返回长崎后，买通了荷兰人和九州岛上的一些大名，共同对抗江户幕府的禁教、禁商政策。目前朝廷已经控制大小琉球，随时可以封锁倭国的贸易航线，然后附以济州岛、釜山港和特林的距离优势，将长崎作为跳板，可迅速占领倭国四岛，如此以来大明海疆的匪患可永绝。”
杨天生的话如同晴天霹雳，再次将满朝的文武百官惊如呆鸡，还来不及反应就听朱由校说道：
“颜爱卿和杨爱卿都是朕的臣子，以后勿再自称罪人。朕知道你二人都曾是十八芝的成员，一度想推翻倭人的政权后自立门户。目前郑芝龙已经归依朝廷，成为新成立的华远贸易公司的总督，你三人有何打算？”
朱由校这是明知故问，颜思齐和杨天生早在宁波的时候就接受了朝廷的招抚，现在不过是演双簧罢了。李国助何等聪明，假装请罪回道：
“陛下圣明，倭人四岛原本藩国林立，自织田信长以来逐渐走向统一，丰臣秀吉篡位后贪心不足，意图吞并朝鲜问鼎中原。西征失败后丰臣秀吉病死，德川家康乘机作乱，不仅组建了新的幕府，还将丰臣秀吉的族人全部诛杀。
不过德川家康只是形式上统一了倭国，各地大名多是阳奉阴违，不断对抗江户的统治。德川家康为了巩固自己的地位，采取闭关锁国的政策，禁止西洋商人在岛内传教和经商，这引起了各国的强烈不满。为了获得足够的军费，德川家康拼命的盘剥百姓和商人，弄得各地民不聊生，烽烟四起。臣认为目前是介入倭国内乱的最佳时机，联合西洋人压缩倭人的出海空间，最后将他们困死在岛上。”
李国助的话说得非常露骨，这引起范景文等一干老臣的强烈反对，甚至搬出了朱元璋的遗训，说倭奴为不征之国。其实相较于中原文明的富庶和繁荣，倭国本就是一块蛮荒之地，朱元璋曾说过他们国王无道民为贼，这才不想纳入明朝版图。况且明朝初期百废待兴，他首要的任务是恢复生产，让百姓过上好日子，所以才对倭奴的挑衅一忍再忍。
与明朝的容忍相反，倭寇却越来越猖獗，到嘉靖年间开始大规模的祸乱东海沿海地区，抢掠财富，屠戮百姓，逐渐暴露了觊觎天朝的野心。丰臣秀吉掌权后，甚至发兵攻打朝鲜，妄图吞并中原的锦绣河山。
当朱由校慢条斯理的回忆完这段历史后，大臣们这才发现小皇帝惦记倭国不是一天两天了，他不但表现出了强烈的征服欲望，还掌握了极其丰富的信息，如此看来明朝的东征已经箭在弦上。
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