根据左战和孙承宗的谋划，新军分为骑兵、步兵、炮兵和侦察兵，其中：
骑兵以辽东铁骑为班底，仿照朵颜三卫和建州八旗的编制，统一配置三眼军铳和马刀。交战时骑兵位于两翼，根据情况发起冲锋或是掩护后撤。目前总人数四万，编制为八个军，每军又拆分为五个千人队。
步兵以京营精锐为班底，原为一万人，到宁远后扩编为三万人。配备大量战车，行军时可以运粮，作战时可以抵挡敌人骑兵的冲击。配发最先进的子母铳和弩，还有小型虎蹲炮。作战时依托战车和壕沟进行射击，长枪兵和盾牌兵负责近战保护。
炮兵作为一个独立的兵种第一次出现在明军序列当中，以排为单位，配备二至四门吕宋大炮，往上有连、营、团三级单位。具体编制不固定，根据战役的需要临时调配。
侦察兵已被戚兴国调到努尔哈赤后方进行实战，此不赘述。
为了解决孙承宗“兵多不练，饷多不核，致战备弱，士有怨”的问题，调李邦华入京任兵部右侍郎，负责京营、护卫上直军、皇城守卫及四卫营的改制，严查缺编和空饷情况，剔除老弱，从卫所和班军中挑选精壮补充。
在左战着手进行调整时，他预想的辽东战役第一阶段并不顺利。一生戎马的努尔哈赤看到联军的部署后，知道这是个口袋阵，果断下令大军在抚顺、铁岭、清河进行修整，并派遣使者到朝鲜和蒙古进行讲和。
朝鲜那边，主帅李如柏毫不犹豫的将使者的耳朵割掉后撵出大营。
蒙古那边，林丹把使者秘密软禁起来。
努尔哈赤苦等了三天，见讲和无望便想重施围点打援的计谋，派小股部队佯装攻城，然后大部队伺机消灭前来支援的明军。如此又折腾了数日，联军岿然不动，攻城部队连城墙都没摸着。
努尔哈赤很生气，后果很严重，他决定在联军完成合围前硬碰硬的打一场攻坚战。只要沈阳沦陷明朝的战略就失去了支撑点，合围之势便土崩瓦解。很快他完成第一次攻城部署，代善率领正红旗游弋在外围阻击援军，阿敏指挥汉人组成的火器部队开始向城内射击，莽古尔泰的正蓝旗作为第一梯队开始从东门爬墙，皇太极的正黄、镶黄两旗作为预备队，随时准备继续爬墙。
如此布置说明努尔哈赤是位优秀的军事家，他以最合理的方式将八旗兵编制在一起，发挥出最强大的实力。可是他轻视了沈阳城内的决心，更没想到有一种火器叫做吕宋大炮。只要八旗兵开始攻城，守军就疯狂的射击，等到八旗兵后退，守军便扔一些女人的衣服。如此反复，莽古尔泰气急败坏，军心受挫，不仅城头没爬上去，还丢下几千具尸体落荒而逃。
对于这次失利努尔哈赤并没有责备莽古尔泰，他只是在试探城中的虚实。根据城内奸细的消息，沈阳有守军七万，城墙上有十几门二千斤重的吕宋大炮和数百门铜炮，粮草、弹药可支持两年。另外，西平堡的明军已经向沈阳推进了四十里，双方只有两天的路程。
翌日清晨，努尔哈赤点齐人马再战，让莽古尔泰和皇太极同时从东、西门开始爬墙。为了激励士兵，第一个登上城头的人将成为驸马，城内所有的财物都将分给攻城的士兵。所谓重赏之下必有勇夫，八旗兵就像着了魔一样的顺着云梯往上爬。李如柏和祖大寿各自带着家眷据守一门，双方杀的昏天黑地，城下堆满了两边的尸体，辽河一片鲜红。
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