说起明军战功分配来，明军各部将领都很熟悉，郑冲却是头一次遇上，只因前面郑冲参加的战斗都是郑氏一家海战所获，因此没有这种分配战功的矛盾。
明朝实行以斩首来论军功的制度，这是效仿秦朝曾经实行的军事制度。秦朝以斩首授爵，而明朝则赏银或论军功升级。一颗首级可换赏银多少两，总无一定的价值，随具体情况而定，从5两到30、50两的都有（市价在变，首级价值也在变，可见人头真是有市、有价的）。
敌人首级论军功，怎么论，各边情形和不同时期，也不一样。有斩首一级就升一级的，也有要攒2到3颗脑袋升一级的。攒脑袋不是说把人头存起来，明军出征，有专门的官员纪功（主要是兼负监军任务的御史或给事中），把首级送他那里验看了，记录在案即可。
但很多边军、水师之内，如何分配首级则多数都是主将说了算，记功的官吏也只是统兵大将的文书而已。至少之前郑冲只在郑氏水军内待过，郑氏军中如何分配军功，就是各级将领和郑芝龙说了算。
每次战斗都是将首级统一收集起来，然后各级将领按麾下将士表现奏报军功，也就是说每个有功将士名下可分得几个首级的军功。一般首级可换赏钱，也可积攒后换得军职升级，这就看将士自己决定了。
统一分配军功有利有弊，好处就是战场厮杀混乱，士卒不会因为忙着割首级而贻误战机，坏处也显而易见，战功分配被主帅大将把持，会有失公允。
明朝主要是防御作战，斩获首级不易，所以斩首一百、二百级就是大捷。据说明中期明武宗亲自率军与北虏大战，冒着“銮舆失陷”的风险，辛苦一场，只带回来16颗敌首，虽然武宗的功勋或许有后世满清修史时的歪曲，但明军对首级军功的重视却是实实在在的。由于首级重要而稀缺，于是成为军中一种可以用来交换的商品。
有些军官（尤其是那些主将大官带到军中的亲随），自己打仗不敢向前，看见别人获首级，又艳羡，就要么用强夺取，要么开高价买过来。他们的目的只为升级，而有些士兵更重现财，也乐意交换。这就使斩获敌首失去了激励将士的初意，在军队中形成首级交易的歪风。
同样的在郑氏水师之内，也有这股歪风，不过郑芝龙所部还算略微公允，不会贪墨将士战功。不过郑氏之内用钱财换首级的事还是有，有些为了钱财的将士也乐意将首级换取赏银，这在郑氏之内并不禁止。
还有更坏的一种风气，也是古代军队中常见的习气，就是杀平民冒功。大军出师，最遭殃的总是百姓，敌方之民自不必说，就是己方小民，也往往无辜遭难。明代有一句民谚，就说盗贼来了如篦，官军来了如剃，自家养的军人更狠。
还好郑氏军中，这种情形是绝对禁止的！郑芝龙海寇出身，当年他为盗之时，就没有坑害百姓的记录，相反还接济百姓，是以当时的百姓不怕郑军而更怕官军。后来郑芝龙受了招安，这种习惯也保留了下来，郑氏军中绝对不许杀良冒功的存在。
而明军历次与后金大战中，取得首级的战果实在是屈指可数，今趟一次就取得两千五百余级，而且都是实打实的真鞑子首级，这可是堪比宁远大捷一般的战功。这些首级送到朝中，也是经得起检验的。明朝专门有核实战功的纪功御史，通常送首级上去报功，纪功御史会验看首级，特别是与后金开战后，明军屡败，取得一个真鞑子首级是非常不容易的事，所以真鞑子首级往往是要用石灰腌了之后，送进京城检验的。
而真鞑子首级获得的军功是要优续一等的，是以沈世魁非常眼热这战功，他想用这些战功换取东江镇总兵的实职！之前他还不敢想，现下他有了资本，可以更进一步了。
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