安布雷拉公司高级研究员威廉·柏金在研究G病毒成功之际，与美国政府联系密切，公司高层怀疑威廉会把G病毒卖给美国政府，于是派出特种部队前往抢夺。威廉被袭击，身中数枪，临死前将G病毒注入自己体内，变成了被感染的怪物。
新人警官里昂·斯科特·肯尼迪（LeonScottKennedy）来到浣熊市市警察局上任。但是在进入市区以后却遭遇了被T病毒感染的丧尸。同一时刻，S.T.A.R.S.队员克里斯的妹妹克莱尔·雷德菲尔德（ClaireRedfield），为了寻找失去音讯的哥哥也来到了浣熊市，并且也遭遇了丧尸，正是因此两人阴错阳差的相遇了。相遇后两人计划结伴去警察局（S.T.A.R.S.小队的办公室位于警察局2楼），但在路途中却遭遇了车祸，两人被爆炸的油罐车所引燃的大火分开。两人于是约定各自找到去警察局的路，然后在那里碰头，于是游戏的双剧情线由此展开。
在探索警察局时，里昂在停车场遇到了艾达·王（AdaWong），两人结伴而行。同时，克莱尔救了一个名叫雪莉·柏金（SherryBirkin）的小女孩，她从自己父亲威廉那里携带了G病毒的病毒样本，并被某人追击。
里昂发现有一条下水道连接着警察局和安布雷拉的研究所，他还没有意识到，一个强大的怪物将会阻碍他的逃生之路。在研究设所里，克莱尔偶遇安妮特（Annette），一个安布雷拉的研究员，也是雪莉的母亲。她向克莱尔详细说明了浣熊市爆发灾难的起因；下水道里的那个名叫“G”的怪物实际上是她的丈夫威廉。
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